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蛋白質資料庫

指数 蛋白質資料庫

蛋白質資料庫(Protein Data Bank,简称PDB)是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的数据庫。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上,还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库,例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。這些資料和數據一般是世界各地的结构生物学家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得,並釋放到公有領域供公众免費使用。.

15 关系: 布鲁克黑文国家实验室三維空間低温电子显微镜公有领域科学可视化结构因子结构生物学罗格斯大学魏茨曼科學研究學院蛋白质蛋白质结构X射线晶体学核磁共振核磁共振波谱法核酸

布鲁克黑文国家实验室

布鲁克黑文国家实验室(Brookhaven National Laboratory,简称BNL)是美国的一所国家实验室,位于纽约州长岛布魯克黑文 (紐約州),1947年在前美国基地阿普顿营原址建造。该实验室由布鲁克黑文镇而得名。 实验室本來由美國原子能委員會所擁有,後來因委員會被合併而轉交給美國能源部再外判予各大學及研究機構。現時实验室由石溪大學及合夥經營的的布鲁克黑文科学协会管理。 实验室約僱用3000名科學家、工程師及其他技術人員,每年接待4000名訪問學者。实验室的研究共產生七名諾貝爾獎得獎者。 实验園區設有獨立的警署、消防局及郵遞區號(11973)。園區共估。.

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三維空間

三维空间(也称为三度空間、三次元、3D),日常生活中可指由長、宽、高三个维度所構成的空間,而且常常是指三维的欧几里得空间。在历史上很长的一段时期中,三维空间被认为是我们生存的空间的数学模型。当时的物理学家认为空间是平坦的。20世纪以来,非欧几何的发现使得实际空间的性质有了其它的可能性。而相对论的诞生以及相应的数学描述:闵可夫斯基时空将时间和空间整体地作为四维的连续统一体进行看待。弦理论问世以后,用三维空间来描述现实中的宇宙已经不再足够,而需要用到更高维的数学模型,例如十维的空间。 Category:立體幾何 S S S.

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低温电子显微镜

低温电子显微镜技術(Cryo-electron microscopy,缩写:cryo-EM)或电子低温显微镜技术,是透射电子显微镜(TEM)的其中样品在低温(通常是液氮温度)下进行研究的一种技术。低温电子显微镜在结构生物学方面越来越受欢迎。 低温电子显微镜的实用性来源于它允许观察未以任何方式被染色或固定的标本,在它们的自然环境中被显示。这与X射线晶体学相反,需要使样品结晶,这样做可能是困难的,并将其置于非生理环境中,这偶尔会导致功能上无关的构象变化。 低温电子显微镜图片的分辨率稳步提高,并且在2014年分辨率在一些结构中达到了接近原子级的分辨率,包括病毒,核糖体,线粒体,离子通道,和酶复合物,小至170kDa的一些结构的分辨率达到4.5Å。2017年,雅克·杜博歇、約阿希姆·弗蘭克及理查德·亨德森因其在低温电子显微镜技术的發展而獲頒諾貝爾化學獎。.

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公有领域

公有领域是人类的一部分作品与一部分知识的总汇,可以包括文章、艺术品、音乐、科学理论、发明等等。对于领域内的知识财产,任何个人或团体都不具所有权益(所有权益通常由版权或专利体现)。这些知识发明属于公有文化遗产,任何人可以不受限制地使用和加工它们(此处不考虑有关安全、出口等的法律)。 創立版权制度的初衷是:藉由给予创作者一段時期的專有權利,作為(经济)刺激,以鼓勵作者從事創作。当專有權利期限已过,作品便进入公有领域。公有领域的作品由於沒有專屬權利人,因此公众有权自由使用它们。.

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科学可视化

. at wci.llnl.gov.

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结构因子

在凝聚态物理学和晶体学中,静态结构因子(或简称结构因子)是一种描述材料如何散射入射波的数学表示形式。结构因子在描述X射线、电子衍射和中子衍射实验获得的干涉图样时特别有用。 结构因子的测量不需要分辨散射的光子、电子或中子的能量。而能量分辨的测量可以得出。.

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结构生物学

结构生物学是一门以分子生物学生物化学和生物物理学的分支,关心的生物大分子(如蛋白质分子和核酸分子)的分子三维结构(Tertiary structure)(包括构架和形态),它们是如何获得它们的结构,并研究改变它们的结构与影响其功能的关系的学科。由于结构生物学能够解释生物大分子的构象和相互作用的方式,而所有的生命活动都是通过各种生物大分子的相互作用来实现;因此,对于生物学家们来说,这是一个非常有吸引力的领域。.

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罗格斯大学

羅格斯大學,全稱紐澤西州立羅格斯大學,簡稱羅大(Rutgers, The State University of New Jersey )是美國紐澤西州的最大高等学府,是一所公立研究型大學。羅格斯大學的主要校園位於新布朗斯维克和皮斯卡特維,另有兩個分校在紐瓦克和肯頓。1766年11月10日創始時稱爲王后學院(Queen's College)的羅格斯大學是美國第八所高等教育學院,也是九所殖民地學院之一Stoeckel, Althea.

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魏茨曼科學研究學院

魏茨曼科學研究所(מכון ויצמן למדע;Machon Weizmann LeMada;又名:魏茨曼科学研究院、魏茨曼科学院、以色列魏茨曼科学院、魏茨曼研究所;英语:Weizmann Institute of Science)是以色列雷霍沃特的一間大學及研究機構。它與以色列其它大學不同之處是它僅提供理科的研究生及研究生後課程。 魏茨曼科學研究所是世界領前的多學科研究中心其中之一,有約2500位科學家、博士後研究員、哲學博士生及理學碩士生,及負責科學、技術和行政事務的職員。.

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蛋白质

蛋白质(protein,旧称“朊”)是大型生物分子,或高分子,它由一个或多个由氨基酸残基组成的长链条组成。氨基酸分子呈线性排列,相邻氨基酸残基的羧基和氨基通过肽键连接在一起。蛋白质的氨基酸序列是由对应基因所编码。除了遗传密码所编码的20种“标准”氨基酸,在蛋白质中,某些氨基酸残基还可以被改變原子的排序而发生化学结构的变化,从而对蛋白质进行激活或调控。多个蛋白质可以一起,往往是通过结合在一起形成稳定的蛋白质复合物,发挥某一特定功能。 与其他生物大分子(如多糖和核酸)一样,蛋白质是地球上生物体中的必要组成成分,参与了细胞生命活动的每一个进程。酶是最常见的一类蛋白质,它们催化生物化学反应,尤其对于生物体的代谢至关重要。除了酶之外,还有许多结构性或机械性蛋白质,如肌肉中的肌动蛋白和肌球蛋白,以及细胞骨架中的微管蛋白(参与形成细胞内的支撑网络以维持细胞外形)。另外一些蛋白质则参与细胞信号传导、免疫反应、细胞黏附和细胞周期调控等。同时,蛋白质也是动物饮食中必需的营养物质,这是因为动物自身无法合成所有氨基酸,动物需要和必须从食物中获取必需氨基酸。通过消化过程将蛋白质降解为自由氨基酸,动物就可以将它们用于自身的代谢。.

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蛋白质结构

蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。作为一类重要的生物大分子,蛋白质主要由碳、氢、氧、氮、硫等化学元素组成。所有蛋白质都是由20种不同的L型α氨基酸连接形成的多聚体,在形成蛋白质后,这些氨基酸又被称为残基。蛋白质和多肽之间的界限并不是很清晰,有人基于发挥功能性作用的结构域所需的残基数认为,若残基数少于40,就称之为多肽或肽。要发挥生物学功能,蛋白质需要正确折叠为一个特定构型,主要是通过大量的非共价相互作用(如氢键,离子键,范德华力和疏水作用)来实现;此外,在一些蛋白质(特别是分泌性蛋白质)折叠中,二硫键也起到关键作用。为了从分子水平上了解蛋白质的作用机制,常常需要测定蛋白质的三维结构。由研究蛋白质结构而发展起来了结构生物学,采用了包括X射线晶体学、核磁共振等技术来解析蛋白质结构。 一定数量的残基对于发挥某一生物化学功能是必要的;40-50个残基通常是一个功能性结构域大小的下限。蛋白质大小的范围可以从这样一个下限一直到数千个残基。目前估计的蛋白质的平均长度在不同的物种中有所区别,一般约为200-380个残基,而真核生物的蛋白质平均长度比原核生物长约55%。更大的蛋白质聚合体可以通过许多蛋白质亚基形成;如由数千个肌动蛋白分子聚合形成蛋白纤维。.

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X射线晶体学

X射線晶體學是一門利用X射線來研究晶體中原子排列的學科。更準確地說,利用電子對X射線的散射作用,X射線晶體學可以獲得晶體中電子密度的分佈情況,再從中分析獲得关于原子位置和化学键的資訊,即晶體結構。 由于包括盐类、金属、矿物、半导体在内的许多物质都可以形成晶体,X射线晶体学已经是许多学科的基本技术。在前十年这项技术主要被用于测量原子大小、化学键的类型和键长,以及其他的许多物质,尤其是矿物和合金。X射线晶体学也揭示了许多生物分子的结构和功能,例如维生素、药物、蛋白质以及脱氧核糖核酸(DNA)。X射线晶体学如今仍然是从原子尺度研究物质结构的主要方法。.

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核磁共振

核磁共振(NMR,Nuclear Magnetic Resonance)是基於原子尺度的量子磁物理性質。具有奇數質子或中子的核子,具有內在的性質:核自旋,自旋角動量。核自旋產生磁矩。NMR觀測原子的方法,是將樣品置於外加強大的磁場下,現代的儀器通常採用低溫超導磁鐵。核自旋本身的磁場,在外加磁場下重新排列,大多數核自旋會處於低能態。我們額外施加電磁場來干涉低能態的核自旋轉向高能態,再回到平衡態便會釋放出射頻,這就是NMR訊號。利用這樣的過程,可以進行分子科學的研究,如分子結構、動態等。.

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核磁共振波谱法

-- 核磁共振波谱法(Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy,简称 NMR spectroscopy 或 NMR ),又称核磁共振波谱,是将核磁共振现象应用于测定分子结构的一种谱学技术。目前,核磁共振波谱的研究主要集中在1H(氢谱)和13C(碳谱)两类原子核的波谱。 人们可以从核磁共振波谱上获取很多信息,正如同红外光谱一样,核磁共振波谱也可以提供分子中化学官能团的数目和种类,但除此之外,它还可以提供许多红外光谱无法提供的信息。核磁共振波谱对自然科学研究有着深远的影响,人们不仅可以借助它来研究反应机理,还可以用来研究蛋白质和核酸的结构与功能。供研究的核磁样品可为液体或固体。 波谱这一译名是科学家丁渝提出的。.

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核酸

核酸(nucleic acids)是一种通常位于细胞核内的大型生物分子,負責生物体遗传信息的携带和传递。核酸有兩大類,分別是脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)。 核酸的单体结构为核苷酸。每一个核苷酸分子由三部分组成:一个五碳糖、一个含氮碱基、和一个磷酸基。如果其五碳糖是脱氧核糖則為脱氧核糖核苷酸,此單體之聚合物是DNA。如果其五碳糖是核糖則為核糖核苷酸,此單體之聚合物是RNA。核苷酸也被称为核苷酸磷酸盐。 核酸是最重要的生物大分子(其余为氨基酸/蛋白质,糖/碳水化合物,脂质和/脂肪)。它们大量存在于所有活的东西,功能有编码,传递和表达遗传信息 - 换句话说,信息通过核酸序列被传递。DNA分子含有生物物种的所有遗传信息,为双链分子,其中大多数是链状结构大分子,也有少部分呈环状结构,分子量一般都很大。RNA主要是负责DNA遗传信息的翻译和表达,为单链分子,分子量要比DNA小得多。 核酸存在于所有动植物细胞、微生物和病毒、噬菌体内,是生命的最基本物质之一,对生物的生长、遗传、变异等现象起着重要的决定作用。 核酸是在1869年被科学家弗雷德里希·米歇尔发现。核酸实验研究构成了现代生物学和医学研究的重要组成部分,形成了基因组和法医学,以及生物技术和制药行业的基础。.

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