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代谢物组学

指数 代谢物组学

代谢物组学(metabolomics)是涉及代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言,代谢物组学是“对特定的细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究”,对它们的小分子代谢产物的整体研究。代谢物组(Metabolome)定义为在一个生物细胞,组织,器官或生物体中所有的代谢产物的集合,而这些代谢物是此生物体基因表达的最终产物。因此,当信使RNA基因表达的数据和蛋白质组学的分析无法描述细胞体内的所有生理活动的时候,对代谢分析可以获得该细胞生理学的一个瞬时快照。系统生物学和的挑战之一是整合蛋白质组学的,转录组学的和代谢物组学的信息以更好地理解细胞生物学。.

27 关系: 加拿大基因組學帝國大學代謝產物代谢物组信使RNA初级代谢产物系统生物学细胞生物学生理学药物高效液相色谱法质谱法转录组阿爾伯塔大學臨床試驗色素色谱法蛋白质组学抗生素核磁共振波谱法次级代谢产物毒理学毒性气相色谱法斯克里普斯研究所拟南芥

加拿大

加拿大(英语、法语:Canada,IPA读音:(英)(法))为北美洲国家,西抵太平洋,东至大西洋,北滨北冰洋,东北方与丹麦领地格陵兰相望,东部与圣皮埃尔和密克隆相望,南方及西北方与美国接壤。加拿大的领土面积达998万平方公里,为全球面积第二大国家。加拿大素有「枫叶之国」的美誉,渥太华为该国首都。 加拿大在1400年前即有原住民在此生活。15世纪末,英国和法国殖民者开始探索北美洲的东岸,并在此建立殖民地。1763年,当七年战争结束后,法国被迫将其几乎所有的北美殖民地割让予英国。在随后的几十年中,英国殖民者向西探索至太平洋地区,并建立了数个新的殖民地。1867年7月1日,1867年宪法法案通过,加拿大省、新不伦瑞克、新斯科舍三个英属北美殖民地组成加拿大联邦,其中加拿大省分裂为安大略和魁北克。在随后100多年里,其它英属北美殖民地陆续加入联邦,组成现代加拿大。 加拿大是实行聯邦制、君主立憲制及議會制的國家,由十个省和三个地区组成,英国女王伊丽莎白二世為國家元首及加拿大君主,而加拿大總督為其及政府的代表。加拿大是双语国家,英语和法语为官方语言,原住民的語言被認定為第一語言。由於位於高緯度地廣人稀,该国是世界上擁有多元化種族及文化的國家,也是移民為主的国家,约五分之一的国民出生于境外,近年來移民大部分來自亞洲。 得益於豐富的自然資源和高度發達的科技,加拿大是富裕、经济发达的国家。以国际汇率计算,加拿大的人均国内生产总值在全世界排名第十六,人类发展指数排名第十。它在教育、政府的透明度、自由度、生活品质及经济自由的都名列前茅。积极参与国际事务,是联合国、北大西洋公約組織、北美空防司令部、七大工業國組織、二十国集团、英联邦、经济合作与发展组织、及太平洋岛国论坛的成员。.

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基因組學

基因组学(Genomics),或基因體學,是研究生物基因组和如何利用基因的一门学科。该学科提供基因组信息以及相关数据系统利用,试图解决生物,医学,和工业领域的重大问题。 基因组学能为一些疾病提供新的诊断、治疗方法。例如,对刚诊断为乳腺癌的女性,一个名为“Oncotype DX”的基因组测试,能用来评估病人乳腺癌复发的个体危险率以及化疗效果,这有助于医生获得更多的治疗信息并进行个性化医疗。基因组学还被用于食品与农业部门。 基因组学的主要工具和方法包括:生物信息学,遗传分析,基因表达测量和基因功能鉴定。.

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帝國大學

帝國大學(;英語譯名:Imperial Universities),簡稱帝大,狹義上指日本在明治維新之後到第二次世界大戰日本投降前在日本內地(日本本土)所設立之七所國立綜合大學,廣義上还包括兩所外地的帝國大學。 1886年,日本政府頒佈《帝國大學令》,並以當時的東京大學為基礎改稱為帝國大學,到了1897年成立京都帝國大學後,東京的帝國大學遂改稱為東京帝國大學。此後,日本本土及其殖民地陸續設立九所帝國大學,按時間先後分別位於東京、京都、東北(仙台)、九州(福岡)、北海道(札幌)、京城府(今大韓民國首爾)、台北(現中華民國台北市)、大阪及名古屋。 1947年,日本投降後,其帝國大學改為國立綜合大學後,日本本土的七所帝大的名字也拿掉了帝國的部份,但學制上仍保留舊制,到了1949年進行學制改革,1962年廢止舊制大學後,帝國大學就再也不存在了。.

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代謝產物

代謝產物 (Metabolite),又稱代謝物是代謝的中間或最後產物,這個詞彙是通常指的是。他們有諸如作為燃料、結構、訊號、刺激、抑止酵素(通常作為酵素的輔因子)、防衛或作用在其他有機分子上(如:色素、氣味分子或費洛蒙)。在一般成長,發育以及繁殖的階段,就有初級代謝產物的參與。工業中被大量製造的乙烯,就是初級代謝產物中的87。而次級代謝產物則不會接參與那些過程,但它們在生理功能上具有重要的意義。它們囊括了抗生素和色素,像是樹脂和松烯。放線菌素就是一種次級代謝產物,它們是從一級代謝產物的色胺酸轉變而來的,但不是所有的抗生素都會把一級代謝產物當前體來使用。在代謝途徑中,醣類中的葡萄糖和果糖就屬於代謝產物。 分子生物工業中生產的初級代謝產的例子 來自一處的酶化学反应的输出成為另一些化学反应的输入,這樣環環相扣而成的代谢物组(Metabolome)會形成一個龐大的代謝網絡。 在生物體本生的或來自藥物的合成物,形成代謝產物後,會成為降解與消除反應的自然的生物化学过程的一部分。化合物本身的降解速率,決定它存在的長短及影響強弱。分析醫藥產品的代謝過程,藥物代謝,在藥物尋找的重要方法,並增進對藥物副作用的暸解。.

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代谢物组

代谢物组(Metabolome)是指在一个生物样品中发现的完整的一套小分子化学物质。所述生物样品可以是一个细胞,一个细胞器,一个器官,一个组织,一个组织提取物,一个生物流体或整个生物体。在给定的代谢物组发现的小分子的化学物质可能既包括内源性代谢物,它们是由生物体天然产生的(如氨基酸,有机酸,核酸,脂肪酸,胺,糖,维生素,辅因子,颜料,抗生素等),又包括外源化学物质(如药物,环境污染物,食品添加剂,毒素和其它生物异源物质),它们不是由生物体天然产生的。换句话说,代谢物组既有内源性代谢物组又有外源性代谢物组。内源性代谢物组可进一步细分为包括“初级”的和“次级”的代谢物组(特别是指植物的或微生物的代谢物组时)。初级代谢产物是直接参与正常的生长,发育和繁殖。次级代谢产物并不直接参与这些过程,但通常具有重要的生态功能。次级代谢产物可能包括色素,抗生素或部分生物异源物质代谢废物的衍生产品。一个小分子有资格作为一种代谢物,或者被认为是代谢物组的一部分,必须通常具有分子量这意味着例如糖脂,多糖,短肽(被使用,并且可能是与现有的生物术语相匹配的,指的是完整的基因集合(基因组),完整的蛋白质集合(蛋白质组)和完整的转录物集合(转录物组)。关于代谢物组的第一本书于2003年出版。第一本致力于代谢物组学的杂志(简称《代谢物组学》)于2005年推出,目前由Royston Goodacre博士主编。 关于代谢组学分析的一些更重要的早期论文列在下面的参考文献中。.

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信使RNA

#重定向 信使核糖核酸.

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初级代谢产物

初级代谢产物(Primary metabolite,或称为初生代谢物)是一种直接涉及到正常生长、发育与生殖的代谢产物。它通常在生物体中执行生理功能(即内在功能)。初级代谢产物通常存在于许多生物体或细胞中。 它也被称为中心代谢产物,其具有更加有限的意义(存在于任何自主生长的细胞或生物体中)。一些常见的初级代谢产物包括:乙醇,乳酸和特定的氨基酸。 相反地,次级代谢产物不会直接涉及这些过程,而是具有重要的生物学功能。次级代谢产物通常存在于分类学限制的生物体或细胞(植物,真菌,细菌...)中。次级代谢产物的一些常见例子包括:麦角生物碱,抗生素,萘,核苷,吩嗪,喹啉,萜类化合物,肽和生长因子。 植物生长调节剂由于其在植物生长发育中的作用而被分类为初级和次级代谢产物。其中一些是初级代谢产物和次级代谢产物之间的中间体。.

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系统生物学

系统生物学(Systems biology),是一个试图整合不同层次信息以理解生物系统如何行使功能的学术领域。通过研究某生物系统各不同部分之间的相互关系和相互作用(例如,与细胞信号传送、代谢通路、细胞器、细胞、生理系统与生物等相关的基因和蛋白网络),系统生物学期望最终能够建立整个系统的可理解模型。系统生物学大量使用数学的和计算技术的模型。 特别是从2000年开始,这个概念在各种环境下被广泛用于生物学。人类基因组计划是生物学中应用系统思维的一个例子,它导致新的合作的方式来处理在遗传学生物学领域的问题。系统生物学的目标之一是模拟和发现涌现的特性,细胞的,组织的和生物体的特性,作为一个系统,其理论描述只能用系统生物学的技术进行。这些通常涉及代谢网络或细胞信号传送网络。 系统生物学开始于对基因和蛋白质的研究,该研究使用高通量技术来测定某物种在给定条件干涉下基因组和蛋白质组的变化。研究基因组的高通量技术包括用来测定mRNA变化的生物芯片技术。高通量蛋白质组学方法包括质谱,该技术用于鉴定蛋白质,检测蛋白修饰和量化蛋白质表达水平。.

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细胞生物学

细胞生物学(cell biology)舊稱细胞学(cytology),是研究细胞的形态结构、生理機能、細胞週期,细胞分裂, 细胞凋亡, 以及各種胞器及訊息傳遞路徑的学科。研究範圍專注在生物學的微觀下與分子層次。細胞生物學研究包括極大的多樣性的單細胞生物,如細菌和原生動物,以及在多細胞生物如人類,植物,和海綿的許多專門的細胞。 细胞生物学在显微、亚显微和分子水平三个层次上进行研究,并不断向探究细胞与细胞间、细胞与细胞外界相互作用等领域拓展,向探究细胞增殖、分裂、死亡等生命活动内在规律纵深。从生命结构层次看,细胞生物学位于分子生物学与发育生物学之间,同它们相互衔接,互相渗透。 細胞是生命的基本單位,細胞的特殊性決定了個體的特殊性,因此,對細胞的深入研究是揭開生命奧秘、改造生命和征服疾病的關鍵。細胞生物學已經成為當代生物科學中發展最快的一門尖端學科,是生物、農學、醫學、畜牧、水產和許多生物相關專業的一門必修課程。 50年代以來諾貝爾生理與醫學獎大都授予了從事細胞生物學研究的科學家。 細胞生物學是研究細胞結構、功能及生活史的一門科學。細胞生物學由细胞学(cytology)發展而來,细胞学是關於細胞結構與功能(特別是染色體)的研究。現代細胞生物學從顯微水平,超微水平和分子水平等不同層次研究細胞的結構、功能及生命活動。 對於所有的生物科學,了解細胞的成分和細胞是如何工作是至關重要的。賞析細胞類型之間的異同,對於細胞和分子生物學領域以及生物醫學領域,如和發育生物學尤為重要。這些基本的相似性和差異提供了一個統一的主題,有時允許從研究一種細胞類型學到的原則進行外推並推廣到其他類型的細胞。因此,細胞生物學的研究和以下學科密切相關:遺傳學,生物化學,分子生物學,免疫學和發育生物學。.

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生理学

生理學(physiology; ) 是生物學的一門子領域,研究生物體及其各組成部分,在活體系統中化學或物理的功能活動。 生理学一般被分为植物生理学和动物生理学,但生理学的基本原理是对地球上所有的生物来说一致的。比如许多研究酵母的细胞的生理学结果也可以运用在人的细胞中。 动物生理学包括人类生理学和其他动物的生理学,植物生理学也从这个分支的许多成果获益。 从生理学中分出来的新的学科有生物化学、生物物理学和生物力学。医药学从生理学的成果也收益很大。.

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药物

药物(drug)广义上指可以对人或其他动物产生已知生物效应的物质 Merriam Webster: Concise Encyclopedia。食物通常不适用于这个定义,尽管它们也可以对生物物种产生生理效应 Dictionary.com Unabridged (v 1.1), Random House, Inc., via dictionary.com.

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高效液相色谱法

效液相色谱法(high performance liquid chromatography,縮寫 HPLC),又譯高效液相层析法,以前曾指高壓液相層析法(high pressure liquid chromatography),是一種色譜分析技術,用來分離混合物,以確認並量化各個成分的比例。它依賴泵加壓樣品以令其通過填充有吸附劑的壓力柱,導致樣品的各個成分因而分離。高效液相色谱法常用於生物化學和分析化學。.

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质谱法

质谱(mass spectrometry,缩写:MS)是一种电离化学物质并根据其质荷比(质量-电荷比)对其进行排序的分析技术。简单来说,质谱测量样品内的质量。 质谱法被用于许多不同领域,并被用于纯样品和复杂混合物。 质谱是离子信号作为质荷比的函数的曲线图。这些频谱被用于确定样品的元素或,颗粒和分子的质量,并阐明分子的化学结构,如肽和其他化合物。 在典型的质谱法中,可以是固体,液体或气体的样品被电离,例如用电子轰击它。 这可能导致一些样品的分子破碎成带电的碎片。 然后,这些离子根据其质荷比被分离,通常通过加速它们并使其经受电场或磁场:相同质荷比的离子将经历相同数量的偏转。离子通过能够探测带电粒子的机制被探测到,例如一个电子倍增管。 结果被显示为作为质荷比的函数的已经探测离子的相对丰度的频谱。 样品中的原子或分子可以通过将已知质量与鉴定的质量相关联或通过特征分解模式来鉴定。.

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转录组

转录组(Transcriptome),也称为“转录物组”,广义上指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA;狭义上则指细胞所能转录出的所有信使RNA(mRNA)。.

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阿爾伯塔大學

阿尔伯塔大学(University of Alberta),始建于1908年,位于加拿大艾伯塔省省会埃德蒙顿市中心,北萨斯喀彻温河南岸,是加拿大的一所综合研究性大学。.

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臨床試驗

臨床試驗(英文:Clinical trial)是一種根據研究方案利用已上市藥物或安慰劑作為對照組的方式,對藥物或其他醫學治療在受試者身上進行比較測試的過程。在臨床試驗中,研究者要先決定所要測試的療法,例如藥物或裝置,再決定用哪種療法與它比較,以及須要找哪一類型的病人來作為測試對象。治療用藥物的話要證明它能有效延長病人的生命、減輕特定症狀或降低不良事件之發生以改善病人生活品質。.

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色素

色素(Pigment),有時稱颜料,是能使物体染上颜色的物质。.

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色谱法

--(chromatography,--)是一种分离和分析方法,在分析化学、有机化学、生物化学等领域有着非常广泛的应用。色谱法利用不同物质在不同相态的选择性分配,以流动相对固定相中的混合物进行洗脱,混合物中不同的物质会以不同的速度沿固定相移动,最终达到分离的效果。色谱法起源于20世纪初,1950年代之后飞速发展,并发展出一个独立的三级学科——色谱学。历史上曾经先后有两位化学家因为在色谱领域的突出贡献而获得诺贝尔化学奖,此外色谱分析方法还在12项获得诺贝尔化学奖的研究工作中起到关键作用。.

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蛋白质组学

蛋白质组学(proteomics,又譯作蛋白質體學),是對蛋白质特别是其结构和功能的大规模研究,是在90年代初期,由Marc Wikins和學者們首先提出的新名詞。更重要的是,基因组是相当稳定的实体,而蛋白质组通过与基因组的相互作用而不断发生着改变。一个生命体在其机体的不同部分以及生命周期的不同阶段,其蛋白表达可能存在巨大的差异。 蛋白质组是由有机体或系统产生或修饰的整套蛋白质。 这随着时间和细胞或有机体经历的不同要求或压力而变化。蛋白质组学是一个跨学科的领域,它从人类基因组计划的遗传信息中受益匪浅,它还涵盖了新兴的科学研究和从细胞内蛋白质组成,结构和其独特活动模式的整体水平探索蛋白质组学。它是功能基因组学的重要组成部分。 蛋白质组学研究的关键技术包括质谱分析、X射线晶体学、核磁共振和凝胶电泳。 有两种蛋白质组学方法:活体样品研究和重组蛋白合成。在第二种情形下,用遗传工程方法来克隆待合成的DNA模板,以及把这些基因剪切到宿主细胞(典型的是细菌)中,后者被培养用于大规模蛋白表达。 接着,被合成蛋白需要被从宿主细胞中提取和纯化。纯化的蛋白随后通过结晶(及X-射线晶体衍射)或核磁共振来确定其结构。.

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抗生素

#重定向 抗细菌药.

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核磁共振波谱法

-- 核磁共振波谱法(Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy,简称 NMR spectroscopy 或 NMR ),又称核磁共振波谱,是将核磁共振现象应用于测定分子结构的一种谱学技术。目前,核磁共振波谱的研究主要集中在1H(氢谱)和13C(碳谱)两类原子核的波谱。 人们可以从核磁共振波谱上获取很多信息,正如同红外光谱一样,核磁共振波谱也可以提供分子中化学官能团的数目和种类,但除此之外,它还可以提供许多红外光谱无法提供的信息。核磁共振波谱对自然科学研究有着深远的影响,人们不仅可以借助它来研究反应机理,还可以用来研究蛋白质和核酸的结构与功能。供研究的核磁样品可为液体或固体。 波谱这一译名是科学家丁渝提出的。.

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次级代谢产物

次级代谢产物(Secondary metabolites,又称为次生代谢物、二代謝物)是不直接涉及到生命正常生长、发育或繁殖的有机化合物。不像初级代谢产物,缺少次级代谢产物不会导致立即死亡,但是在长期看来,会损伤生物的生存性、繁殖力或美学性,或者一点也没有明显的改变。次级代谢产物常被限定在系统发生学群体中的一个小系列里。次级代谢产物在植物防被食防卫方面起着重要的作用。人类利用次级代谢产物作为药物、调味品或消遣类药物。細菌利用抗生素來和周圍的細菌合作和溝通,常常次級代謝都發生在細菌成長期之後的固定期(stationary phase),而人類使用提煉出來的抗生素做藥物。.

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毒理学

毒理学是研究外源性化学物及物理和生物因素对生物有机体的有害作用及其作用机理,进而预测其对人体和生态环境的危害的严重程度,为确定安全限值和采取防治措施提供科学依据的科学,也是对毒性作用进行定性和定量评价的一门学科。由于毒理学的研究目的是为保护生物体的健康或安全提供科学依据的一门学科,因此从学科性质上毒理学属于预防医学,贯穿了预防为主的思想。.

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毒性

毒性(Toxicity)是毒物的化学分子或化合物到达生物敏感部位引起机体损害的能力。.

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气相色谱法

气液色谱法(Gas chromatography,又称气相层析)是一种在有机化学中对易于挥发而不发生分解的化合物进行分离与分析的色谱技术。气相色谱的典型用途包括测试某一特定化合物的纯度与对混合物中的各组分进行分离(同时还可以测定各组分的相对含量)在某些情况下,气相色谱还可能对化合物的表征有所帮助。在微型化学实验中,气相色谱可以用于从混合物中制备纯品。 气相色谱中的流动相(或活动相)是载气,通常使用惰性气体(如氦气)或反应性差的气体(如氮气)。固定相则由一薄层液体或聚合物附着在一层惰性的固体载体表面构成。固定相装在由玻璃或金属制成的一根空心管柱内(称为色谱柱)。用作进行气相色谱的仪器称为气相色谱仪(或“气体分离器”)。 待分析的气体样品与覆盖有各种各样的固定相的柱壁相互作用,使得不同的物质在不同的时间被洗脱出来。从一种物质进样开始到出现色谱峰最大值的时间被称为该物质的保留时间,通过将未知物质的保留时间与相同条件下标准物质的保留时间的比较可以表征未知物。 在原理上,气相色谱与柱色谱(及其它种类的色谱,如高效液相色谱,薄层色谱)类似,但也有着很多明显的不同。.

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斯克里普斯研究所

斯克里普斯研究所(英文:The Scripps Research Institute,缩写TSRI)是世界著名的综合性医学研究及教育机构。研究领域涵盖基础医学,化学,生物学等方向。总部位于美国加州聖地牙哥市拉霍亚,于2004年在美国弗罗里达州棕榈滩县附近的朱庇特镇(Jupiter, Florida)建立了其第一个分支。研究人员包括3000余名科学家,专业技术员,研究生以及其他管理人员。是世界上最大的私立非营利性生物医学研究机构之一。.

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拟南芥

阿拉伯芥(Arabidopsis thaliana),又名--、鼠耳芥、阿拉伯草,是一种原生于欧亚大陆的小型开花植物。拟南芥被认为是一种杂草;它是在路边和被扰动土地上被找到的。 拟南芥是一个生命周期相对较短的冬季一年生植物,它是植物生物学和遗传学领域的流行的模式生物。对于一个复杂的多细胞真核生物,拟南芥有一个相对较小的基因组,大约135兆碱基对(Mbp)。拟南芥是第一个基因组被完整测序的植物。它是理解许多植物性状的一种流行的分子生物学工具,包括花的发育和向光性。.

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