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乙烯
乙烯是由两个碳原子和四个氢原子组成的化合物。两个碳原子之间用双键连接。 乙烯為合成纖維、合成橡膠、合成塑料（聚乙烯及聚氯乙烯）、合成乙醇（酒精）的基本化工原料，也用於制造氯乙烯、苯乙烯、環氧乙烷、醋酸、乙醛、乙醇和炸藥等，且可用作水果和蔬菜的催熟剂，是一種已證實的植物激素，也是石油化工發展水準之指標。.
代謝產物
代謝產物 (Metabolite)，又稱代謝物是代謝的中間或最後產物，這個詞彙是通常指的是。他們有諸如作為燃料、結構、訊號、刺激、抑止酵素（通常作為酵素的輔因子）、防衛或作用在其他有機分子上（如：色素、氣味分子或費洛蒙）。在一般成長，發育以及繁殖的階段，就有初級代謝產物的參與。工業中被大量製造的乙烯，就是初級代謝產物中的87。而次級代謝產物則不會接參與那些過程，但它們在生理功能上具有重要的意義。它們囊括了抗生素和色素，像是樹脂和松烯。放線菌素就是一種次級代謝產物，它們是從一級代謝產物的色胺酸轉變而來的，但不是所有的抗生素都會把一級代謝產物當前體來使用。在代謝途徑中，醣類中的葡萄糖和果糖就屬於代謝產物。 分子生物工業中生產的初級代謝產的例子 來自一處的酶化学反应的输出成為另一些化学反应的输入，這樣環環相扣而成的代谢物组（Metabolome）會形成一個龐大的代謝網絡。 在生物體本生的或來自藥物的合成物，形成代謝產物後，會成為降解與消除反應的自然的生物化学过程的一部分。化合物本身的降解速率，決定它存在的長短及影響強弱。分析醫藥產品的代謝過程，藥物代謝，在藥物尋找的重要方法，並增進對藥物副作用的暸解。.
代谢
代谢是生物体维持生命的化学反应总称。这些反应使得生物体能够生长和繁殖、保持它们的结构以及对环境作出反应。代谢通常被分为两类：分解代谢可以对大的分子进行分解以获得能量（如细胞呼吸）；合成代谢则可以利用能量来合成细胞中的各个组分，如蛋白质和核酸等。代谢是生物体不断进行物质和能量的交换过程，一旦物质和能量交换停止，生物体的生命就會結束。 代谢中的化学反应可以归纳为代謝途徑，通过一系列酶的作用将一种化学物质转化为另一种化学物质。酶对于代谢反應来说是非常重要的，因为酶可以通过一個熱力學上易於發生的反應來驅動另一個難以進行的反應，使之變得可行；例如，利用ATP的水解所产生的能量来驱动其他化学反应。一个生物体的代谢机制决定了哪些物质对于此生物体是有营养的，而哪些是有毒的。例如，一些原核生物利用硫化氢作为营养物质，但这种气体对于动物来说却是致命的。代谢速度，或者说代谢率，也影响了一个生物体对于食物的需求量。 代谢有一個特点：無論是任何大小的物种，基本代谢途径也是相似的。例如，羧酸，作为柠檬酸循环（又称为“三羧酸循环”）中的最为人们所知的中间产物，存在于所有的生物体，无论是微小的单细胞的细菌还是巨大的多细胞生物如大象。代谢中所存在的这样的相似性很可能是由于相关代谢途径的高效率以及这些途径在进化史早期就出现而形成的结果。.
代谢物组
代谢物组（Metabolome）是指在一个生物样品中发现的完整的一套小分子化学物质。所述生物样品可以是一个细胞，一个细胞器，一个器官，一个组织，一个组织提取物，一个生物流体或整个生物体。在给定的代谢物组发现的小分子的化学物质可能既包括内源性代谢物，它们是由生物体天然产生的（如氨基酸，有机酸，核酸，脂肪酸，胺，糖，维生素，辅因子，颜料，抗生素等），又包括外源化学物质（如药物，环境污染物，食品添加剂，毒素和其它生物异源物质），它们不是由生物体天然产生的。换句话说，代谢物组既有内源性代谢物组又有外源性代谢物组。内源性代谢物组可进一步细分为包括“初级”的和“次级”的代谢物组（特别是指植物的或微生物的代谢物组时）。初级代谢产物是直接参与正常的生长，发育和繁殖。次级代谢产物并不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。次级代谢产物可能包括色素，抗生素或部分生物异源物质代谢废物的衍生产品。一个小分子有资格作为一种代谢物，或者被认为是代谢物组的一部分，必须通常具有分子量这意味着例如糖脂，多糖，短肽（被使用，并且可能是与现有的生物术语相匹配的，指的是完整的基因集合（基因组），完整的蛋白质集合（蛋白质组）和完整的转录物集合（转录物组）。关于代谢物组的第一本书于2003年出版。第一本致力于代谢物组学的杂志（简称《代谢物组学》）于2005年推出，目前由Royston Goodacre博士主编。 关于代谢组学分析的一些更重要的早期论文列在下面的参考文献中。.
代谢物组学
代谢物组学（metabolomics）是涉及代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢物组学是“对特定的细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究”，对它们的小分子代谢产物的整体研究。代谢物组(Metabolome)定义为在一个生物细胞，组织，器官或生物体中所有的代谢产物的集合，而这些代谢物是此生物体基因表达的最终产物。因此，当信使RNA基因表达的数据和蛋白质组学的分析无法描述细胞体内的所有生理活动的时候，对代谢分析可以获得该细胞生理学的一个瞬时快照。系统生物学和的挑战之一是整合蛋白质组学的，转录组学的和代谢物组学的信息以更好地理解细胞生物学。.
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信息素
一隻工蜂正在釋放奈氏腺費洛蒙以吸引其同伴進入一個空的蜂巢 --（pheromone，音译作費--洛蒙），也稱做--，指的是由一个个体分泌到体外，被同物种的其他个体通過嗅覺器官（如副嗅球、犁鼻器）察觉，使后者表现出某种行为，情绪，心理或生理机制改变的物质。它具有通讯功能。几乎所有的动物都证明有信息素的存在。1959年發表雌蠶蛾會分泌性費洛蒙，是科學界首次證明了性費洛蒙是存在的。費洛蒙一詞源於希臘文的「」（意指「我攜帶」）與「」（意指「刺激」），合起來意思是「我攜帶刺激物」的意思。 費洛蒙一詞是於1959年，由科學家彼得·卡森（）與馬林·路丘（）共同提出的，用來形容動物利用化學分子傳遞訊息的溝通方式。1980年代，科學家大衛·白林納（）以及其科學團隊首次探索人類是否也具有與昆蟲及動物相同的神奇溝通能力。直到1991年，他的科學團隊才在類固醇生物化學與分子生物學期刊上發表其研究成果：發現了可能的人類費洛蒙雄二烯酮與雌四烯醇的存在，並發現人類費洛蒙也具有男女的性別區分，對人類負責性行為與內分泌的下視丘具有活化作用，自此開啟了人類性費洛蒙研究的序幕。2000年大衛·白林納進行犁鼻器神經電位的檢定以及對電生理的影響，確定只要極低劑量，約10皮克（10-11g）的人類費洛蒙就可以啟動犁鼻器的電位反應並造成生理現象的改變。.
化学反应
化學反應是一個或一個以上的物質（又稱作反應物）經由化學變化转化為不同於反應物的产物的過程。 化學變化定義為當一個接觸另一個分子合成大分子；或者分子經斷裂分開形成兩個以上的小分子；又或者是分子內部的原子重組。為了形成變化，化學反應通常和化學鍵的形成與斷裂有關。特別注意化學反應不會以任何方式改變原子核，而仅限於在原子外的電子雲交互作用。雖然核變形後可能會引發化學反應，但是核反應與化學反應無關。 化學性質是物質只能在化學變化中表現出來的性質，例如有酸鹼性、氧化还原性质、熱穩定性、反应性等等。.
芳香味化合物
芳香味化合物（英語：Aroma compound），同時也被稱為氣味分子，芳香，香味，或香氣，是具有味道或氣味的化學化合物。當一個化學化合物有足夠的揮發性，就會被送至鼻子上部的嗅覺系統。代表這個化學化合物是具有味道或氣味的。 通常符合以上特徵的分子，分子量會小於三百。flavors會影響嗅覺以及味覺，而fragrances只會影響嗅覺。Flavors偏向自然發生，而fragrances則是傾向合成的方式產生。Karl-Georg Fahlbusch, Franz-Josef Hammerschmidt, Johannes Panten, Wilhelm Pickenhagen, Dietmar Schatkowski,, Kurt Bauer, Dorothea Garbe and Horst Surburg "Flavors and Fragrances" Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry, 2003, Wiley-VCH.
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萜烯
萜烯（terpene，简称萜，詞由turpentine 松節油而來）是一系列萜类化合物的总称，屬脂類，不溶於水，是分子式为异戊二烯（C5H8）的整数倍的烯烃类化合物。萜烯是一個龐大而多樣類有機化合物，主要由一些植物产生，特別是針葉樹；一些动物也能够产生，如白蚁（分泌金合歡烯 farnesene，C15H24）等；近年来研究发现，在海洋生物体内也提取出了大量的萜类化合物，如海参、软珊瑚等。許多萜類化合物是芳烴，它們往往有強烈的氣味。一些植物产生这些带有气味的萜烯，用以阻嚇食草動物和吸引食草動物的寄生蟲天敵，从而可能有一种保护功能。萜烯是树脂以及由树脂而来的-松-节油的主要成分。一些昆蟲如白蟻或燕尾蝶，從它們的Y腺器官（osmeteria）排放萜烯。萜烯和萜類化合物的區別在於，萜烯是烯烃，而萜類是含有其他官能團的烯烃。据统计，目前已知的萜类化合物的总数超过了22,000种。很多萜类化合物具有重要的生理活性，是研究天然产物和开发新药的重要来源。萜类化合物中常见并重要的主要有胡萝卜素类化合物、樟脑、松香酸、薄荷醇类、冰片、维生素A、類固醇等。.
葡萄糖
葡萄糖（法语、德语、英語：glucose；又称血糖、玉米葡糖、玉蜀黍糖）是自然界分布最广、且最为重要的一種单糖。 因為擁有6個碳原子，被歸為己糖或六碳糖。葡萄糖是一种多羟基醛，分子式為C6H12O6。其水溶液旋光向右，故亦称“右旋糖”。葡萄糖在生物学领域具有重要地位，是活細胞的能量來源和新陳代謝的中间产物。植物可通过行光合作用產生葡萄糖。.
醣類
#重定向 糖类.
酶
酶（Enzyme（ ））是一类大分子生物催化劑。酶能加快化學反應的速度（即具有催化作用）。由酶催化的反應中，反應物稱爲底物，生成的物質稱爲產物。幾乎所有細胞內的代謝過程都離不開酶。酶能大大加快這些過程中各化學反應進行的速率，使代謝產生的物質和能量能滿足生物體的需求。細胞中酶的類型對可在該細胞中發生的代謝途徑的類型起決定作用。對酶進行研究的學科稱爲「酶學」（enzymology）。 目前已知酶可以催化超過5000種生化反應。大部分酶是蛋白質，有少部分酶是具有催化活性的RNA分子，这些酶被称为核酶。酶的特異性是由其獨特的三級結構決定的。 和所有的催化劑一樣，酶通過降低反應活化能加快化學反應的速率。一些酶可以將底物轉化爲產物的速率提高數百萬倍。一個比較極端的例子是。該酶可以使在無催化劑條件下需要進行數百萬年的化學反應在幾毫秒內完成。從化學原理上講，酶和其它所有催化劑一樣，反應不會使其物質量發生變化。酶亦不能改變化學平衡，這一點和其它催化劑也是一樣的。酶和其它催化劑的不同之處在於，它們的專一性要強得多。一些分子可以影響酶的活性。如酶抑制劑能降低酶的活性，酶激活劑能提高酶的活性。許多藥物及毒物是酶的抑制劑。當超出適宜的溫度和pH值後，酶的活性會顯著下降。 酶在工业和人们的日常生活中的应用也非常广泛。例如，药厂用特定的合成酶来合成抗生素；洗衣粉中添加酶能加速附着在衣物上的蛋白质、淀粉或脂肪漬的分解；嫩肉粉中加入木瓜蛋白酶能將蛋白質分解爲稍小的分子，使肉的口感更嫩滑。.
色素
色素（Pigment），有時稱颜料，是能使物体染上颜色的物质。.
色氨酸
色氨酸（Tryptophan, 縮寫Trp或W）是22個標準氨基酸之一，人體不能合成的必需氨基酸，因此它須從食物中汲取。它的標準遺傳密碼的密碼子編碼為UGG，只有L-立體異構體色氨酸有構造或酶活蛋白質的作用，R-立體異構體則偶爾在自然產生的肽中發現。色氨酸的明顯結構式特徵是，它含有吲哚官能團。它是血清素（亦称“5-羟色胺”）的前體，血清素是重要的神經递质。.
抗代谢物
抗代谢物（Antimetabolite）指化学结构与天然代谢产物相似的化合物，在代谢反应中能与正常代谢产物相拮抗，减少正常代谢物参与反应的机会，抑制正常代谢过程。.
抗生素
#重定向 抗细菌药.
果糖
果糖（C6H12O6, ）是一种简单的糖（单糖），極易溶於水，在许多食品中存在，和葡萄糖、半乳糖一起构成了血糖的三种主要成份。蜂蜜，树上的水果，浆果，瓜类，以及一些根类蔬菜如：甜菜，地瓜，歐洲蘿蔔，洋葱等含有果糖；通常与蔗糖与葡萄糖在一起形成化合物。果糖也是蔗糖分解的产物，蔗糖是一种雙醣，在消化过程中，由于酶的催化特性而分解为一个葡萄糖和一个果糖。 果糖是甜度最高的天然糖，果糖的甜度一般被認定是蔗糖的1.73倍。.
树脂
樹脂是一種來自多種植物，特別是松柏類植物的烴（碳氫化合物）類的分泌物。因為它特殊的化學結構，以及可以作為乳膠漆和膠合劑等材料。.
次级代谢产物
次级代谢产物（Secondary metabolites，又称为次生代谢物、二代謝物）是不直接涉及到生命正常生长、发育或繁殖的有机化合物。不像初级代谢产物，缺少次级代谢产物不会导致立即死亡，但是在长期看来，会损伤生物的生存性、繁殖力或美学性，或者一点也没有明显的改变。次级代谢产物常被限定在系统发生学群体中的一个小系列里。次级代谢产物在植物防被食防卫方面起着重要的作用。人类利用次级代谢产物作为药物、调味品或消遣类药物。細菌利用抗生素來和周圍的細菌合作和溝通，常常次級代謝都發生在細菌成長期之後的固定期（stationary phase），而人類使用提煉出來的抗生素做藥物。.
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活性代謝產物
活性代謝產物(active metabolite)是藥物經代謝後產出，具有生理活性的分子。.
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