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GROMACS

指数 GROMACS

GROMACS(全称:GROningen MAchine,全称格罗宁根华讯模拟体系)是一套分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。GROMACS是开源免费的软件,4.6版之前的版本使用GNU通用公共许可证(GPL)发行,而4.6版之后使用GNU宽通用公共许可证(LGPL)发行。.

目录

  1. 19 关系: 史丹佛大學乌普萨拉大学人工生命分子动力学C++C语言皇家工学院蛋白質資料庫Folding@homeFortranGNU宽通用公共许可证GNU通用公共许可证LinuxMacOSMicrosoft WindowsUNIXX86X86-64格罗宁根大学

史丹佛大學

小利蘭·史丹福大學(Leland Stanford Junior University),常直接稱為史丹福大學(Stanford University),為一所坐落於美國加利福尼亞州史丹福的私立研究型大學,因其學術聲譽和创业氛围而獲評為世界上最知名的高等學府之一。 斯坦福大學於1891年由時任加州參議員及州長的鐵路大亨利蘭·史丹福和他的妻子創辦。這是為了紀念他們因傷寒而於16歲生日前夕去世的兒子()。其為男女及宗教自由的學校,在1930年代前所有學費全免。可是,1893年利蘭·史丹福的逝世及1906年對校園造成重大損毀的三藩市大地震,為該校帶來嚴重的財政困難後才開始收費。二次世界大戰後,時任學校教務長的弗雷德里克·特曼全力支持校友與教職員的企業精神,希望能建立一個自給自足的本地工業,這也是現今硅谷的源流。自上世紀七十年代,史丹福成為了美國SLAC國家加速器實驗室的所在地,及其中一個高等研究計劃署網路(互聯網雛形)的起源地。 學校的校園位於矽谷的西北方,鄰近帕羅奧圖。校方的各個學術部門被歸入七所學術學院內,而包括生物保育區及加速實驗室在內的其他資產則設於主校區之外。此校同時為最富有的教育機構之一,並為第一所在一年內獲得超過十億美元捐款升幅的大學。 史丹福為一所擁有高住宿率及高選擇性的大學,當中的研究生課程較本科的多元化。該校也是馬丁路德金手寫原稿的保存地。史丹福學生透過36支代表隊參與不同的體育競賽,其為兩所太平洋十二校聯盟的私立大學之一。有關校隊曾奪得過104次大學體育協會賽事的冠軍,成績於眾多大學中位列第二。自1994-95年起,其亦一直為全國大學體育競技董事杯的年度得主。 史丹福培養了不少著名人士。其校友涵蓋30名富豪企業家及17名太空員,亦為培養最多美國國會成員的院校之一。史丹福校友創辦了眾多著名的公司機構,如:谷歌、雅虎、惠普、耐克、昇陽電腦等,這些企業的資金合計相等於全球第十大經濟體系。共81名諾貝爾獎得主現或曾於該校學習或工作。.

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乌普萨拉大学

乌普萨拉大学(Uppsala universitet)是一所国立的综合性的大学,位于瑞典的乌普萨拉,位于首都斯德哥尔摩西北78公里处。它创建于1477年,是北欧最古老的大学,北欧及全球范围最好的大学之一,在欧洲亦被广泛视为最享有盛誉的学府之一。.

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人工生命

人工生命(英语:Artificial life),指通过人工模拟生命系统,来研究生命的领域,是由人工智慧產生的概念。最先由计算机科学家克里斯托弗·兰顿于1987年在洛斯阿拉莫斯国家实验室召开的“生成以及模拟生命系统的国际会议”上提出。.

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分子动力学

分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要是依靠计算机来模拟分子、原子体系的运动,是一种多体模拟方法。通过对分子、原子在一定时间内运动状态的模拟,从而以动态观点考察系统随时间演化的行为。通常,分子、原子的轨迹是通过数值求解牛顿运动方程得到,势能(或其对笛卡尔坐标的一阶偏导数,即力)通常可以由分子间相互作用势能函数、分子力学力场、全始計算给出。对于考虑分子本身的量子效应的体系,往往采用波包近似处理或采用量子力学的费恩曼路径积分表述方式处理。 分子动力学也常常被采用作为研究复杂体系热力学性质的采样方法。以在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。 分子动力学最早在20世纪50年代由物理学家提出,如今广泛应用与物理、化学、生物体系的理论研究中。.

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C++

C++是一種使用廣泛的计算机程序設計語言。它是一種通用程序設計語言,支援多重编程模式,例如程序化程序設計、数据抽象、面向对象程序設計、泛型程序設計和设计模式等。 比雅尼·斯特勞斯特魯普博士在贝尔实验室工作期间在20世紀80年代發明並實現了C++。起初,這種語言被稱作“C with Classes”(“包含‘類’的C語言”),作為C語言的增強版出現。随后,C++不斷增加新特性。虚函数(virtual function)、运算符重载(operator overloading)、多繼承(multiple inheritance)、标准模板库(standard template library, STL)、异常处理(exception)、运行时类型信息(Runtime type information)、命名空間(namespace)等概念逐漸納入標準。1998年,國際標準組織(ISO)頒布了C++程序設計語言的第一個國際標準ISO/IEC 14882:1998,目前最新标准为ISO/IEC 14882:2017。根據《C++編--程思想》(Thinking in C++)一書,C++與C的代码执行效率往往相差在±5%之間。 C++語言發展大概可以分為三個階段:第一階段從80年代到1995年。這一階段C++語言基本上是傳統類型上的面向对象語言,並且憑藉着接近C語言的效率,在工業界使用的開發語言中佔據了相當大份額;第二階段從1995年到2000年,這一階段由於標準模板庫(STL)和後來的Boost等程式庫的出現,泛型程序設計在C++中佔據了越來越多的比重。當然,同時由於Java、C#等語言的出現和硬體價格的大規模下降,C++受到了一定的衝擊;第三階段從2000年至今,由於以Loki、MPL(Boost)等程式庫為代表的產生式編程和模板元編程的出現,C++出現了發展歷史上又一個新的高峰,這些新技術的出現以及和原有技術的融合,使C++已經成為當今主流程序設計語言中最複雜的一員。.

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C语言

C是一种通用的程式語言,广泛用于系统软件与应用软件的开发。于1969年至1973年間,為了移植與開發UNIX作業系統,由丹尼斯·里奇與肯·汤普逊,以B语言为基础,在贝尔实验室設計、开发出來。 C语言具有高效、灵活、功能丰富、表达力强和較高的可移植性等特点,在程式設計中备受青睐,成为最近25年使用最为广泛的编程语言。目前,C语言編譯器普遍存在於各種不同的操作系统中,例如Microsoft Windows、macOS、Linux、Unix等。C語言的設計影響了众多後來的程式語言,例如C++、Objective-C、Java、C#等。 二十世纪八十年代,為了避免各開發廠商用的C語言語法產生差異,由美國國家標準局為C語言訂定了一套完整的國際標準語法,稱為ANSI C,作為C語言的標準。二十世纪八十年代至今的有关程式開發工具,一般都支持符合ANSI C的語法。.

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皇家工学院

#重定向 皇家理工学院.

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蛋白質資料庫

蛋白質資料庫(Protein Data Bank,简称PDB)是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的数据庫。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上,还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库,例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。這些資料和數據一般是世界各地的结构生物学家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得,並釋放到公有領域供公众免費使用。.

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Folding@home

Folding@home(簡稱FAH或F@h)是一个研究蛋白质折叠、误折、聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算工程。由斯坦福大学化學系的潘德实验室(Pande Lab)主持,於2000年10月1日正式啟動。Folding@home現時是世界上最大的分布式計算計劃,於2007年為吉尼斯世界纪录所承認。 2004年3月8日,研究基因結構的計劃終止,併入Folding@home。.

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Fortran

福傳(Fortran),源自於「公式翻译」(Formula Translation)的縮寫,是一種程式語言。1957年由IBM開發出,是世界上第一个被正式采用並流传至今的高级编程語言。.

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GNU宽通用公共许可证

GNU宽通用公共许可证(GNU Lesser General Public License)简称LGPL,是由自由软件基金会公布的自由软件授权条款。它允许企业与软件开发者使用,或将LGPL授权的软件整合至他们自己的软件内(即使该软件是私有软件也被允许),同时不会受到Copyleft特性的许可证强制对软件开源的限制。该许可证常被用于一些(但不是全部)的GNU程序库。 这个许可证以前被称为GNU程式库通用公共许可证(GNU Library General Public License)。此许可证最新版本为“第3版”,2007年6月29日发布,较早的版本有2.0和2.1版。此種授權之出現,是為了在GPL與許可式授權(如MIT许可证及柏克萊大學的BSD许可证)間取得折衷。 採用LGPL之計畫本身雖然仍有“Copyleft”之限制條件,但這些限制不感染僅僅只--到本計畫的軟體。不過此等軟體仍會受到其他限制。 LGPL主要使用之標的為軟體函式庫(Software Libraries),但是其亦可使用於獨立存在的應用程式。比較有名的例子為Mozilla跟OpenOffice.Org。.

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GNU通用公共许可证

GNU通用公共授權條款(GNU General Public License,简称 GNU GPL、GPL)是廣泛使用的免費軟件許可證,可以保證終端用戶得自由運行,學習,共享和修改軟件。許可證最初由GNU項目的自由軟件基金會 (FSF)的理查德·斯托曼(Richard Matthew Stallman)撰寫,並授予計算機程序的收件人自由軟件定義的權利。 GPL是一個Copyleft許可證,這意味著衍生作品只能以相同的許可條款分發。 這與許可免費軟件許可證有所區別 ,其中BSD許可證和MIT許可證是廣泛使用的示例。 GPL是第一個普遍使用的Copyleft許可證。 歷史上,GPL許可證系列一直是免費和開源軟件領域最受歡迎的軟件許可之一。 根據GPL許可的優異自由軟件程序的例子有Linux內核和GNU編譯器集合 (GCC)。 David A.

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Linux

Linux( )是一種自由和開放源碼的類UNIX作業系統。该操作系统的内核由林纳斯·托瓦兹在1991年10月5日首次发布。,在加上使用者空間的應用程式之後,成為Linux作業系統。Linux也是自由软件和开放源代码软件发展中最著名的例子。只要遵循GNU通用公共许可证(GPL),任何个人和机构都可以自由地使用Linux的所有底层源代码,也可以自由地修改和再发布。大多數Linux系統還包括像提供GUI的X Window之類的程序。除了一部分專家之外,大多數人都是直接使用Linux發行版,而不是自己選擇每一樣組件或自行設置。 Linux嚴格來說是單指作業系統的内核,因作業系統中包含了許多用戶圖形介面和其他实用工具。如今Linux常用来指基于Linux的完整操作系统,內核則改以Linux内核稱之。由于这些支持用户空间的系统工具和库主要由理查德·斯托曼于1983年发起的GNU计划提供,自由软件基金会提议将其组合系统命名为GNU/Linux,但Linux不屬於GNU計劃,這個名稱並沒有得到社群的一致認同。 Linux最初是作为支持英特尔x86架构的个人电脑的一个自由操作系统。目前Linux已经被移植到更多的计算机硬件平台,远远超出其他任何操作系统。Linux可以运行在服务器和其他大型平台之上,如大型主机和超级计算机。世界上500个最快的超级计算机90%以上运行Linux发行版或变种,包括最快的前10名超级电脑运行的都是基于Linux内核的操作系统。Linux也广泛应用在嵌入式系统上,如手机(Mobile Phone)、平板电脑(Tablet)、路由器(Router)、电视(TV)和电子游戏机等。在移动设备上广泛使用的Android操作系统就是建立在Linux内核之上。 通常情况下,Linux被打包成供个人计算机和服务器使用的Linux发行版,一些流行的主流Linux发布版,包括Debian(及其衍生版本Ubuntu、Linux Mint)、Fedora(及其相关版本Red Hat Enterprise Linux、CentOS)和openSUSE等。Linux发行版包含Linux内核和支撑内核的实用程序和库,通常还带有大量可以满足各类需求的应用程序。个人计算机使用的Linux发行版通常包含X Window和一个相应的桌面环境,如GNOME或KDE。桌面Linux操作系统常用的应用程序,包括Firefox网页浏览器、LibreOffice办公软件、GIMP图像处理工具等。由于Linux是自由软件,任何人都可以创建一个符合自己需求的Linux发行版。.

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MacOS

macOS(2012年前称 Mac OS X,2012年-2016年称 OS X,2016年起称 macOS)是苹果公司推出的图形用户界面操作系統,為麦金塔电脑专用,自2002年起在所有的 Mac 电脑预装。 StatCounter 在2017年1月的数据表示,在桌面操作系统中,macOS 的使用份额为11.2%,次于 Microsoft Windows 的84.4%位居第二。 macOS 是1999年发行的“经典”Mac OS 最终版本 Mac OS 9 的后继者。1999年发布 macOS Server 的首个版本 Mac OS X Server 1.0,桌面版 Mac OS X v10.0“Cheetah”于2001年3月24日发布。2012年苹果将 Mac OS X 更名为 OS X,第一个使用此命名的系统为“OS X Mountain Lion”。以前版本的 macOS 以大型猫科动物命名,例如 Mac OS X v10.8 被称为“Mountain Lion”,但随着2013年6月 OS X Mavericks 的公布,命名开始采用加州地标。2016年6月,苹果公司宣布 OS X 更名为macOS,以便与苹果其他操作系统 iOS、watchOS 和 tvOS 保持统一的命名风格。 其包含两个主要的部分:核心名为 Darwin,是以 BSD 源代码和 Mach 微核心为基础,由苹果公司和独立开发者社群合作开发;及一个由苹果电脑开发,名为 Aqua 的专利的图形用户界面。 macOS Server 也同时于2001年发售,架构上来说与工作站(客户端)版本相同,只有在包含的工作群组管理和管理软件工具上有所差异,提供对于关键网络服务的简化存取,像是邮件传输服务器,Samba 软件,轻型目录访问协议服务器以及域名系统。同时它也有不同的授权类型。 苹果公司在圣何塞当地时间2017年6月5日 WWDC 2017 首日介绍了新一代 macOS High Sierra(版本10.13),正式版已于2017年9月25日发布。.

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Microsoft Windows

Microsoft Windows(中文有时譯作微軟--,通常不做翻译)是微軟公司推出的一系列操作系统。它問世於1985年,起初是MS-DOS之下的桌面環境,其後續版本逐漸發展成為主要为個人電腦和服务器用户設計的操作系統,并最终获得了世界个人电脑操作系統的垄断地位。此操作系統可以在几种不同类型的平台上运行,如个人电脑(PC)、移动裝置、服务器(Server)和嵌入式系統等等,其中在个人电脑的领域应用内最为普遍。在2004年國際數據資訊公司一次有关未来发展趋势的会议上,副董事长Avneesh Saxena宣布Windows拥有终端操作系统大约70%的市场份额 www.linuxworld.com.au。 Windows操作系統目前最新的穩定版是於2015年7月29日發佈的 Windows 10。Windows Server目前最新的穩定版是2016年9月26日發佈的Windows Server 2016。.

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UNIX

UNIX,一种计算机操作系统,具有多任务、多用户的特征。于1969年,在美国AT&T公司的贝尔实验室开发類UNIX(UNIX-like)。.

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X86

x86泛指一系列由英特爾公司開發處理器的架構,這類處理器最早為1978年面市的「Intel 8086」CPU。 該系列較早期的處理器名稱是以數字來表示80x86。由於以“86”作為結尾,包括Intel 8086、80186、80286、80386以及80486,因此其架構被稱為“x86”。由於數字並不能作為註冊商標,因此Intel及其競爭者均在新一代處理器使用可註冊的名稱,如Pentium。現時英特爾將其稱為IA-32,全名為“Intel Architecture, 32-bit”,一般情形下指代32位元的架構。.

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X86-64

x86-64( 又稱x64,即英文詞64-bit extended,64位元拓展 的簡寫)是x86架構的64位拓展,向后相容於16位及32位的x86架構。x64於1999年由AMD設計,AMD首次公開64位元集以擴充給x86,稱為「AMD64」。其後也為英特爾所採用,現時英特爾稱之為「Intel 64」,在之前曾使用過「Clackamas Technology」 (CT)、「IA-32e」及「EM64T」。 蘋果公司和RPM套件管理員以「x86-64」或「x86_64」稱呼此64位架構。甲骨文公司及Microsoft稱之為「x64」。BSD家族及其他Linux發行版則使用「x64-64」,32位元版本則稱為「i386」(或 i486/586/686),Arch Linux用x86_64稱呼此64位元架構。.

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格罗宁根大学

格罗宁根大学(荷兰语:Rijksuniversiteit Groningen)位于荷兰格罗宁根,始建于1614年,是荷兰历史第二悠久和第三大大学,学生约三万人。自17世纪建校以来,学校吸引了大量的外国留学生和教授。 格罗宁根大学是欧洲科英布拉集團的成员,并和世界上一些优秀大学建立起了长期伙伴关系和开展了学生交流项目。.

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