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22 关系: 厚壁菌門，硝化螺旋菌門，綠彎菌門，綠菌門，網團菌門，纖維桿菌門，疣微菌門，產金菌門，產水菌門，熱袍菌門，熱脫硫桿菌門，異常球菌-棲熱菌門，芽單胞菌門，螺旋體門，衣原體門，變形菌門，脫鐵桿菌門，酸桿菌門，梭桿菌門，浮黴菌門，擬桿菌門，放線菌門。
厚壁菌門
厚壁菌門（學名：Firmicutes）是一大類細菌，多數爲革蘭氏陽性，有細胞壁的結構。少數，如柔膜菌綱（Mollicutes）（如支原體），缺乏細胞壁而不能被革蘭氏方法染色，但也和其餘的革蘭氏陽性菌一樣缺乏第二層細胞膜。厚壁菌門這個詞原本包括所有革蘭氏陽性菌，但目前僅包括低G+C含量的革蘭氏陽性菌，而高G+C含量的則被劃入放線菌門（Actinobacteria）。厚壁菌門表現為球狀或者桿狀。 很多厚壁菌可以產生内生孢子，它可以抵抗脫水和極端環境。很多環境中都可找到内生孢子，很多著名的病原菌都能產生孢子。有一類厚壁菌，太陽桿菌科可以通過光合作用產生能量。.
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硝化螺旋菌門
硝化螺旋菌門（Nitrospira）是一類革蘭氏陰性細菌。其中的硝化螺旋菌屬（Nitrospira）作爲硝化細菌（Nitrifier），可將亞硝酸鹽氧化成硝酸鹽。.
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綠彎菌門
綠彎菌門(Chloroflexi)是一類通過光合作用產生能量的細菌，又稱作綠非硫細菌，儘管還有一部分稱作熱微菌的細菌也屬於綠非硫細菌。它們具有綠色的色素，包括作爲反應中心的菌綠素a和作爲天線分子的菌綠素c，通常位于稱作綠体的微囊中。 典型的綠彎菌門細菌是線形的，通過滑行來移動。它們是兼性厭氧生物，在光合作用中不產生氧氣，不能固氮。利用3-羥基丙酸途徑，而不是常見的卡爾文途徑來固定二氧化碳。細胞壁的肽聚糖中含有D-鳥氨酸，類似于革蘭氏陽性菌，但革蘭氏染色結果仍爲陰性。系統發生樹顯示綠彎菌門和其他的光合細菌具有不同的起源。.
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綠菌門
綠菌門是一類進行不產氧光合作用的細菌。這類細菌沒有已知的近親，最近的類群爲擬桿菌門。 綠菌門通常不活動（一個種具有鞭毛），形狀爲球狀、桿狀或者螺旋狀。其生存要求無氧環境和光。它們的光合作用利用一種稱作綠體的微囊中附在膜上的菌綠素c、d和e吸收光能。它們利用硫化物作爲電子供體，產生單質硫沉積在胞外。這些硫可被進一步氧化生成硫酸鹽。由於綠菌門細菌的顔色因菌綠素多顯綠色，又被稱爲綠硫細菌(green sulphur bacteria)。相應於綠硫細菌，植物的、真核藻類的和藍藻的光合作用都利用水爲電子供體，而被氧化爲氧氣。 一種綠硫細菌已經被發現在墨西哥海岸太平洋表面之下水深2500米的一個深海熱泉附近。在這個深度，特定的細菌GSB1依靠在的深海熱泉昏暗的光芒生存，因為沒有太陽光可以穿透到那里的深海。 綠硫細菌还在印度尼西亞的馬塔納湖被發現，在約110-120米的深度。物種可能包括綠硫桿菌Chlorobium ferrooxidans。.
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網團菌門
網團菌門（Dictyoglomi）是一類細菌，只包含一個屬，即網團菌屬（Dictyoglomus）。它是極端嗜熱菌，營化能有機營養，即利用有機物獲得能量。這種生物可以製造木聚糖酶，將木聚糖（xylan）分解成木糖（xylose）。用這種酶對木質紙漿進行預處理，就能夠利用較少的氯氣漂白得到更白的紙。.
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纖維桿菌門
纖維桿菌門（Fibrobacteres）是一類革蘭氏陰性細菌，只包括纖維桿菌屬（Fibrobacter）一個屬。 纖維桿菌屬生活在反芻動物的瘤胃中，在其細胞周質中有纖維素酶可以分解纖維素使動物能夠吸收。.
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疣微菌門
疣微菌門（Verrucomicrobia）是一門被劃出不久的細菌，包括少數幾個被識別的種類，主要被發現於水生和土壤環境，或者人類糞便中。還有很多未被成功培養的種類是和真核宿主共生的，包括一些原生生物的外共生菌和線蟲動物配子中的内共生菌。 疣微菌門生物中的疣微菌屬（Verrucomicrobium）和突柄桿菌屬（Prosthecobacter）具有胞質突出形成的兩個到多個突起，因此得名。它們通過二分分裂繁殖。它們的最近類群可能是衣原體門。.
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產金菌門
金菌門（Chrysiogenetes）是一支獨特的細菌，目前只發現了一個種，即砷酸產金菌（Chrysiogenes arsenatis）。它具有獨特的生活方式和生化過程。它經營化能無機自養，利用對绝大多數生物劇毒的砷作爲其營養。砷酸產金菌利用亞砷酸鹽作爲電子供體，將其氧化成砷酸鹽。 砷酸產金菌可以在富含亞砷酸鹽的地方被發現，比如被砷污染的湖底或者含砷的金礦中。.
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產水菌門
水菌門(Aquificae)包括了一些在多種嚴酷環境條件下生存的細菌，如在熱泉、硫磺池、海底熱泉口等等。其中產水菌屬(Aquifex)中的一些種類可以在85~95℃的環境中繁衍。產水菌門屬於真細菌，但卻是從16S rRNA演化樹中，細菌中最接近古菌和真核生物的一支，而古菌中也存在大量生活在超高溫環境下的種類。 目前產水菌門内部的分類尚無一致意見。.
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熱袍菌門
熱袍菌門(Thermotogae)，又譯作棲熱袍菌門，是一類嗜熱或者超嗜熱細菌，其細胞外面有一層“袍”一樣的膜包裹，可以利用碳水化合物。不同的種類可適應不同的鹽濃度和氧含量。重要的屬如熱袍菌屬(Thermotoga)。.
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熱脫硫桿菌門
熱脫硫桿菌門是一個小類群的嗜熱硫酸鹽還原細菌。.
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異常球菌-棲熱菌門
本分類名稱尚未確定，目前根據伯傑氏手冊暫稱爲異常球菌-棲熱菌門。本門包括一些能抵抗嚴酷環境的球狀細菌，分爲兩個目。異常球菌目只有一個屬，異常球菌屬(Deinococcus)，包括幾個耐輻射的種，並且由於能夠吃掉核污染和一些有毒物質而出名。棲熱菌目包括幾個耐熱的屬。其中水生棲熱菌(Thermus aquaticus)的耐高溫DNA聚合酶（Taq酶）被廣泛應用於聚合酶鏈式反應(PCR)。 這些細菌具有厚的細胞壁，因此染色爲革蘭氏陽性。但它們具有第二層細胞膜，結構上和革蘭氏陰性細菌更接近。.
芽單胞菌門
芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)目前僅有一屬得到正式命名，即芽單胞菌屬(Gemmatimonas)，是一類革蘭氏陰性細菌，通過出芽方式繁殖。.
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螺旋體門
螺旋體門（Spirochaetes）是一類很有特點的細菌，具有長的螺旋形盤繞的細胞。它們獨具細胞全長、在細胞膜和細胞壁之間的鞭毛，稱爲“軸絲”（axial filament）。螺旋體可以通過軸絲產生的扭轉運動前後移動。多數螺旋體營厭氧自由生活，但有很多例外。 琳·马古利斯曾經認爲真核細胞的鞭毛來自共生的螺旋體，但同意這一觀點的生物學家不多，因爲二者結構上沒有太多相似之處。 螺旋體門目前被分爲三科，重要成員包括：.
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衣原體門
衣原體門（学名：Chlamydiae）是一門細菌。它們的生長完全在其它生物的細胞内進行，是專性寄生菌。衣原體原先多被歸入衣原體屬(Chlamydia)，隨著分子生物學發展，目前根據系統發育樹分爲四個科。 衣原體門細菌比一般細菌小，有的比病毒小。衣原體門被歸類為革蘭氏陰性菌，具有類似於其他革蘭氏陰性菌的外膜和內膜；最開始，科學界普遍認為衣原體門的細胞壁不含肽聚醣，然而最近已有研究顯示其細胞壁上的確有肽聚醣存在，並成功辨認出幾種蛋白質。.
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變形菌門
變形菌門（Proteobacteria）是細菌中主要的一門，包括很多病原菌，如大腸杆菌、沙門氏菌、霍乱弧菌、幽门螺杆菌等著名的属。也有自由生活（非寄生）的種類，包括很多可以進行固氮的細菌。 卡尔·乌斯於1987年建立這個群組，非正式的稱這是“紫細菌及其親屬”。變形菌門主要是由核糖體RNA序列定義的，名稱取自希臘神話中能夠變形的神普羅透斯（這同時也是變形菌門中變形桿菌屬的名字），因爲該門細菌的形狀具有極爲多樣的形狀。.
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脫鐵桿菌門
脫鐵桿菌門(Deferribacteres)是一類通過專性或兼性厭氧代謝獲得能量的細菌，可利用多種電子受體。.
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酸桿菌門
酸桿菌門(Acidobacteria)是新近被分出的一門細菌。它們是嗜酸菌。現在對它們研究還很少，但它們在生態系統中具有重要作用，比如土壤中。.
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梭桿菌門
梭桿菌門(Fusobacteria)是一個小類群的革蘭氏陰性細菌。其中梭桿菌屬（Fusobacterium）常見于消化道，是口腔菌群之一，也可導致一些疾病。 今年10月份，两个研究小组发布了几乎相同的研究报告，指出一种叫做“梭杆菌”的稀有生存在人体肠道的细菌在结肠癌细胞中处于异常活跃状态，表明它与结肠癌高发病率具有一定的联系。对比健康的结肠组织和癌细胞，研究人员发现癌细胞中的梭杆菌数量是健康结肠组织的数百倍。 这是首次证实梭杆菌与癌症具有相关性，但此前的研究发现这些微细菌可导致溃疡性结肠炎高发病率。.
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浮黴菌門
浮黴菌門(Planctomycetes)是一小門水生細菌，在海水、半咸水、淡水中都可被發現。 其中浮黴菌屬(Planctomyces)和小梨形菌屬(Pirellula)等都是專性好氧菌。它們通過出芽法繁殖。形態上，它們通常是卵形，不用來繁殖的一端有柄，可以用來附着。它們的生活史分爲固着細胞和有鞭毛的游動細胞，類似α-變形菌綱的柄桿菌屬。 浮黴菌門的細胞壁中含有糖蛋白而不含胞壁質，因此它們可以通過青黴素等破壞細胞壁的抗生素來選擇性富集。最爲奇特的一點是，浮黴菌門細胞具有複雜的胞内膜結構，甚至有些屬（如出芽菌屬(Gemmata)）的染色質被膜包圍且緊縮，類似真核生物的細胞核，這在原核生物中是僅有的。 此外，在浮黴菌門中還有一類和浮黴菌屬等關係較遠的細菌，如(Candidatus Brocadia)、(Candidatus Kuenenia)和(Candidatus Scalindua)屬，它們至今未能成功分離得到純菌株，因此尚未獲得正式命名和分類。它們能夠在缺氧環境下利用亞硝酸鹽(NO2-)氧化銨離子(NH4+)生成氮氣來獲得能量，因此稱作厭氧氨氧化菌(anaerobic ammonium oxidation, Anammox)，對全球氮循環具有重要意義，也是污水處理中重要的細菌。.
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擬桿菌門
擬桿菌門(Bacteroidetes)包括三大類細菌，即擬桿菌綱、黃桿菌綱、鞘脂桿菌綱。它們的相似性體現在核糖體16S RNA。 很多擬桿菌綱的細菌種類生活在人或者動物的腸道中，有些時候成爲病原菌。在糞便中，以細胞數目計，擬桿菌屬(Bacteroides)是主要微生物種類。 黃桿菌綱主要存在於水生環境中，也會在食物中存在。多數黃桿菌綱細菌對人無害，但腦膜膿毒性金黃桿菌(Chryseobacterium meningosepticum)可引起新生兒腦膜炎。黃桿菌綱還有一些嗜冷類群。 鞘脂桿菌綱重要類群爲噬胞菌屬(Cytophaga)，在海洋細菌中佔有較大比例，可以降解纖維素。.
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放線菌門
放線菌（Actinobacteria）是一類革蘭氏陽性細菌，可棲息於水中或陸地上，雖然一開始被認定為土壤菌，但淡水中的种类可能比陸地上的更豐富，它們具有分支的纖維和孢子，依靠孢子繁殖，表面上和屬於真核生物的真菌類似。曾經由於放线菌的形態，人们認爲它们是介於細菌和黴菌之間的物种，因此原来它们被分類爲「放線菌目」（Actinomycetes）。但因爲放線菌沒有核膜，且細胞壁由肽聚糖組成，和其它細菌一樣。目前通過分子生物學方法，放線菌被肯定爲細菌的一個大分支。放線菌用革蘭氏染色可染成紫色（陽性），和另一類革蘭氏陽性菌——厚壁菌門相比，放線菌的GC含量較高 。但2012年的研究顯示，一些淡水的放線菌的GC含量較低，這些淡水放線菌的GC比可以低至 42% 。 放線菌門是重要的細菌門之一，其下包含了最大的屬－鏈黴菌屬。系統發生學的分析可以以谷氨酰胺合成酶序列。 虽然一些最大的、最复杂的菌细胞是放线菌，但是海洋中生活的放线菌已经被描述为具有最小的自由生活的原核细胞。 放線菌重要的屬有：.
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亦称为 细菌列表。