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日本DNA数据库

指数 日本DNA数据库

日本DNA数据库(日本DNAデータバンク、DNA Data Bank of Japan,缩写:DDBJ)是日本国立遗传学研究所(静冈县三岛市)建造的DNA核酸序列的序列数据库。它也是(INSDC)的成员。 它每天与欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)的欧洲分子生物学实验室,和美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GenBank交换数据。因此,这三大国际数据库在任何给定时间包含相同的数据。 DDBJ于1986年在国立遗传学研究所开始了数据库的运作,并且仍然是亚洲唯一的核苷酸序列数据库。尽管DDBJ主要是从日本研究者那里收到数据,但它可以接受来自任何其他国家的贡献者的数据。DDBJ主要是由日本文部科學省(MEXT)资助。DDBJ有一个国际咨询委员会,由9名成员组成,其中来自欧洲,美国和日本每个成员国家各自有3个成员。该委员会每年一次向DDBJ提供有关其维护,管理和未来计划的建议。除此之外,DDBJ还有一个国际合作委员会,就与国际合作相关的各种技术问题提供咨询,并由工作层面参与者所组成。.

目录

  1. 10 关系: 三島市美国国家生物技术信息中心靜岡縣脱氧核糖核酸GenBank核酸序列欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息研究所文部科學省日本

  2. 基因組學
  3. 日本数据库

三島市

三島市()為日本靜岡縣東部伊豆半島中北端的都市。.

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美国国家生物技术信息中心

国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,简称NCBI)是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分)。NCBI位于美國马里兰州的贝塞斯达,建立于1988年。 NCBI设置有与生物技术和生物医学相关的一系列数据库,是生物信息学工具和服务的重要资源。 主要数据库包括DNA序列GenBank,和生物医学文献书目数据库PubMed。 其他数据库包括NCBI。 所有这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线获取。 许多受尊敬的研究者在NCBI工作,如比较基因组学领域的一位多产的科学家Eugene Koonin和BLAST序列数据库搜索算法的作者Stephen Altschul。 NCBI在研究数据库r3data.org的注册表中列出。.

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靜岡縣

岡縣()是日本的一個縣份,位於本州中部太平洋沿岸的東海地方,縣廳位於靜岡市,縣內有濱松市、靜岡市兩個政令指定都市。靜岡縣是日本人口第十多的縣,人口大多居住在東海道新幹線沿線的帶狀地區。靜岡縣的轄區範圍包括歷史上令制國中的駿河國、遠江國全境和伊豆國的大部分地區(不含伊豆群島地區)。現在靜岡縣也可以大致以富士川、大井川為界分為三個地區。不同的地形環境和歷史背景使得靜岡縣三大地區在文化、經濟上有較大不同,縣內一體性較低。但另一方面多樣的地理、文化特徵和地處東西日本分界線的位置使得靜岡縣有「日本的縮圖」之稱。溫暖多日照的氣候和靠近大消費市場的地理位置使得靜岡縣農業發達,茶葉、柑橘等農產品的產量位居日本前列。同時靜岡縣在日本工業中也有重要位置,是本田技研工業、鈴木、山葉等日本代表性大企業的誕生地。日本東西交通的大動脈,東京和大阪之間的東海道有相當部分途徑靜岡縣,使得靜岡縣是日本的交通要地。.

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脱氧核糖核酸

--氧核醣核酸(deoxyribonucleic acid,縮寫:DNA)又稱--氧核醣核酸,是一種生物大分子,可組成遺傳指令,引導生物發育與生命機能運作。主要功能是資訊儲存,可比喻為「藍圖」或「配方」。其中包含的指令,是建構細胞內其他的化合物,如蛋白質與核醣核酸所需。帶有蛋白質編碼的DNA片段稱為基因。其他的DNA序列,有些直接以本身構造發揮作用,有些則參與調控遺傳訊息的表現。 DNA是一種長鏈聚合物,組成單位稱為核苷酸,而糖類與磷酸藉由酯鍵相連,組成其長鏈骨架。每個糖單位都與四種鹼基裡的其中一種相接,這些鹼基沿著DNA長鏈所排列而成的序列,可組成遺傳密碼,是蛋白質氨基酸序列合成的依據。讀取密碼的過程稱為轉錄,是根據DNA序列複製出一段稱為RNA的核酸分子。多數RNA帶有合成蛋白質的訊息,另有一些本身就擁有特殊功能,例如核糖體RNA、小核RNA與小干擾RNA。 在細胞內,DNA能組織成染色體結構,整組染色體則統稱為基因組。染色體在細胞分裂之前會先行複製,此過程稱為DNA複製。對真核生物,如動物、植物及真菌而言,染色體是存放於細胞核內;對於原核生物而言,如細菌,則是存放在細胞質中的拟核裡。染色體上的染色質蛋白,如組織蛋白,能夠將DNA組織並壓縮,以幫助DNA與其他蛋白質進行交互作用,進而調節基因的轉錄。.

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GenBank

基因銀行(GenBank)是一个开放获取的,对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。 此数据库是(INSDC)的一部分,由美国国家生物技术信息中心(NCBI)主管,NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。 成立三十年来,GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库,其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指數增長,在2013年2月的版本194中,數據庫包含有1.62億個序列,含有1500億個核苷酸堿基。.

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核酸序列

核酸序列(Nucleic acid sequence,亦称为核酸的一级结构)使用一串字母表示的真实的或者假设的携带基因信息的DNA分子的一级结构。每个字母代表一种核鹼基,两个碱基形成一个碱基对,碱基对的配对规律是固定的,A-T,C-G。三个相邻的碱基对形成一个密码子。一种密码子对应一种氨基酸,不同的氨基酸合成不同的蛋白质。在DNA的复制及蛋白质的合成过程中,碱基配对规律是十分关键的。 可能的字母只有A, C, G和T,分别代表组成DNA的四种核苷酸-腺嘌呤,胞嘧啶,鸟嘌呤,胸腺嘧啶。典型的他们无间隔的排列在一起,例如序列AAAGTCTGAC。任意长度大于4的一串核苷酸被称作一个序列。 关于它的生物功能,则依赖于上下文的序列,一个序列可能被正读,反读;包含编码 或者无编码。DNA序列也可能包含非編碼DNA。 核酸也具有二级结构和 。 一级结构有时被错误地称为一级序列。 相反,没有并行的二级或三级序列概念。.

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欧洲分子生物学实验室

欧洲分子生物学实验室(英文:European Molecular Biology Laboratory, EMBL)创建于1974年,是一所非营利性的分子生物学研究机构,由22个欧洲国家(会员国)及四个前景会员国和两个准会员国资助。欧洲分子生物学实验室现有约85个独立的课题组,研究课题涵盖分子生物学的各个主要分支。该实验室在欧洲共有五处分站:位于德国海德堡(Heidelberg)的总部实验室、设在英国Hinxton的欧洲生物信息研究所、以及位于法国格勒诺布尔(Grenoble)、德国汉堡(Hamburg)、以及意大利蒙泰羅通多(Monterotondo,靠近羅馬)的分站。欧洲分子生物学实验室小组和实验室在分子生物学和分子医学进行基础研究,以及培训科学家,学生和游客。该组织帮助其成员国开发服务,新仪器和方法以及技术。以色列是唯一拥有正式成员资格的亚洲国家。.

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欧洲生物信息研究所

欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI,全称EMBL - European Bioinformatics Institute),是一个政府間國際組織的学术机构,致力于以信息学手段解答生命科学问题。该所建立于1994年,位于英国剑桥南部的维康信托基因园,是欧洲分子生物学实验室(EMBL,全称European Molecular Biology Laboratory)的一部分。 欧洲生物信息研究所为科学界提供免费生物信息资源、促进基础研究、提供培训和传播行业尖端技术。欧洲生物信息研究所管理和维护着多个大型生物信息公共数据库, 跨基因组学,蛋白质组学,化学信息学,转录组学,系统生物学等,同时创建了多种工具供让研究人员分析和分享信息。欧洲生物信息研究所提供最优质的研究环境、无数跨学科的合作机会以及遍及世界各地的培训课程。.

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文部科學省

文部科學省(),簡稱文科省、MEXT,是日本中央省廳之一,負責統籌日本的教育、科学、学術、文化與體育等事務。2001年1月6日起由原文部省及合併而成。 文部科學省的首長為文部科學大臣,是國務大臣(內閣成員)之一,多數由國會議員出任。.

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日本

日本國(),是位於東亞的島嶼國家,由日本列島、琉球群島和伊豆-小笠原群島等6,852個島嶼組成,面積約37.8万平方公里。國土全境被太平洋及其緣海環抱,西鄰朝鮮半島及俄罗斯,北面堪察加半島,西南為臺灣及中國東部。人口達1.26億,居於世界各國第11位,當中逾3,500萬以上的人口居住於東京都與周邊數縣構成的首都圈,為世界最大的都市圈。政體施行議會制君主立憲制,君主天皇為日本國家與國民的象徵,實際的政治權力則由國會(參眾兩院)、以及內閣總理大臣(首相)所領導的內閣掌理,最高法院為最高裁判所。 傳說日本於公元前660年2月11日,由天照大神之孫下凡所生之後代磐余彥尊所建,在公元4世紀出現首個統一政權,並於大化改新中確立了天皇的中央集权體制。至平安時代結束前,日本透過文字、宗教、藝術、政治制度等從漢文化引進的事物,開始衍生出今日為人所知的文化基礎。12世紀後的六百年間,日本由武家階級建立的幕府實際掌權。17世纪起江户幕府頒布锁国令,至1854年被迫開港才結束。此後,日本在西方列強進逼的時局下,首先天皇從幕府手中收回統治權,接著在19世紀中期的明治维新進行大規模政治與經濟改革,實現工業化及現代化;而自19世纪末起,日本首先兼併琉球,再拿下台灣、朝鮮、樺太等地為屬地。進入20世紀時,日本已成為當時世界的帝國主義強權之一,也是當時東方世界唯一的大國。日本後來成為第二次世界大戰的軸心國之一,對中國與南洋發動全面侵略,但最终於1945年戰敗投降。日本投降至1952年《旧金山和约》生效前,同盟国军事占领日本,並監督日本制定新憲法、建立今日所見的政治架構,日本轉型為以國會為中心的民主政體,天皇地位虛位化,並依照憲法第九條放棄維持武装以及宣戰權。而日本雖在法律上實施非武裝化,出於自我防衛上的需要,仍擁有功能等同於其他國家軍隊的自衛隊。 日本是世界第三大經濟體,亦為七大工業國組織成員,是世界先進國家之一,主要奠基於日本經濟在二戰後的巨幅增長。現時日本的科研能力、工業基礎和製造業技術均位居世界前茅,並是世界第四大出口國和進口國。2015年,日本的人均國內生產總值依國際匯率可兌換成為三萬二千,人均國民收入則在三萬七千美元左右,人類發展指數亦一直維持在極高水平。.

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另见

基因組學

日本数据库