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近鄰結合法

指数 近鄰結合法

近鄰相接法(neighbor-joining method)是一種研究DNA而建立親緣關係的方法,在計算生物學、生物信息學、系統生物學、演化生物學與系統發生學中時常使用。在1987年由和根井正利建立該方法。 該方法,後來也應用在電腦演算法之中。 該法依賴距離矩陣資料,由序列建立支序圖或親緣關係圖的方法。先由序列算出每一對細菌間的演化距離,將所有的演化距離資料整理成一個距離矩陣,再利用距離矩陣的資料畫出樹型。.

4 关系: 人種系統發生樹根井正利最大簡約法

人種

人種(Race),是在体质形态或遺傳特徵上具有某些共同特色的人群,划分时可以根據外在特征(如肤色、髮色、面部骨骼结构等)、基因、以及自我认同为标准。人種这一概念以及种族的具体划分都是具有相当争议性的课题,其在不同的时代和不同的文化中都有差异,种族的概念也牵涉到诸如社会认同感以及民族主义等其他范畴。 20世纪以前,科学家普遍认为,人类分为若干个本质主义方式划分的(即以不可缺的特征来划分的)人種,如尼格罗人种(黑种人)、蒙古人种(黄种人)、高加索人种(白种人)等。但自1940年代起,演化科学家开始淘汰这种理论。另外,种族长期以来理解为一种科学分类,即将种族视为一个分类的层次,如将种族等同于亚种;但1960年代起,群体遗传学研究中新出现的数据以及模型也使一些科学家开始质疑这种理解,而转而以群体、特征线等其他概念来研究人类内部的差别。1990年代以来,基因体学以及分支系统学研究中新出现的数据和模型也使科学界对人类起源有了新的认识,使一些科学家转而用世系而非特征来定义种族的划分,并且认为种族应该理解为模糊集合,统计群体,或广义的家族。 有许多演化学家以及社会学家认为,基于近年来的生物学研究结果,任何对于人类种族的定义,都缺乏科学分类的严谨性和正确性;人種的定义是不准确的,随意性的,政治化的,约定俗成的,随文化视角的差异而变化,种族应该视为一种社会建构。但也有其他科学家认为,人種概念并非毫无根据,人種概念和多位点基因数据之间的确有关联,而试图摒弃人種概念的真正动机,主要为政治原因而非科学。 目前,各个学科对于人種是什么,是否存在,到底有几个,应该如何定义,如何理解,如何分析等问题,尚无定论或共识。.

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系統發生樹

系統發生樹(phylogenetic tree)又稱演化樹或进化树(evolutionary tree),是表明被認爲具有共同祖先的各物種間演化關係的樹状图。是一種親緣分支分類方法(cladogram)。在图中,每個節點代表其各分支的最近共同祖先,而節點间的綫段長度對應演化距離(如估計的演化時間)。.

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根井正利

根井正利(根井正利,),日裔美国生物学家,美国国家科学院院士,中性演化理论的坚定拥护者。现任宾州州立大学的生物学讲席教授和宾夕法尼亚州立大学遗传学研究所的所长。.

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最大簡約法

最大簡約法(Maximum parsimony)是一種常使用於系統發生學計算的方式,可用來根據分子序列的變異程度,來分析生物之間的演化關係,進而建構出演化樹。 「簡約」一般有「經濟的」或「儉省的」之義,但在生物學中,「簡約法」是屬於無母數統計的一種統計方法以估計親緣關係。以最大簡約法建構的親緣關係樹是以演化過程具有最少次變化為前提,表示現存資料在過去的演化過程應由最少次步驟所形成。這項概念由Walter M. Fitch在1971年所提出。.

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近邻结合法鄰近結合法

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