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6 关系: 单系群，多系群，多重序列比對，共同起源，脱氧核糖核酸，支序分類學。
单系群
單系群（英文：Monophyletic group，也称为单系类群）在支序分類中指的是一个分类单元（Taxon），其中的所有物种，只有一个共同的祖先，而且它们就是该祖先的所有后代。单系群也可以被这样定义：依靠近裔共性归类的类群。 例如，人属被认为是来自于人科中的同一祖先，而且目前已知没有其他的后代。所以人属是单系群。但是如果能人和智人是来自不同的祖先的话，而这个祖先有不属于这个属的话，那么这个属就是多系群。但因为大多生物学家比较喜欢单系群。在这种情况下，分類群內只會包含某個共同祖先的後代，而不會像並系群一樣少掉一個或多個某共祖的後代。.
多系群
多系群(英语:Polyphyletic group)在生物系統發生學中，是指一個分類群當中的成員，在演化樹上分別位于相隔著其他分支的分支上；也就是說，該分類群並不包含其所有成員的最近共同祖先。一般而言，生物的科學分類會盡量避免使一個正式的分類群成為多系群。 舉例而言，「恆溫動物」（溫血動物）通常指鳥類與哺乳類，但是鳥類與哺乳類的祖先皆為變溫動物（冷血動物），因此哺乳類與鳥類的恆溫性是分別發展出來，也因此「恆溫動物」是一個多系群，且並非一個系統發生學上的分類群。.
多重序列比對
多重序列比對（Multiple sequence alignment；MSA）是對三個以上的生物學序列（biological sequence），如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說，是輸入一組假定擁有演化關係的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性，而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖。如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件，例如點突變的單格變化，或是如刪除突變與插入突變，可使各個序列之間產生鴻溝。MSA常用來研究序列的保守性（conservation），或是蛋白質結構域的三級結構與二級結構，甚至是個別的氨基酸或核苷酸。.
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共同起源
共同起源（Common descent）是指一群生物體擁有最近共同祖先的情況。在進化論中，所有地球上的生命源於或最後共同祖先基因池。这个祖先首先演变成细菌，接着是古细菌，最后是真核生物。所以，原生生物比真核生物更早出现于地球。这个结论物从分析各种生物的遗传物质(DNA)所得出的结果。.
脱氧核糖核酸
--氧核醣核酸（deoxyribonucleic acid，縮寫：DNA）又稱--氧核醣核酸，是一種生物大分子，可組成遺傳指令，引導生物發育與生命機能運作。主要功能是資訊儲存，可比喻為「藍圖」或「配方」。其中包含的指令，是建構細胞內其他的化合物，如蛋白質與核醣核酸所需。帶有蛋白質編碼的DNA片段稱為基因。其他的DNA序列，有些直接以本身構造發揮作用，有些則參與調控遺傳訊息的表現。 DNA是一種長鏈聚合物，組成單位稱為核苷酸，而糖類與磷酸藉由酯鍵相連，組成其長鏈骨架。每個糖單位都與四種鹼基裡的其中一種相接，這些鹼基沿著DNA長鏈所排列而成的序列，可組成遺傳密碼，是蛋白質氨基酸序列合成的依據。讀取密碼的過程稱為轉錄，是根據DNA序列複製出一段稱為RNA的核酸分子。多數RNA帶有合成蛋白質的訊息，另有一些本身就擁有特殊功能，例如核糖體RNA、小核RNA與小干擾RNA。 在細胞內，DNA能組織成染色體結構，整組染色體則統稱為基因組。染色體在細胞分裂之前會先行複製，此過程稱為DNA複製。對真核生物，如動物、植物及真菌而言，染色體是存放於細胞核內；對於原核生物而言，如細菌，則是存放在細胞質中的拟核裡。染色體上的染色質蛋白，如組織蛋白，能夠將DNA組織並壓縮，以幫助DNA與其他蛋白質進行交互作用，進而調節基因的轉錄。.
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支序分類學
支序分類學（英語：Cladistics）又稱親緣分支分類學，是一種生物分類的哲學，其指只依據演化樹分支的順序，而不參考形態上的相似性來排列物種。此一學派的主要貢獻者一般認為是德國昆蟲學家威利·漢寧根，他稱此為種系發生系統學。 分支研究的最終結果是由被稱之為「分支圖」的樹狀關係圖來描繪出其假定的關係。 現代的系統學研究會收集各方面的資料，包括DNA序列、生化數據和形態學上的數據等。 在一個「分支圖」中，所有的生物體都如同一片樹葉，且每個內節點理想上都是二元（有兩條分歧）的，在此一分歧點兩端的分類群即稱為「旁系分類群」或「旁系群」。每一枝幹，不論其包含了上萬種類別或只有一種類別，都被稱做是一個分支。一個自然的類群應該會有包含在任一分支裡的所有生物體，這個分支會有著屬於此一分支的唯一祖先（一個不會是此一分支外的其他生命體的祖先）。每一分支都會有一些只共同出現在分支內每一個成員上，而不會出現在其他生命體上的特徵。這些特徵稱之為衍徵。例如，堅硬的前翅（鞘翅）是鞘翅目的衍徵，而幼葉卷疊式－由卷曲的幼芽舒展成叶子則是蕨類植物的衍徵。.
