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比较基因组学

指数 比较基因组学

比较基因组学(Comparative genomics)是基于基因组图谱和测序技术,对已知的基因特征和基因组结构进行比较以了解基因的功能、表达机制和不同物种親緣關係的生物学研究。基因组的特征可包括的DNA序列,基因,基因顺序,调控序列,和其它的基因组结构标志。.

目录

  1. 7 关系: 基因组进化基因組基因预测千人基因组计划组学美国国家生物技术信息中心斑馬魚

基因组进化

基因组进化 是 基因组 的结构(序列)或大小随时间变化过程。 基因组进化的研究涉及多个领域,如基因组的结构分析,基因组寄生虫的研究,基因和古代基因组重复,多倍体和比较基因组学。由于原核生物和真核生物的基因序列是稳定增加的,故基因组进化是一个不断变化和发展的领域,况且这些基因序列可以从科学界和广大公众中获取。.

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基因組

在生物学中,一个生物体的基因组是指包含在该生物的DNA(部分病毒是RNA)中的全部遗传信息,又稱基因體(genome)。基因组包括基因和非編碼DNA。1920年,德国汉堡大学植物学教授汉斯·温克勒(Hans Winkler)首次使用基因组这一名词。 更精确地讲,一个生物体的基因组是指一套染色体中的完整的DNA序列。例如,生物个体体细胞中的二倍体由两套染色体组成,其中一套DNA序列就是一个基因组。基因组一词可以特指整套核DNA(例如,核基因组),也可以用于包含自己DNA序列的细胞器基因组,如粒线体基因组或叶绿体基因组。当人们说一个有性生殖物种的基因组正在测序时,通常是指测定一套常染色体和两种性染色体的序列,这样来代表可能的两种性别。即使在只有一种性别的物种中,“一套基因组序列”可能也综合了来自不同个体的染色体。通常使用中,“遗传组成”一词有时在交流中即指某特定个体或物种的基因组。对相关物种全部基因组性质的研究通常被称为基因组学,该学科与遗传学不同,后者一般研究单个或一组基因的性质。.

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基因预测

基因识别,是生物信息学的一个重要分支,使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因,也包括其他具有一定生物学功能的因子,如RNA基因和调控因子。基因识别是基因组研究的基础。 在早期,基因识别的主要手段是基于活的细胞或生物的实验。通过对若干种不同基因的同源重组的速率的统计分析,我们能够获知它们在染色体上的顺序。若进行大量类似的分析,我们可以确定各个基因的大致位置。现在,由于人类已经获得了巨大数量的基因组信息,依靠较慢的实验分析已不能满足基因识别的需要,而基于计算机算法的基因识别得到了长足的发展,成为了基因识别的主要手段。 识别具有生物学功能的片段与判定该片段(或其对应的产品)的功能是两个不同的概念,后者通常需要通过基因敲除等的实验手段来决定。不过,生物信息学的前沿研究正在使得由基因序列预测基因功能变得愈发可能。.

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千人基因组计划

千人基因组计划(1000 Genomes Project)启动于2008年1月,是一项国际研究工作,目标是迄今建立最详尽的目录。科学家们计划在随后三年内,利用新开发的、更快、更便宜的技术,测定来自不同族群的数量至少一千名的匿名参与者的基因组序列。在2010年,该项目完成了试点阶段,数据结果发表在《自然 (期刊)》杂志(Nature)上。在2012年10月,1092个基因组的测序在《自然》杂志上被公布。2015年,两篇《自然》论文报告了结果,和项目的完成和未来研究的机会。限于密切相关群体的许多罕见变异被识别了,并且八个结构变异类被分析。 该项目联合来自世界各地机构的多学科研究团队,包括中国、意大利、日本、肯尼亚、尼日利亚、秘鲁、英国和美国。每一个团队将贡献巨大的测序数据集,并来精致的改善人类基因组计划,这将成为通过公共数据库,免费向科学界和社会公众的开放。 通过提供所有人类遗传变异的概述,该联盟将为生物科学的所有领域,特别是在遗传学,医学,药理学,生物化学和生物信息学学科中产生有价值的工具G Spencer, International Consortium Announces the 1000 Genomes Project, EMBARGOED (2008) http://www.nih.gov/news/health/jan2008/nhgri-22.htm。.

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组学

组学(omics)通常指生物学中对各类研究对象(一般为生物分子)的集合所进行的系统性研究,例如,基因组学、蛋白质组学,和代谢物组学等,而这些研究对象的集合被称为组。在英文中,“组”以-ome作为后缀,而“组学”以-omics作为后缀。例如,基因组学(genomics)是系统性研究生物体基因组(genome)中各种基因(gene)以及它们之间的相互关系的学科。.

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美国国家生物技术信息中心

国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,简称NCBI)是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分)。NCBI位于美國马里兰州的贝塞斯达,建立于1988年。 NCBI设置有与生物技术和生物医学相关的一系列数据库,是生物信息学工具和服务的重要资源。 主要数据库包括DNA序列GenBank,和生物医学文献书目数据库PubMed。 其他数据库包括NCBI。 所有这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线获取。 许多受尊敬的研究者在NCBI工作,如比较基因组学领域的一位多产的科学家Eugene Koonin和BLAST序列数据库搜索算法的作者Stephen Altschul。 NCBI在研究数据库r3data.org的注册表中列出。.

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斑馬魚

斑馬魚,是一种热带淡水鱼,又名藍條魚、花條魚、藍斑馬魚、印度魚、印度斑馬魚,為輻鰭魚綱鯉形目鯉科的其中一種。其原生于喜马拉雅地区,是一种受欢迎的观赏性鱼类。同时,其在科研领域也是一种重要的而且被广泛使用的有脊椎模式生物,尤其是在生物体再生能力的研究方面,并且有多种基因编辑后的转基因人工培育种。斑马鱼(Danio rerio)在被重新被划归为鿕屬 (Danio)之前,曾被归类为短鿕属(Brachydanio),因而在科研文献中被长期称为Brachydanio rerio,而非如今的Danio rerio。.

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