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发酵
发酵作用（fermentation）有时也寫作醱酵，其定义由使用场合的不同而不同。通常所说的发酵，多是指生物体对于有机物的某种分解过程。发酵是人类较早接触的一种生物化学反应，如今在食品工业、生物和化学工业中均有广泛应用。其也是生物工程的基本过程，即发酵工程。对于其机理以及过程控制的研究，还在继续。.
天仙子胺
天仙子胺（Hyoscyamine）是一种托烷类生物碱，作为次级代谢产物存在于天仙子，曼德拉草，曼陀罗，番茄和颠茄等茄科植物。药物阿托品就是天仙子胺经提取处理后得到的消旋产物，因此天仙子胺也称左旋阿托品。.
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天然产物
天然产物（Natural product）是在自然界中由活生物产生的那些通常具有药理学或生物学活性的化学物质，可被用于药学上的药物研发与药物设计；而天然产物化学是运用现代化科学理论与方法研究天然药物中化学成分的一门学科。其研究内容包括各类天然药物的化学成分（主要是生理活性成分或药效成分）的结构特点、物理化学性质、提取分离方法以及主要类型化学成分的结构鉴定与生物合成途径等。 在有机化学领域，天然产物的定义通常限于从初级代谢的或次级代谢的途径产生的天然来源分离的纯化的有机化合物。在药物化学领域，定义往往进一步局限于次级代谢产物。次级代谢产物不是生存必需品，而是为生物提供了演化的优势。许多次级代谢产物是细胞毒性的，并且通过进化已经被选择和被优化，用作对抗猎物，捕食者和竞争生物的“化学战争”药剂。 天然产物有时具有治疗疾病的传统药物的治疗效果，产生作为的先导化合物的活性成分的知识。虽然天然产品启发了许多美国食品和药物管理局批准的药物，但天然来源的药物开发已经受到制药公司的减低的关注，部分原因是获取和供应的不可靠，知识产权问题，组成的季节性或环境变异性，以及由于灭绝率上升而失去来源。.
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代謝產物
代謝產物 (Metabolite)，又稱代謝物是代謝的中間或最後產物，這個詞彙是通常指的是。他們有諸如作為燃料、結構、訊號、刺激、抑止酵素（通常作為酵素的輔因子）、防衛或作用在其他有機分子上（如：色素、氣味分子或費洛蒙）。在一般成長，發育以及繁殖的階段，就有初級代謝產物的參與。工業中被大量製造的乙烯，就是初級代謝產物中的87。而次級代謝產物則不會接參與那些過程，但它們在生理功能上具有重要的意義。它們囊括了抗生素和色素，像是樹脂和松烯。放線菌素就是一種次級代謝產物，它們是從一級代謝產物的色胺酸轉變而來的，但不是所有的抗生素都會把一級代謝產物當前體來使用。在代謝途徑中，醣類中的葡萄糖和果糖就屬於代謝產物。 分子生物工業中生產的初級代謝產的例子 來自一處的酶化学反应的输出成為另一些化学反应的输入，這樣環環相扣而成的代谢物组（Metabolome）會形成一個龐大的代謝網絡。 在生物體本生的或來自藥物的合成物，形成代謝產物後，會成為降解與消除反應的自然的生物化学过程的一部分。化合物本身的降解速率，決定它存在的長短及影響強弱。分析醫藥產品的代謝過程，藥物代謝，在藥物尋找的重要方法，並增進對藥物副作用的暸解。.
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代谢物组
代谢物组（Metabolome）是指在一个生物样品中发现的完整的一套小分子化学物质。所述生物样品可以是一个细胞，一个细胞器，一个器官，一个组织，一个组织提取物，一个生物流体或整个生物体。在给定的代谢物组发现的小分子的化学物质可能既包括内源性代谢物，它们是由生物体天然产生的（如氨基酸，有机酸，核酸，脂肪酸，胺，糖，维生素，辅因子，颜料，抗生素等），又包括外源化学物质（如药物，环境污染物，食品添加剂，毒素和其它生物异源物质），它们不是由生物体天然产生的。换句话说，代谢物组既有内源性代谢物组又有外源性代谢物组。内源性代谢物组可进一步细分为包括“初级”的和“次级”的代谢物组（特别是指植物的或微生物的代谢物组时）。初级代谢产物是直接参与正常的生长，发育和繁殖。次级代谢产物并不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。次级代谢产物可能包括色素，抗生素或部分生物异源物质代谢废物的衍生产品。一个小分子有资格作为一种代谢物，或者被认为是代谢物组的一部分，必须通常具有分子量这意味着例如糖脂，多糖，短肽（被使用，并且可能是与现有的生物术语相匹配的，指的是完整的基因集合（基因组），完整的蛋白质集合（蛋白质组）和完整的转录物集合（转录物组）。关于代谢物组的第一本书于2003年出版。第一本致力于代谢物组学的杂志（简称《代谢物组学》）于2005年推出，目前由Royston Goodacre博士主编。 关于代谢组学分析的一些更重要的早期论文列在下面的参考文献中。.
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代谢物组学
代谢物组学（metabolomics）是涉及代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢物组学是“对特定的细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究”，对它们的小分子代谢产物的整体研究。代谢物组(Metabolome)定义为在一个生物细胞，组织，器官或生物体中所有的代谢产物的集合，而这些代谢物是此生物体基因表达的最终产物。因此，当信使RNA基因表达的数据和蛋白质组学的分析无法描述细胞体内的所有生理活动的时候，对代谢分析可以获得该细胞生理学的一个瞬时快照。系统生物学和的挑战之一是整合蛋白质组学的，转录组学的和代谢物组学的信息以更好地理解细胞生物学。.
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微生物
微生物通常是所有难以用肉眼直接看到或看不清楚的一切微小生物的总称，包括细菌、真菌、放线菌、原生动物、藻类等有细胞结构的微生物，也包括病毒、支原体、衣原体等无完整细胞结构的微生物。一般需要借助显微镜来观察研究。微生物个体微小（直径小于0.1毫米），种类繁多（99％都是未知品種，且不斷增加），之於生態圈卻非常重要（能量來源與物質循環利用），是地球最多的生命形式，可以佔據上所有生物（這裡包含植物、海草等）總重量的一半之多，与人类日常生活、健康关系密切。微生物应用领域日益拓展，广泛应用在食品、医药、环保等领域。.
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初级代谢产物
初级代谢产物（Primary metabolite，或称为初生代谢物）是一种直接涉及到正常生长、发育与生殖的代谢产物。它通常在生物体中执行生理功能（即内在功能）。初级代谢产物通常存在于许多生物体或细胞中。 它也被称为中心代谢产物，其具有更加有限的意义（存在于任何自主生长的细胞或生物体中）。一些常见的初级代谢产物包括：乙醇，乳酸和特定的氨基酸。 相反地，次级代谢产物不会直接涉及这些过程，而是具有重要的生物学功能。次级代谢产物通常存在于分类学限制的生物体或细胞（植物，真菌，细菌...）中。次级代谢产物的一些常见例子包括：麦角生物碱，抗生素，萘，核苷，吩嗪，喹啉，萜类化合物，肽和生长因子。 植物生长调节剂由于其在植物生长发育中的作用而被分类为初级和次级代谢产物。其中一些是初级代谢产物和次级代谢产物之间的中间体。.
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先导化合物
先导化合物（lead compound）是一种具有药理学或生物学活性的化合物，可被用于开发新药，其化学结构可被进一步优化，以提高药力、选择性，改善药物动力学性质。通过高通量筛选（high-throughput screenings）可发现先导化合物，或通过天然物的次级代谢产物找到先导化合物。新发现的先导化合物也许存在某些缺陷，如活性不够高、化学结构不稳定、毒性较大、选择性不好、药物动力学性质不合理等，需要进行化学优化，将药性提高至足以进行生物试验或临床试验的程度，再进一步优化使之发展为理想的药物，这一过程称为先导化合物的优化。.
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四氢大麻酚
四氢大麻酚（Tetrahydrocannabinol），简称THC，又称Δ9-四氢大麻酚（Δ9-THC）、Δ1-THC（根据旧命名法）、屈大麻酚（Dronabinol，化学合成药品），是大麻中的主要精神活性物质。 四氢大麻酚最早由以色列雷霍沃特魏茨曼科学研究所的三名研究人员在1964年分离出来。 纯品四氢大麻酚在低温下为玻璃状固体，温度升高时其粘度逐渐增加。 与植物中的其他多数药理活性次级代谢产物类似，四氢大麻酚是在大麻中发现的一种脂类，四氢大麻酚的存在被认为是植物（对于草食性动物）的自我防御机制。 而且，四氢大麻酚在UV-B段（280～315纳米）的强吸收，可能对植物具保护作用，使其免受紫外線的伤害。 屈大麻酚（Dronabinol）是四氢大麻酚纯(−)-反式异构体的国际非专利药品名称，该异构体亦是主要存在于大麻中的四氢大麻酚异构体。 THC及其双键异构体及其立体异构体是联合国“精神药物公约”中规定的三种大麻素之一（另外两种是Dimethylheptylpyran和Parahexyl）。它在1971年被列在附表一，但是在世界卫生组织（WHO）的建议之后，在1991年被重新分类到附表二。根据随后的研究，世界卫生组织建议将这一重新分类列入不那么严格的附表三。“麻醉品单一公约”（附表一和附表四）安排大麻作为植物。根据1970年美国国会通过的“”，美国联邦法律明确地将其列入附表一。.
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灵菌红素
灵菌红素（Prodigiosin，正式名称为2-methyl-3-pentyl-6-methoxyprodiginine）是Prodiginin（中文名不详）的一种。它具有Prodiginin的基本结构，也就是三吡咯环，其中的一个吡咯环C2上带有一个甲基，C3上则有一个戊基。灵菌红素是一种红色物质，可由粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens）等细菌合成的次级代谢产物。虽然其对于生产者的作用和意义还不是彻底明了，但现在它已被发现具有多种生物活性作用，能抗癌，抗微生物，抗疟疾，抗霉，免疫抑制的作用。其中抗癌方面，因为其具有癌组织的高针对性和对正常细胞则表现的低毒害作用，而成为一种非常有潜力的抗癌物质。.
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类萜
类萜（Terpenoid），是一大类存在于自然界中的有机化合物，属于萜烯的衍生物，有时也归于萜烯的范畴之下。萜类化合物大多由一个或多个异戊二烯单元头尾相连组成，可能为链状，也可能为环状，通常还含有其他的官能团，常见的是萜烯的含氧或不同饱和程度的衍生物。.
總狀蕨藻
總狀蕨藻（學名：Caulerpa racemosa）是蕨藻屬下的一個種，常稱海葡萄。在世界各地的淺海海域都有分佈，這種蕨藻有很多變種，1990年，總狀蕨藻被報導入侵地中海。.
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红曲米
红曲米或简称红曲是一种将红曲菌(Monascus spp.)接种在蒸熟的大米上，经发酵加工的米，呈紫红或棕红色，用于发酵、防腐、食物上色等功能，是一种天然的食品添加剂。另有紅--粬、福--粬、赤麴、丹麴、红米等叫法，中国制作红曲米具有很长的历史传统。红曲米可用来制作红曲酒和红糟。 中国是世界上红曲红主要生产国，生产厂家大多是从红曲米中提取红曲红，液体发酵生产红曲红厂家较少。固态发酵法生产的红曲米是中国的传统产品，因其生产周期较长、工艺复杂、劳动强度大、原料利用率低、生产中易染杂菌而不适宜大规模工业化生产。近年来，国内外研究课题大多围绕液体发酵展开，做了大量的工作，日本的研究较为深入，取得一定的进展。.
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羟甲基戊二酸单酰辅酶A
羟甲基戊二酸单酰辅酶A（3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA，简称“HMG-CoA”）也称为“β-羟基-β-甲戊二酸单酰辅酶A”或“3-羟基-3-甲戊二酸单酰辅酶A”，是一种重要的脂类代谢中间产物。合成β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A需要三分子的乙酰辅酶A，其中两分子的乙酰辅酶A先在硫解酶的作用下缩合成为乙酰乙酰辅酶A，后者在β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A合酶的作用下与另一分子的乙酰辅酶A合成出β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A。该物质可以走向两种途径：在β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A裂解酶的作用下裂解为乙酰乙酸，继而生成丙酮和''β''-D-羟丁酸，这三者被称为酮体；在β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A还原酶的作用下还原为甲羟戊酸，继而参与动植物中萜类、固醇类化合物的合成。故植物中不少次生代谢产物或激素是由这种化合物衍生而来的，如赤霉素、脱落酸等，动物体内则以此合成胆固醇及各种类固醇激素等。.
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生物分子
生物分子（Biomolecule）是自然存在于生物体中的分子的总称，包括大分子例如蛋白质，碳水化合物，脂质和核酸，以及小分子例如代謝產物，次级代谢产物和天然产物。这类材料的更通用的名称是生物材料。大多数生物分子都为有机化合物，含有碳和氢，多数含氮、氧、磷和硫，有时也有其他元素出现，但例子不多，参见生物无机化学。.
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生物鹼
生物鹼（alkaloids）是一種主要包含鹼性氮原子，天然存在於大自然動植物及蕈類的化合物。一些化學合成但結構與生物鹼相似的化合物有時也被稱作生物鹼。除了碳，氫和氮，生物鹼也可以含有氧，硫，甚或其他元素，如氯，溴，和磷。.
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白樺茸
白樺茸（學名：Inonotus obliquus）Ulrike Lindequist, Timo H. J. Niedermeyer, and Wolf-Dieter Jülich, Oxford University Press 2005，又名白樺蕈（Chaga mushroom）、樺樹菇、樺褐孔菌、西伯利亞靈芝、樺孔茸和樹蘑菇，是一種屬於刺革菌目的真菌Andrea T. Borchers, Anita Krishnamurthy, Carl L. Keen, Frederick J. Meyersà, and M. Eric Gershwin, Society for Experimental Biology and Medicine 2008，主要分布於温帶地区。該真菌為，在俄國和東歐民間用作藥物。.
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花色素苷
花色素苷（Anthocyanin，简称花色苷）是花色素的糖苷衍生物的統稱，是一類常见的水溶性植物色素。視乎pH值，花色素苷顯紅、紫或藍色。花色素苷廣泛分佈在陸生植物，尤其是越橘屬和懸鉤子屬植物，在藍莓、紅莓、櫻桃、茄子、葡萄等食物含量豐富。花色素苷本身也是種經核准的食品添加劑。花色素苷有助植物對抗由非生物因素導致的活性氧類壓力，並為某些植物提供保護色。.
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聚酮
聚酮（Polyketides）是一類由細菌、真菌、植物與動物所生產出來的次级代谢产物，這類物質對生物的發育生長而言非必要，但可用於防衛或細胞間的溝通。 聚酮是源自乙醯基（acetyl）與丙醯基（propionyl）的聚合。可能的作用有抗生素、抗真菌素、細胞穩定（cytostatic）或天然殺蟲劑等。具有商業價值。 Category:聚酮抗生素 Category:还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶抑制剂 Category:植物毒素殺蟲劑.
预苯酸
苯酸（Prephenic acid）是莽草酸途径的一种中间体，用于芳香族氨基酸（仅苯丙氨酸和酪氨酸，色氨酸的合成不经过预苯酸）以及许多次生代谢产物的生物合成。 预苯酸的生物合成由分支酸通过 -σ克莱森重排生成。.
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麥角酸
麥角酸（lysergic acid 亦稱：D-lysergic acid 及 (+)-lysergic acid）是寄生於禾本科植物的多種真菌（麥角）所產生的次級代謝產物，屬於麥角毒素的一種，是迷幻藥麥角二乙胺（LSD）的前趨物。.
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脂類
脂類（英語：Lipid），又稱脂質，这是一类不溶于水而易溶于脂肪溶剂（醇、醚、氯仿、苯）等非极性有机溶剂，由脂肪酸与醇作用脱水缩合生成的酯及其衍生物统称为脂类，其中包括脂肪、蠟、类固醇、脂溶性維生素（如維生素A，D，E和K）、、、磷脂等。它的主要生理功能包括儲存能量、構成細胞膜以及膜的訊息傳導等。如今，脂类已经被用于美容和食品工业，以及纳米技术。 脂質可以廣義定義為疏水性或雙親性小分子；某些脂質因為其雙親性的特質（兼具親水性與疏水性），能在水溶液環境中形成囊泡、脂質體或膜等構造。生物體內的脂質完全或部分源自兩種截然不同的生物次單元：酮酸基與異戊二烯。由此，脂質可以概分為八類：脂肪酸、甘油酯、甘油磷脂、鞘脂（神經脂質）、、聚酮类（由酮乙基次單元聚合而成）、固醇脂类，以及孕烯醇酮脂类（由異戊二烯次單元縮合聚合而成）。 脂類常被視為是脂肪的同義詞，但脂肪只是一種稱為三酸甘油脂的脂類。脂類也包括脂肪酸及其衍生物，包括單酸甘油酯、二酸甘油酯、磷脂等，也包括其他含有固醇的代謝產物，像是膽固醇。雖然人類和其他動物有許多不同的代謝方式，可以切斷脂肪鏈及合成脂質，不過仍有一些必需脂質無法自行合成，需要在食物中攝取。 有生物以前脂質的化學反應，以及原始生命體的形成，現已認為是生命起源模型中的關鍵。.
蕈類中毒
蕈類中毒（Mushroom poisoning）是指因為攝取有毒蕈類後因為其毒性物質（）造成的中毒反應。症狀輕微的話，可能只有腸胃不適，而嚴重時也會致命。蕈類中的毒素是真菌產生的次级代谢产物。蕈類中毒的原因多半是因為將有毒蕈類誤認成其他食用蕈，誤食所造成。而許多有毒蕈類及可食用蕈類在顏色和形態上也相當類似。.
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抗细菌药
抗生素（antibacterial）也称为“抗细菌剂”，是一类用于抑制细菌生长或杀死细菌的药物。在不引起歧义的情况下，抗细菌药也可简称为“抗菌药”，包括抗生素（antibiotic） 由微生物（包括细菌、真菌、放线菌属）所产生的具有抑制其它类微生物生长、生存的一类次级代谢产物，以及用化学方法合成或半合成的类似化合物。在定義上是一較廣的概念，包括抗细菌抗生素、抗真菌抗生素以及對付其他微小病原之抗生素；但臨床實務中，抗生素常常是指抗細菌抗生素。抗生素的副作用之一是使肠道正常菌群失调。.
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植物化学
植物化学（Phytochemistry）严格地来说是对植物化学成分的研究。这些化合物取自植物。在更狭义的层面上，这个术语常被用于描述存在于植物中的大量的多种次级代谢化合物(次級代謝產物)。已知其中有许多化学物质可为植物提供保护以防昆虫的攻击以及抗植物病害。人类食用这些化学物质后也表现出许多防护疾病功能。 在植物化学领域常用的技术或工艺有：天然产物的萃取、分离与构造确定（MS、一维与二维核磁共振）以及许多色谱法技术（中压液相色谱法、高效液相色谱法、液质联用）。.
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植物化學成分
植物化學成分（Phytochemical，又稱植物生化素，簡稱植化素、植生素）是一種存在於植物內的天然化學成分。β-胡蘿蔔素就是一個很好的例子，它存在於許多植物中。植生素通常指那些可能影響人體健康的物質，但是也可以指必須營養素。 雖然有許多的科學家和官方建議要多從青菜和水果中攝取營養素 ，但是只有少許的證據能證明植生素能對生理能產生任何影響。.
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植物激素
植物激素（Plant hormone），又称植物荷尔蒙，是一些在植物体内合成，可以从产生部位输送至作用部位，微量浓度即可对植物体产生某种生理作用的活性有机物。植物激素能由产生部位运输至作用部位，并调节特定细胞的细胞代谢。植物体的各种器官都受植物激素调控。和动物不同，植物不通过特定腺体产生和分泌激素。 相反，植物体所有活细胞都能够合成激素。植物激素影响组织生长的方向、果实的发育和成熟，乃至植物的寿命。激素对于植物生长至关重要，如果没有植物激素，植物会成为一些未分化的细胞。 Category:自July 2013需要澄清文字的条目 Category:在模板中使用无效日期参数的条目 植物激素不仅存在于高等植物中。在藻类 和微生物，例如单细胞真菌和细菌中也有功能类似的物质。但它们不发挥至关重要的作用，因此可以被视为次级代谢产物。.
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液相色譜法-質譜聯用
液相色譜法-質譜聯用（Liquid chromatography–mass spectrometry，簡稱液质联用，英文缩写LC-MS或HPLC-MS）是一種將高效液相色譜（High performance liquid chromatography，簡稱HPLC)的物理分離能力和質譜（mass spectrometry，簡稱MS）的質量分析能力結合起來的分析化學技術。LC-MS是一項具有非常高的敏感度和選擇性的非常強有力的分析技術，它使用于很多的領域。一般說來，它的使用方向是在多種其他化合物從在的復合混合物中，測出各種組分并有可能確定其詳細結構。 LC-MS在尿液中藥物篩選分析中的局限性在于它常常不能區分特定的代謝產物，特別是對于氫可酮及其代謝物尤為明顯。LC-MS尿液分析測試僅測定特定類別的藥物，對于有些藥物及其代謝物的測定需要用氣相色譜法-質譜聯用（Gas chromatography-mass spectrometry，簡稱 GC-MS).
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