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ABC模型
被子植物花发育的ABC模型由E.
Arabidopsis thaliana
#重定向 拟南芥.
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基因密度
基因密度（gene density或genomic density）单位长度DNA上基因的数量。例如在基因空间内的基因密度远高于从基因组上的均一分布推算出来的基因密度；而在基因间隙内，基因密度等于或低于随机分布期望的基因密度。基因密度因生物体的不同而不同（例如在拟南芥（Arabidopsis thaliana）的1号染色体上，大约每45kb一个基因），也随一个生物体内染色体的不同而不同（例如人类的第4、5、8、13、18号染色体和X染色体上的基因密度比第1、11、17、19和第22号染色体上的低很多）。 category:基因.
基因工程历史
人工定向基因修饰的历史可追溯至公元前12 000年人类驯化作物开始。而用基因工程——将DNA从一种生物直接转移到另一种生物则直到1973年才由赫伯特·博耶和斯坦利·科恩首次完成。科学家现在可以操纵基因并将它们添加到各种生物中去，诱导出不同的效应。从1976年开始，随着一些公司开始生产销售基因改造食物和药物，这种技术走向商业化。.
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基因組
在生物学中，一个生物体的基因组是指包含在该生物的DNA（部分病毒是RNA）中的全部遗传信息，又稱基因體（genome）。基因组包括基因和非編碼DNA。1920年，德国汉堡大学植物学教授汉斯·温克勒（Hans Winkler）首次使用基因组这一名词。 更精确地讲，一个生物体的基因组是指一套染色体中的完整的DNA序列。例如，生物个体体细胞中的二倍体由两套染色体组成，其中一套DNA序列就是一个基因组。基因组一词可以特指整套核DNA（例如，核基因组），也可以用于包含自己DNA序列的细胞器基因组，如粒线体基因组或叶绿体基因组。当人们说一个有性生殖物种的基因组正在测序时，通常是指测定一套常染色体和两种性染色体的序列，这样来代表可能的两种性别。即使在只有一种性别的物种中，“一套基因组序列”可能也综合了来自不同个体的染色体。通常使用中，“遗传组成”一词有时在交流中即指某特定个体或物种的基因组。对相关物种全部基因组性质的研究通常被称为基因组学，该学科与遗传学不同，后者一般研究单个或一组基因的性质。.
已測序的生物
已測序的生物指其基因組已經被完全測序的生物。其中部分生物的DNA序列已經被完全註釋，功能性的片段（如基因等）已作圖。 借助於基因組研究及高通量處理等技術，越來越多的生物的全部基因被人們獲得。自從1995年以來已經有150個基因組被解密，將近每個星期有新的物種添加進來。.
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人類基因組
人類基因組，又称人類基因體，是智人的基因組，由23對染色體组成，其中包括22對體染色體、2或1条X染色體和0或1条Y染色體。人类基因组含有約30億個DNA鹼基對，鹼基對是以氫鍵相結合的兩個含氮鹼基，以胸腺嘧啶（T）、腺嘌呤（A）、胞嘧啶（C）和鳥嘌呤（G）四種鹼基排列成鹼基序列，其中A与T之间由两个氢键连接，G与C之间由三个氢键连接，碱基对的排列在DNA中也只能是A对T，G对C。其中一部分的鹼基對組成了大約20000到25000個基因。 全世界的生物學與醫學界在人類基因組計畫中，調查人類基因組中的真染色質基因序列，發現人類的基因数量比原先預期的少得多，其中的外顯子，也就是能夠製造蛋白質的編碼序列，只佔總長度的1.5% 。.
代谢物组学
代谢物组学（metabolomics）是涉及代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢物组学是“对特定的细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究”，对它们的小分子代谢产物的整体研究。代谢物组(Metabolome)定义为在一个生物细胞，组织，器官或生物体中所有的代谢产物的集合，而这些代谢物是此生物体基因表达的最终产物。因此，当信使RNA基因表达的数据和蛋白质组学的分析无法描述细胞体内的所有生理活动的时候，对代谢分析可以获得该细胞生理学的一个瞬时快照。系统生物学和的挑战之一是整合蛋白质组学的，转录组学的和代谢物组学的信息以更好地理解细胞生物学。.
土壤微生物学
土壤微生物学是研究土壤中的微生物、生物功能以及它们如何影响土壤性质的一门学科。人们一般认为，在二十到四十亿年前，世界上第一个细菌起源于大海。这些细菌可以固氮，在不断的历史演变中，它们释放了大量氧气进入大气层，从而促进了更高等的微生物的产生。土壤微生物因其能够影响土壤结构和肥力的能力而显得十分重要，它们一般可以划分为细菌（除放线菌）、放线菌、真菌、藻类和原生动物。Rao, Subba.
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光呼吸
光呼吸（photorespiration）是所有使用卡尔文循环进行碳固定的细胞该处“细胞”包括原核生物和真核生物，但并非所有这些细胞都能运行完整的光呼吸。详细请看概念辨析一节在光照和高氧低二氧化碳情况下发生的一个生化过程。它是卡尔文循环中一个损耗能量的副反应。过程中氧气被消耗，并且会生成二氧化碳。如果光呼吸发生在进行光合作用的生物中，那么光呼吸会抵消约30%的光合作用。因此降低光呼吸被认为是提高光合作用效能的途径之一。但是人们后来发现，光呼吸有着很重要的细胞保护作用。 在光呼吸过程中，参与卡尔文循环的反应物1,5-二磷酸核酮糖（英文缩写为RuBP，本文中将简称为二磷酸核酮糖）和催化剂核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶（英文缩写为RuBisCO，本文中将简称羧化/加氧酶）发生了与其在光合作用中不同的反应。光合作用中，二磷酸核酮糖在羧化/加氧酶的催化下与二氧化碳结合增加一个碳原子，再经过一系列反应，最终生成3-磷酸甘油酸。后者再经过部分卡尔文循环中的步骤，可再次重新生成为二磷酸核酮糖（插图1和插图2）。但光呼吸过程中，二磷酸核酮糖在羧化/加氧酶的催化下生成2-磷酸乙醇酸。 换言之，在羧化/加氧酶的作用下，二磷酸核酮糖参与了两种过程：生成能量获得碳素的卡尔文循环，以及消耗能量释放碳素的光呼吸。由此可见，光呼吸和卡尔文循环关系密切，它们之间的关系可以作一形象的理解：糖工厂内（行卡尔文循环的细胞）的葡萄糖生产线（卡尔文循环）因一部机器（1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶）构造不完善，一部分原材料（1,5-二磷酸核酮糖）不断被错误加工，产出次品（2-磷酸乙醇酸），虽然有一补救措施，可将次品重加工并再次投入生产线，但是整个过程却是非常费时费力的（参见下文）。这个错误加工和补救的过程就是光呼吸。 发生光呼吸的细胞需要三个细胞器的协同作用才能将光呼吸起始阶段产生的“次品”“修復”，耗时耗能。这也是早期光呼吸被人们称作“卡尔文循环中的漏逸”，“羧化/加氧酶的构造缺陷”的原因。有人提出，在农业上抑制光呼吸能促进植物生长。科学家在基因工程方面做出多种尝试，试求降低植物的光呼吸，促进植物成长，为世界粮食问题提供一种解决方案。但是后来科学家发现，光呼吸可消除多余的NADPH和ATP，减少细胞受损的可能，有其正面意义。又因为光呼吸与大气中氧气/二氧化碳比例联系非常紧密，科学家甚至认为可以通过控制陆地植物的数量，以控制地球大气氧气和二氧化碳的成分比。.
光敏素
光敏素（）是植物體內的一種色素，成分為蛋白質，分為鈍化型（）和活化型（）兩種型態，分別吸收紅光和遠紅光而互相轉換。植物主要透過光敏素接收外界光的信號來調節本身的生長、發育和開花。 光敏素對植物生長的所有階段都很重要。.
CUC基因
CUP-SHAPED COTYLEDON（CUC）屬於NAC基因家族成員，目前有CUC1、CUC2、CUC3。.
穹窿体
穹窿体是一种存在于真核细胞中的细胞器，也是一种核糖核蛋白分子。该细胞器的功能尚不明晰。 通过电子显微镜可观察到穹窿体呈对称的穹窿状，各侧皆具有39褶结构。穹窿体出现在各种真核细胞并表现出高度的保守性。穹窿体一般悬浮于细胞质基质中，但也可以成在参与对抗病原体时成为脂质筏的一部分。.
線粒體
--（mitochondrion）是一种存在于大多数真核细胞中的由两层膜包被的细胞器，直径在0.5到10微米左右。除了溶组织内阿米巴、篮氏贾第鞭毛虫以及几种微孢子虫外，大多数真核细胞或多或少都拥有线粒体，但它们各自拥有的线粒体在大小、数量及外观等方面上都有所不同。这种细胞器拥有自身的遗传物质和遗传体系，但因其基因组大小有限，所以线粒体是一种半自主细胞器。线粒体是细胞内氧化磷酸化和合成三磷酸腺苷（ATP）的主要场所，为细胞的活动提供了化学能量，所以有“細胞的發電站”（the powerhouse of the cell）之称。除了为细胞供能外，线粒体还参与诸如细胞分化、细胞信息传递和细胞凋亡等过程，并拥有调控细胞生长和细胞周期的能力。 英文中的“线粒体”（mitochondrion，复数形式为“mitochondria”）一词是由希腊语中的“线”（“μίτος”或“mitos”）和“颗粒”（“χονδρίον”或“chondrion”）组合而成的。在“线粒体”这一名称出现前后，“粒体”“球状体”等众多名字曾先后或同时被使用。这些现在已不再继续使用的名称包括：blepharoblast、condriokont、chondriomite、chondrioplast、chondriosome、chondrioshere、filum、fuchsinophilic granule、interstitial body、körner、fädenkörner、mitogel、parabasal body、plasmasome、plastochondria、plastome、sphereoplast和vermicle等（按首字母在英文字母表中的顺序排列），其中“chondriosome”（可译为“颗粒体”）直至1982年仍见诸欧洲各国的科学文献。.
絲葉狸藻
絲葉狸藻（学名：Utricularia gibba）為狸藻屬多年生小型浮水食虫植物。其种加词“gibba”来源于“gibbus”，意为“峰，隆起”，指其膨大的花冠下唇。丝叶狸藻分布范围广泛，主要存在于美洲及亚洲等地。Bruce Salmon (2001) "Carnivorous Plants of New Zealand" Ecosphere Publications 丝叶狸藻已被列入新西兰《国家危害性植物协议》防止其銷售和散布。丝叶狸藻的基因组相对于其他植物而言非常小，但其仍具有正常的基因数量。根据DNA序列分析显示，其非编码DNA仅占基因组的3%。.
瓦片阵列
片阵列（Tiling array，亦称为覆瓦阵列）是微阵列芯片中的一种子类型。类似于传统微阵列，瓦片阵列通过将标记的DNA或RNA靶分子杂交到固定在固体表面上的探针而发挥作用。 瓦片阵列与传统微阵列之间的不同之处在于探针的性质：瓦片阵列的探针并不是对散列在整个基因组中的已知或预测基因的序列进行探测，而是对连续区域内存在的已知序列进行密集地探测。这有助于表征已测序但功能却知之甚少的区域。瓦片阵列可用于：辅助转录物组作图、发现DNA/蛋白质相互作用（ChIP-chip和DamID）位点、DNA甲基化（MeDIP-chip）位点、DNA酶敏感（DNase Chip）位点及阵列比较基因组杂交。瓦片阵列除了可以检测之前未鉴定的基因及调控序列，还可能对转录产物进行深度定量。被称为“特征”的瓦片阵列单位中，特异性探针的拷贝数可上数百位（而在传统阵列中仅有少数几个），而密布在每张阵列上的特征数则在10,000到大于6,000,000个之多。可以通过调节探针与探针之间重叠的序列多少、探针序列间已知碱基的数量或探针长度而达到改变作图分辨率的目的。对于如拟南芥这样较小的基因组，瓦片阵列甚至可对全基因组进行探测。瓦片阵列是全基因组关联分析中应用的有力方法。.
花
花是被子植物（被子植物门植物，又称有花植物或開花植物）的繁殖器官，其生物学功能的是结合雄性精细胞与雌性卵细胞以产生种子。这一进程始於传粉，然後是受精，从而形成种子并加以传播。对於高等植物而言，种子便是其下一代，而且是各物种在自然分布的主要手段。同一植物上着生的花的组合称为花序。 “花”在生活中亦常称为“花朵”或“花卉”。广义的花卉可指一切具有观赏价值的植物（或人工栽插的盆景），而狭义上则单指所有的開花植物。 花卉一直广受人们的喜爱和使用，主要用於觀賞，还能當食材或提煉原料。.
遗传学
遗传学是研究生物体的遗传和变异的科学，是生物学的一个重要分支Hartl D, Jones E (2005)。史前时期，人们就已经利用生物体的遗传特性通过选择育种来提高谷物和牲畜的产量。而现代遗传学，其目的是寻求了解遗传的整个过程的机制，则是开始于19世纪中期孟德尔的研究工作。虽然孟德尔并不知道遗传的物理基础，但他观察到了生物体的遗传特性，某些遗传单位遵守简单的统计学规律，这些遗传单位现在被称为基因。 基因位于DNA上，而DNA是由四类不同的核苷酸组成的链状分子，DNA上的核苷酸序列就是生物体的遗传信息。天然DNA以双链形式存在，两条链上的核苷酸互补，而每一条链都能够作为模板来合成新的互补链。这就是生成可以被遗传的基因的复制方式。 基因上的核苷酸序列可以被细胞翻译以合成蛋白质，蛋白质上的氨基酸序列就对应着基因上的核苷酸序列。这种对应性被称为遗传密码。蛋白质的氨基酸序列决定了它如何折叠成为一个三维结构，而蛋白质结构则与它所发挥的功能密不可分。蛋白质执行细胞中几乎所有的生物学进程来维持细胞的生存。DNA上的一个基因的改变可以改变其编码的蛋白质的氨基酸，并可能改变此蛋白质的结构和功能，进而对细胞甚至整个生物体造成巨大的影响。 虽然遗传学在决定生物体外形和行为的过程中扮演着重要的角色，但此过程是遗传学和生物体所经历的环境共同作用的结果。 例如，虽然基因能够在一定程度上决定一个人的体重，人在孩童时期的所经历的营养和健康状况也对他的体重有重大影响。.
驱动蛋白
驱动蛋白（Kinesin）是一类蛋白质超级家族，属于分子马达的一种，其成员代表驱动蛋白-1（Kinesin-1）在1985年被发现。驱动蛋白是由单体组成的多聚体，其“头部”具有ATP酶活性，能通过水解ATP获得能量，改变构型，进行运动。它和动力蛋白一样，以微管构成的轨道进行滑行。与可以朝微管两极运动的动力蛋白有些不一样，一种驱动蛋白只能朝一个方向运动，如驱动蛋白-1可以沿着微管的+运动，而另一些驱动蛋白则沿着-极运动，在细胞内起运输作用，比如牵拉染色体，参与有丝分裂、减数分裂和细胞迁移过程。 最近的研究又发现一批与驱动蛋白-1结构相关的蛋白质，它们一起构成驱动蛋白超级家族。这些蛋白质存在于绝大多数真核生物中。它们共有一保守的“马达”域，含有约350氨基酸残基，内有ATP结合位点和微管结合位点。即使在植物中，如拟南芥（Arabidopsis thaliana）中，目前也发现了A，B，C和D四种类驱动蛋白蛋白。.
谷氧还蛋白
谷氧还蛋白（Glutaredoxin，简称为GRX）是一类小型的氧化还原酶，为大约只有一百个氨基酸残基的单链蛋白质，并以谷胱甘肽作为辅因子。谷氧还蛋白被底物氧化，而非酶促地被谷胱甘肽还原。与可被硫氧还蛋白还原酶还原的硫氧还蛋白相反，并不存在特异性还原谷氧还蛋白的氧化还原酶。取而代之的是，谷氧还蛋白通过去氧化谷胱甘肽来被还原。被氧化的谷胱甘肽接下来被谷胱甘肽还原酶重生出来。NADPH、谷胱甘肽、谷胱甘肽还原酶和谷氧还蛋白这些组件组合在一起的氧化还原网络构成了谷胱甘肽系统。 谷氧还蛋白的发现是由霍姆格伦（Holmgren）于1976年在研究缺失硫氧还蛋白基因的大肠杆菌氧化还原过程中发现的，早先被叫做“巯基转移酶”。如同硫氧还蛋白，谷氧还蛋白以相似的方式工作，具有一个活性中心二硫键。蛋白中两个半胱氨酸残基（位于Cys22一Pro—Tyr—Cys25）以分子内二硫键的形式相互连接，该二硫键或处于还原状态或处于氧化状态。谷氧还蛋白在由酶核糖核苷酸还原酶完成的谷胱甘肽依赖型脱氧核糖核苷酸合成过程中作为电子载体。此外，谷氧还蛋白借由还原脱氢抗坏血酸、过氧化物氧还酶与甲硫氨酸亚砜还原酶等来发挥其抗氧化保护作用。除了在抗氧化保护方面的功能外，细菌与植物的谷氧还蛋白表现出结合到铁硫簇上，并在需要时将铁硫簇传递到酶中。.
鼠耳芥
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邓兴旺
邓兴旺（），美籍华裔生物学家。伯克利加州大学植物生理及分子生物学博士、北京生命科学研究所所长。2013年当选美国国家科学院院士。他的团队主要关注的领域是光调控的拟南芥幼苗发育的分子和生物化学机制，在研究遗传通路时找到12个介导光调节的多效性位点。其中COP1是拟南芥光形态建成的抑制因子。另一研究方向是从基因组水平探讨水稻DNA甲基化、染色体修饰与结构。.
GenBank
基因銀行（GenBank）是一个开放获取的，对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。 此数据库是（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。 成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指數增長，在2013年2月的版本194中，數據庫包含有1.62億個序列，含有1500億個核苷酸堿基。.
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MADS盒
MADS盒蛋白（MADS-box）基因是一大类与高等植物花器发育有关的调控基因，具有同源异形框基因的功能。MADS的命名由四个基因的第一个第1个字母组合而成，即酵母MCMI，拟南芥（Arabidopsis）AG，金鱼草DEFA和动物血清应激因子（SRF），它们都是转录调控蛋白，在结构上具有同源性。 MADS盒基因可分为三大类群，即A,B和C三组，它们均有典型的MADS盒顺序，在高等植物花器发育的不同位置起作用。植物花朵的结构大同小异，均有四轮器官，第一轮为花萼，第二轮为花瓣，第三轮为雄蕊，第四轮为心皮。A类基因控制外侧2轮花器的分化，B类涉及第二和第三轮花器的发育，C类基因负责内部2轮花器的确定性。若发生MADS盒基因突变，花旗的位置将发生互换。 植物的MADS盒蛋白有四个特征区，分别为MADS盒，I,K,C域。MADS盒含57个氨基酸，可与DNA双螺旋的小沟专一性结合。I区为间隔顺序，K区因含类角蛋白（keratin）而取名，长约70个氨基酸。C区为羧基端，顺序变化较大，可与辅助因子结合启动基因转录。.
The Arabidopsis Information Resource
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树冠羞避
树冠羞避（Crown shyness），也称为冠层脱落、冠层羞避和间距间隔，是在一些树种上观察到的现象，它们的树冠互不遮挡，形成一个沟状的开口。这种现象在同一种树间最为普遍，但是也在不同种树间发生。关于为什么树冠羞避是一种适应性行为，存在许多假说。并且有研究表明，这可能会抑制潜叶虫幼虫传播。.
植物学
植物学是一门研究植物形态解剖、生长发育、生理生态、系统进化、分类以及与人类的关系的综合性科学，是生物学的分支学科。.
早前期
早前期是有丝分裂中植物细胞所特有的一段分期。动物细胞或真菌等真核生物无此阶段。植物在此期间通致密微管形成将质膜一分为二并开始在核膜外。.
拟南芥属
拟南芥属（学名：Arabidopsis）是十字花科下的一个属，为一年生、二年生或多年生草本植物。该属共有15种，主要产自亚洲、欧洲。.
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阿拉伯芥。
