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基因本体

指数 基因本体

随着生物技术的发展越来越快,人们得到的数据越来越多。需要寻找一种方法来组织整理这些信息。GO(gene ontology)基因本体论提供了一个省时省力的解决方案,基因产物在数据库中被赋上GO的词条,进而科学家们可以到数据库中去查询这些生物学的相关信息。 基因本体(Gene Ontology,GO)项目提供了定义术语的本体表示基因产物的性质。它主要包括三个分支:細胞組件、分子功能和生物過程。 基因本体是一个有向无环图(DAG)型的本体。目前,GO中使用了is_a、part_of和regulates三种关系。.

11 关系: 基因产物一体化医学语言系统器官组织 (生物学)细胞生物胞外酶促反应本体 (信息科学)本体语言有向无环图

基因产物

基因产物是基因表达的产物,是一种生物化学物质,通常是RNA或蛋白質。基因产物的数量用于衡量基因的活跃程度。基因产物的数量异常可能是由某些致病性的等位基因 引起,例如过度活跃的癌基因会导致癌症。 Category:基因表現.

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一体化医学语言系统

一体化医学语言系统(英语:Unified Medical Language System,UMLS),又称为统一医学语言系统,是对生物医学科学领域内许多受控词表的一部纲目式汇编。UMLS提供的是一种位于这些词表之间的映射结构,使这些不同的术语系统之间能够彼此转换;同时,UMLS也被看作是生物医学概念所构成的一部广泛全面的叙词表和本体。UMLS还进一步提供有若干适用于自然语言处理的工具。UMLS主要旨在供医学信息学领域的信息系统开发人员使用。 UMLS由下列组件构成: 美国国立医学图书馆(英文:National Library of Medicine,NLM)设计了并负责维护着UMLS。UMLS每季度更新一次,且可以免费使用。该项目最初是由Donald Lindberg博士于1986年发起的(Donald Lindberg后来担任了国立医学图书馆馆长)。.

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器官

器官是动物体或植物体的由不同的细胞和组织构成的结构,用来完成某些特定功能,并与其他分担共同功能的器官,一起组成各个系统(动物体)或整个个体(植物体)。.

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组织 (生物学)

组织是生物学中介于细胞和器官之间的层次,它由许多属于同一器官的形态相似的细胞以及细胞间质组成,并且具有一定功能。不同的组织分工合作形成器官。研究组织的学科是组织学,研究其病态的学科是组织病理学。.

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细胞

细胞(Cell)是生物体结构和功能的基本单位。它是除了病毒之外所有具有完整生命力的生物的最小单位,也经常被称为生命的积木(病毒仅由DNA/RNA组成,并由蛋白质和脂肪包裹其外)。 in Chapter 21 of fourth edition, edited by Bruce Alberts (2002) published by Garland Science.

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生物

生物(拉丁语,德语: Organismus, ,又称有機體)是指稱類生命的个体。在生物学和生态学中, 地球上约有870萬種物種(±130萬),其中650萬種物種在陆地上,220万种生活在水中。 生物最重要和基本的特徵在生物會進行新陳代謝及遺傳兩點,前者說明所有生物一定會具備合成代谢以及分解代谢(兩個是完全相反的兩個生理反應過程),並且可以將遺傳物質複製,透過自我分裂生殖(無性生殖)或有性生殖,交由下一代繁殖下去以避免滅絕,这是類生命现象的基础。 生命的起源和生命各个分支之间的关系一直存在争议,古早的生命分類已經過時,近代古典生物學的分類又受到分子生物學的挑戰。一般而言,我們將生物分為兩大類:原核生物和真核生物。原核生物分为兩大域:细菌(Bacteria)和古菌(Archaea),这两个域相互之间的关系并不比他们和真核生物的关系更为接近。在演化史的研究上,原核生物和真核生物之间一直缺乏联系。類似麻煩的還有病毒與內共生細菌等的分類,隨著現代生物化學的研究逐漸深入,出現了有如物理學中存在量子現象一般,在特定微觀世界下許多傳統認知出現錯誤,導致以往常理被顛覆的情況。 真核生物的特徵是有細胞核以及其他膜狀細胞器(例如動物和植物體內的粒線體粒線體也可以說是植物動物體的發電廠因為他可以製造很多的能量,以及植物及藻類中的葉綠素),一種假說是叶绿体和线粒体是由内共生细菌(endosymbiotic bacteria)演化而来T.Cavalier-Smith (1987) The origin of eukaryote and archaebacterial cells, Annals of the New York Academy of Sciences 503, 17–54 。多细胞生物(又稱至於生物實在30班一年且出來則指包含多于一个细胞的生物,在地質學上直到五億年前才出現大爆發。.

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胞外

在細胞生物學、分子生物學及其相關領域中,胞外,或細胞外(extracellular,有時亦作胞外空間/細胞外空間(extracellular space))指「在細胞外」。通常,胞外空間位於質膜之外,被流體佔據(即細胞外基質,extracellular matrix)。與胞外相對的概念是胞內(intracellular)。 根據基因本體數據庫,胞外空間是這樣一種細胞組分:「多細胞生物的一部分,位於細胞固有物質外,通常指位於細胞膜之外的部分,爲流體所佔據。對多細胞生物來說,胞外空間指所有位於細胞外,但仍然位於生物體內的物質(除細胞外基質以外)。因此,多細胞生物細胞的基因產物,如果被分泌到組織液或血液中,就可以用「胞外」來形容。」 細胞外空間的組分包括代謝產物、離子、多種蛋白質以及非蛋白質物質(即DNA、RNA、脂質、微生物產物等)。這些組分可能會影響細胞的功能。比如,激素、生長因子、細胞因子以及趨化因子在穿過細胞外空間,與細胞表面的受體結合後發揮作用。另外,還有一些在胞外有活性的酶,比如消化酶(胰蛋白酶、胃蛋白酶)、胞外蛋白酶((Matrix metalloproteinase)、、(Cathepsin)),以及抗氧化酶(胞外超氧化物歧化酶)。通常,位於胞外空間的蛋白質通過與多種細胞外基質組分(膠原蛋白、蛋白聚醣等)結合而儲存在細胞外。另外,細胞外基質的蛋白水解產物亦存在於胞外空間中,尤其是正在經歷重塑的組織。.

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酶促反应

酶促反应(又称酶催化)是指由一类被称为酶的特殊蛋白质所催化的化学反应。因为非催化反应的速率特别慢,故细胞中生物化学反应的催化作用就显得极重要。 酶促反应的机制与其他类型的化学催化在原理上很相似。酶通过提供替代反应路线以及稳定中间产物的方法,减少了为达到最高能量过渡态时的能量需求。活化能(Ea)的减少增加了具有足够达到活化能并形成产物的反应物分子的数量。.

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本体 (信息科学)

在计算机科学与信息科学领域,理论上,本体是指一种“形式化的,对于共享概念体系的明确而又详细的说明”。本体提供的是一种共享词表,也就是特定领域之中那些存在着的对象类型或概念及其属性和相互关系;或者说,本体就是一种特殊类型的术语集,具有结构化的特点,且更加适合于在计算机系统之中使用;或者说,本体实际上就是对特定领域之中某套概念及其相互之间关系的形式化表达(formal representation)。本体是人们以自己兴趣领域的知识为素材,运用信息科学的本体论原理而编写出来的。本体一般可以用来针对该领域的属性进行推理,亦可用于定义该领域(也就是对该领域进行建模)。此外,有时人们也会将“本体”称为“本体论”。 作为一种关于现实世界或其中某个组成部分的知识表达形式,本体目前的应用领域包括(但不仅限于):人工智能、语义网、软件工程、 生物医学信息学、图书馆学以及信息架构。.

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本体语言

在计算机科学和人工智能领域,本体语言(ontology language、又称为本体论语言)是指用于构建本体的形式语言。此类语言允许对有关特定领域的知识加以编码,且常常还包括为处理这些知识提供支持的推理规则。本体语言通常为描述性语言(又称为表述型语言、说明性语言),几乎总是属于框架语言的泛化形式,且一般都基于一阶逻辑或描述逻辑。.

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有向无环图

在图论中,如果一个有向图从任意顶点出发无法经过若干条边回到该点,则这个图是一个有向无环图(DAG图)。 因为有向图中一个点经过两种路线到达另一个点未必形成环,因此有向无环图未必能转化成树,但任何有向树均为有向无环图。.

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