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基群
基群（）是生物學中的術語，專指在親緣關係學中最早分离出去的大型演化支，並且通常會位於亲缘分支分类法最底層處，是其它後来才分化出去的演化支的外類群。許多生物學家（特別是支序分類學學者）更習慣使用「基群」而非「原始族群」，這是因为“原始”一詞中具有劣等、落后的意味，然而絕大多數的物種都是经过長時間的演化才能夠良好地適應其现有的棲息地，并无所谓优劣之别。.
多系群
多系群(英语:Polyphyletic group)在生物系統發生學中，是指一個分類群當中的成員，在演化樹上分別位于相隔著其他分支的分支上；也就是說，該分類群並不包含其所有成員的最近共同祖先。一般而言，生物的科學分類會盡量避免使一個正式的分類群成為多系群。 舉例而言，「恆溫動物」（溫血動物）通常指鳥類與哺乳類，但是鳥類與哺乳類的祖先皆為變溫動物（冷血動物），因此哺乳類與鳥類的恆溫性是分別發展出來，也因此「恆溫動物」是一個多系群，且並非一個系統發生學上的分類群。.
布魯氏菌科
布魯氏菌科（Brucellaceae）是根瘤菌目下的一個科。布魯氏菌科下屬的細菌都是好氧細菌。該科下的部分細菌是土壤細菌，另外，一些該科下的細菌對人類而言屬於致病菌，可能使人患上布魯氏菌病Garrity, George M.; Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.) (2005).
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內共生學說
#重定向 共生體學說.
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Bradyrhizobiaceae
#重定向 慢生根瘤菌科.
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立克次体
立克次体（学名：Rickettsia），或者称立克次氏体是一类细菌，但许多特征和病毒一样，如不能在培养基上培养，可以通过瓷濾器过滤，只能在动物细胞内寄生繁殖等。直径只有0.3-1μm，小于绝大多数细菌。立克次体有细胞形态，除恙虫病立克次体外，细胞壁含有细菌特有的肽聚糖。细胞壁为双层结构，其中脂类含量高于一般细菌，无鞭毛。同时有DNA和RNA两种核酸，但没有核仁及核膜，属于适应了寄生生活的α-变形菌，經研究粒線體的祖先可能是由立克次體演化而來。革兰染色呈阴性，效果不明显。立克次体取名是为了纪念美国病理学家霍華德·泰勒·立克次（Howard Taylor Ricketts，1871年2月9日 - 1910年5月3日），立克次在芝加哥大学工作期间发现了落磯山斑點熱和鼠型斑疹伤寒的病原体（立克次体）和传播方式，由于工作原因，他自己也死于斑疹伤寒。他所发现的病原体被命名为立克次体属。.
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立克次體目
立克次體目是變形菌門中的一目，大部份已知的物種都只是以其他細胞的內共生體的形式存在。其中有一些是很有名的病原體，包括立克次體，它引起許多人類的疾病。另一方面，對立克次體基因上的研究支持了線粒體及相關的細胞器是由此類群的成員演變而來的內共生學說。一些人甚至猜測病毒也是由此類群，或類似它們的生物演變而來的。 立克次體目是變形菌門中最神秘的類群之一，因為它極度難以培養。起初，此一類群包括所有必須內共生的細菌，但現在一些如貝氏考克斯菌（Q熱的病原體）之類的物種已被移除。從許多野生的浮游生物中已發現了許多此類群的基因。其中包含 SAR11 ，它在2002年被人分離出獨立的細菌株，命名為「遍在遠洋桿菌」，是這世上最普遍的細菌。直到2005年，此類群的確切組成及分類依然沒有定論。.
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紅螺菌科
紅螺菌科（Rhodospirillaceae）是變形菌門α-變形菌綱紅螺菌目下的一科。 下属：.
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紅螺菌目
紅螺菌目（Rhodospirillales）是變形菌門α-變形菌綱下的一目。进行不产氧的光合作用。本目很多细菌属于紫細菌。 分類:紅螺菌目.
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線粒體
--（mitochondrion）是一种存在于大多数真核细胞中的由两层膜包被的细胞器，直径在0.5到10微米左右。除了溶组织内阿米巴、篮氏贾第鞭毛虫以及几种微孢子虫外，大多数真核细胞或多或少都拥有线粒体，但它们各自拥有的线粒体在大小、数量及外观等方面上都有所不同。这种细胞器拥有自身的遗传物质和遗传体系，但因其基因组大小有限，所以线粒体是一种半自主细胞器。线粒体是细胞内氧化磷酸化和合成三磷酸腺苷（ATP）的主要场所，为细胞的活动提供了化学能量，所以有“細胞的發電站”（the powerhouse of the cell）之称。除了为细胞供能外，线粒体还参与诸如细胞分化、细胞信息传递和细胞凋亡等过程，并拥有调控细胞生长和细胞周期的能力。 英文中的“线粒体”（mitochondrion，复数形式为“mitochondria”）一词是由希腊语中的“线”（“μίτος”或“mitos”）和“颗粒”（“χονδρίον”或“chondrion”）组合而成的。在“线粒体”这一名称出现前后，“粒体”“球状体”等众多名字曾先后或同时被使用。这些现在已不再继续使用的名称包括：blepharoblast、condriokont、chondriomite、chondrioplast、chondriosome、chondrioshere、filum、fuchsinophilic granule、interstitial body、körner、fädenkörner、mitogel、parabasal body、plasmasome、plastochondria、plastome、sphereoplast和vermicle等（按首字母在英文字母表中的顺序排列），其中“chondriosome”（可译为“颗粒体”）直至1982年仍见诸欧洲各国的科学文献。.
纲
纲（英文: class，拉丁文：classis，复数：classes）是生物分类法中的一级，位于门和目之间。纲上可分总纲（superclassis），纲下可分亚纲（subclassis），之下还可分下纲（infraclassis，或译作次亚纲）。.
美国国家生物技术信息中心
国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分（该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分）。NCBI位于美國马里兰州的贝塞斯达，建立于1988年。 NCBI设置有与生物技术和生物医学相关的一系列数据库，是生物信息学工具和服务的重要资源。 主要数据库包括DNA序列GenBank，和生物医学文献书目数据库PubMed。 其他数据库包括NCBI。 所有这些数据库都可以通过Entrez搜索引擎在线获取。 许多受尊敬的研究者在NCBI工作，如比较基因组学领域的一位多产的科学家Eugene Koonin和BLAST序列数据库搜索算法的作者Stephen Altschul。 NCBI在研究数据库r3data.org的注册表中列出。.
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真核生物
真核生物（学名：Eukaryota）是其细胞具有细胞核的单细胞生物和多细胞生物的总称，它包括所有动物、植物、真菌和其他具有由膜包裹着的复杂亚细胞结构的生物。 真核生物与原核生物的根本性区别是前者的细胞内含有细胞核，因此以真核来命名这一类细胞。许多真核细胞中还含有其它细胞器，如粒線體、叶绿体、高尔基体等。 由于具有细胞核，因此真核细胞的细胞分裂过程与没有细胞核的原核生物也大不相同。 真核生物在进化上是单源性的，都属于三域系统中的真核生物域，另外两个域为同属于原核生物的细菌和古菌。但由于真核生物与古菌在一些生化性质和基因相关性上具有一定相似性，因此有时也将这两者共同归于新壁總域演化支。 科學家相信，從基因證據來看，真核生物是細菌與古菌的基因融合體，它是某種古菌與細菌共生，異種結合的產物。.
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遍在遠洋桿菌
遠洋桿菌屬（Pelagibacter），目前僅包括遍在遠洋桿菌（P.
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革兰氏阴性菌
革兰氏阴性菌（Gram-negative），革兰氏阴性菌泛指革兰氏染色反应呈红色的细菌。在革兰氏染色实验中，首先添加了結晶紫，再添入另一种复染染料（通常使用番红（safranin）），从而将所有的革兰氏阴性菌染成红色或粉色。通过这种测试我们可以区分两种细胞壁结构不同的细菌。革兰氏阳性菌在反应后的除色溶液中将呈现龙胆紫的颜色。相較於革蘭氏陽性菌，陰性菌通常會導致人類疾病——例如最具代表性的大腸桿菌。 革兰氏阴性菌细胞壁中肽聚糖含量低，而脂类含量高。当用乙醇处理时，脂类物质溶解，细胞壁通透性增强，使結晶紫极易被乙醇抽出而脱色；再度染上复染液番红的时候，便呈现红色了。 革兰氏阴性菌的病原能力通常与其细胞壁组成相关，具体说来有脂多糖层。在人体中，LPS可以激发一种固有免疫反应（innate immune response）这种反应是通过细胞素制造和免疫系统活化等来描述其特征的。比如，红肿就是细胞素产生并释放导致的。因為脂多糖在革蘭氏陰性菌的細胞牆表皮，所以大多數或舊型抗生素都不能有效抑制此類細菌。.
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變形菌門
變形菌門（Proteobacteria）是細菌中主要的一門，包括很多病原菌，如大腸杆菌、沙門氏菌、霍乱弧菌、幽门螺杆菌等著名的属。也有自由生活（非寄生）的種類，包括很多可以進行固氮的細菌。 卡尔·乌斯於1987年建立這個群組，非正式的稱這是“紫細菌及其親屬”。變形菌門主要是由核糖體RNA序列定義的，名稱取自希臘神話中能夠變形的神普羅透斯（這同時也是變形菌門中變形桿菌屬的名字），因爲該門細菌的形狀具有極爲多樣的形狀。.
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趋同演化
在演化生物學中，趋同演化（Convergent evolution）指的是两种不具亲缘关系的动物长期生活在相同或相似的环境，或曰生态系统，它们因应需要而发展出相同功能的器官的现象，即同功器官。.
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趋磁细菌
趋磁细菌（Magnetotactic bacteria，缩写MTB）是细菌中的一个多系群，由Richard P. Blakemore于1975年发现，能感应地磁场的磁感线。为达到这一功能，这些细菌拥有一个叫作磁小体的細胞器来贮存磁性晶体。这些微生物会定向移动来响应环境磁场的现象被称为趋磁性，有南趣（south-seeking）与北趣（north-seeking）（趣通趋）两种趋磁行为。和动物的相比，这些带有磁铁的细菌还能定向排列（甚至包括死细胞），就像指南针一样，这被认为能有助于这些细菌达到最佳的氧浓度区域。.
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農桿菌
#重定向 农杆菌属.
Public Library of Science
#重定向 公共科学图书馆.
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RRNA
#重定向 核糖體核糖核酸.
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根瘤菌
根瘤菌主要指与豆类作物根部共生形成根瘤并能固氮的细菌，一般指根瘤菌属和慢生根瘤菌属；两属都属于根瘤菌目。 根瘤菌侵入寄主根内，刺激根部皮层和中柱鞘的某些细胞，引起这些细胞的强烈生长，使根的局部膨大形成根瘤；根瘤菌在根内定居，植物供给根瘤菌以矿物养料和能源，根瘤菌固定大气中游离氮气，为植物提供氮素养料，两者在拮抗寄生关系中处于均衡状态而表现共生现象。 根瘤菌细胞呈杆状，有鞭毛和荚膜，鞭毛为正常的活动器官，无芽孢，革兰氏染色阴性，属需氧型。在根瘤中生活的菌体形式多种多样，有梨形、棍棒型或T、X、Y等型，这种变形的菌体成为类菌体；类菌体在豆科植物体内不生长繁殖，却能与豆科植物共同固氮，对豆科植物有良好作用。 每种根瘤菌只能与一种或几种植物建立共生关系，如下表： 此外，还有些微生物能同非豆类植物（如苏铁、木麻黄等）共同形成根瘤固氮，主要是一些放线菌和一些细菌、真菌、固氮蓝藻等。.
根瘤菌科
根瘤菌科（学名：Rhizobiaceae）是屬於變形菌門中的一個科，包含許多種的根瘤菌（但不是全部）和植物的寄生生物，如：土壤桿菌屬。正如所有變形菌門中的生物，在根瘤菌科中也全屬於革蘭氏陰性菌。它們是好氧菌且細胞形狀通常為桿狀。其中有多種菌屬於固氮生物，它們有固氮的能力且與植物共生。Garrity, George M.; Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.) (2005).
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根瘤菌目
根瘤菌目是革兰氏阴性變形菌門中的一个目。 具有会固氮作用和与植物根系共生的根瘤菌出现在几个不同的科中。 四个科中的慢生根瘤菌科，，Phyllobacteriaceae，和根瘤菌科至少含有6个固氮的，豆类结瘤的微生物共生菌。 例子是和根瘤菌属。 Methylocystaceae的种属是; 它们使用甲醇（CH3OH）或甲烷（CH4）作为唯一的能源和碳源。 其他重要属是人类病原体和布鲁氏菌科，以及农杆菌属（遗传工程）。.
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