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内含子

指数 内含子

内含子(Intron)是一个基因中非编码DNA片段,它分开相邻的外显子。更精确的定义是:内含子是阻断基因线性表达的序列。DNA上的内含子会被转录到前体RNA中,但RNA上的内含子会在RNA离开细胞核进行转译前被剪除。在成熟mRNA被保留下来的基因部分被称为外显子。真核生物的基因含有外显子和内含子,是前者区别原核生物的特征之一。 内含子可能含有“旧码”,就是在演化过程中丧失功能的基因部分。正因为内含子对转译产物的结构无意义,它比外显子累积有更多的突变。 内含子在选择性剪接扮演重要角色,一个基因可以因此而产生多种不同的蛋白质。归根到底,是在剪接过程中同一段DNA,有时被看作外显子,有时则是内含子。 有一种特殊的内含子,被称作自剪接内含子(核酶),它可以通过自身作用被切除,來离开mRNA。 内含子和外显子的比例因种而异。河鲀的内含子比较少。 但内含子与“垃圾DNA”不同,垃圾DNA亦即那些基因以外的序列,还未被发现有任何功能的DNA,但可能是参与基因调控和选择性剪接的调控。但若内含子对应的mRNA片断没有被除去,可能会发生非常大的突变。如一种植物,科学家抑制了剪切酶的活性而保留了其mRNA中一段内含子。结果,该植物的雌蕊发育不正常。而雄蕊却出现了雌蕊的特征。 “马赛克基因”,就是说编码的DNA片断(外显子)被非编码区域(内含子)隔开,该概念是1977年由Hogness,Mandel和Chambon提出。.

29 关系: 基因基因组进化假单胞菌属古菌双桅隐杆线虫外显子中心法則三域系統乳铁蛋白強化子喬治·丘奇前信使核糖核酸理察·羅伯茨秀麗隱桿線蟲線粒體线粒体基因组结构基因絲葉狸藻转录转录后修饰陈赛娟GDNAIntronRNA测序暗綠魨核糖核酸核酸酶保护分析沃特·吉爾伯特斑馬魚

基因

基因一词来自希腊语,意思为“生”。是指控制生物性状的遗传信息,通常由DNA序列来承载。基因也可视作基本遗传单位,亦即一段具有功能性的DNA或RNA序列。弄清其序列本身的过程叫基因测序。基因的结构由增强子,启动子及蛋白编码序列组成:即基因产物可以是蛋白质(蛋白质编码基因)及RNA,从而控制生物个体的性状(差異)表现。在一个个体当中所有的基因总和叫基因组。在一个物种中所有等位基因的总合叫基因库。在大多数真核生物中,基因分为细胞核基因及线粒体基因,绿色植物的叶绿体也含有独立于细胞核的叶绿体基因组。人類約有一万九千至兩萬两千個基因。 在真核生物中,染色体在体细胞中是成对存在的。每条染色体上都带有一定数量的基因。一个基因在细胞有丝分裂时有两个对列的位点,称为等位基因,分别来自父与母。依所攜帶性状的表現,又可分为显性基因和隐性基因。 一般来说,同一生物体中的每个细胞體都含有相同的基因(除了已经分化的免疫细胞),但并不是每个细胞中的所有基因携带的遗传信息都会被表現出来。控制基因表达的因素分为传统的遗传学(增强子,启动子序列相关)因素及表观遗传学(DNA甲基化,组蛋白乙酰化和脱乙酰化及RNA干扰相关)因素。職司不同功能的細胞或不同的细胞类型中,活化而表現的基因也不同。在某一细胞类型当中所有被表达的基因叫转录组,所有编码蛋白质的基因叫蛋白质组。通过即时聚合酶链式反应或染色质免疫沉淀-测序可得到转录组及蛋白质组的信息。用电脑处理基因序列的学科叫生物信息学。 人类基因组计划(human genome project, HGP)是一项规模宏大,跨国跨学科的生物信息学项目。其宗旨在于测定组成人类染色体(指单倍体)的30亿个碱基对形成的核苷酸序列,从而繪製人类基因组圖譜,並且辨識其载有的基因,达到破译人类遗传信息的最终目的。该计划起始于1990年于2000年完成。.

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基因组进化

基因组进化 是 基因组 的结构(序列)或大小随时间变化过程。 基因组进化的研究涉及多个领域,如基因组的结构分析,基因组寄生虫的研究,基因和古代基因组重复,多倍体和比较基因组学。由于原核生物和真核生物的基因序列是稳定增加的,故基因组进化是一个不断变化和发展的领域,况且这些基因序列可以从科学界和广大公众中获取。.

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假单胞菌属

假单胞菌属 Pseudomonas是一类需氧的革兰氏阴性细菌,它位于下,已知物种有191个。该属微生物具有极其丰富的代谢多样性,这些多样性也使得它们能够在非常广阔的生态位中生存。 假单胞菌属的微生物在in vitro条件下很容易培养,这使得该属成为科研的绝佳材料,比较典型的研究对象有人的致病菌绿脓杆菌、植物致病菌、土壤细菌恋臭假单胞菌以及能促进植物生长的荧光假单胞菌。 因为广泛存在于水体和诸如双子叶植物等的种子种,假单胞菌属算是较早发现的一种微生物。假单胞菌属这个名字最早在1894和1900年由给出,当时只是一个很模糊的名词,它的意思是指“革兰氏阴性菌,杆状以及一端有鞭毛的、能够形成芽孢的细菌”。Migula, W. (1900) System der Bakterien, Vol.

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古菌

古菌(Archaea,来自,意为“古代的东西”)又稱古細菌、古生菌或太古生物、古核生物,是单细胞微生物,构成生物分类的一个域,或一个界。这些微生物属于原核生物,它們與细菌有很多相似之處,即它们没有细胞核与任何其他膜结合细胞器,同時另一些特徵相似於真核生物,比如存在重复序列与核小体。 过去曾经将古菌和细菌一同归为原核生物,并将其命名为“古细菌”,但这种分类方式已过时。事实上古菌有其独特的进化历程,并与其它生命形式有显著的生化差异,所以现在将其列为三域系统中的一个域。在这个系统中,古菌、细菌与真核生物各为一个域,并进一步划分为界与门。到目前为止,古菌已被划分为公认的四个门,随着进一步研究,还可能建立更多的门类。在这些类群中,研究最深入的是泉古菌门与广古菌门。但对古菌进行分类仍然是困难的,因为绝大多数的古菌都无法在实验室中纯化培养,只能通过环境宏基因组检测来分析。 古菌和细菌的大小和形状非常相似,但少数古菌有不寻常的形状,如嗜鹽古菌拥有平面正方形的细胞。尽管看起来与细菌更相似,但古菌与真核生物的亲缘关系更为密切,特别是在一些代谢途径(如转录和转译)有关酶的相似性上。古菌还有一些性状是独一无二的,比如由依赖醚键构成的细胞膜。与真核生物相比,古菌有更多的能量来源,从熟悉的有机物糖类到氨到金属离子直到氢气。(如)可以以太阳光为能源,其它一些种类的古菌能进行;但不像蓝藻与植物,没有一种古菌能同时做到这两者而进行光合作用。古菌通过分裂、出芽、断裂来进行无性生殖,但没有发现能产生孢子的种类。 一开始,古菌被认为都是一些生活在温泉、盐湖之类极端环境的嗜极生物,但近来发现它们的栖息地其实十分广泛,从土壤、海洋、到河流湿地。它们也被发现在人类的大肠、口腔、与皮肤。尤其是在海洋中古菌特别多,一些浮游生物中的古菌可能是这个星球上数量最大的生物群体。现在,古菌被认为是地球生命的一个重要组成部分,在碳循环和氮循环中可能扮演重要的角色。目前没有已知的作为病原体或寄生虫的古菌,他们往往是偏利共生或互利共生。一个例子是,生活在人和反刍动物的肠道中帮助消化,还被用于沼气生产和污水处理。嗜极生物古菌中的酶能承受高温和有机溶剂,在被生物技术所利用。.

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双桅隐杆线虫

双桅隐杆线虫(学名:Caenorhabditis briggsae)是一种小型线虫,与常用的模式生物秀丽隐杆线虫同属于隐杆线虫属。两种线虫之间的差别很小,主要区别有雄虫尾部的形态不同,雌雄同体的排卵口形态不同等。其性别决定方式与秀丽隐杆线虫相同,均为XX-XO型,有雌雄同体和雄虫两种性别。对双桅隐杆线虫的研究主要集中于它与秀丽隐杆线虫之间的差异,尤其是在基因和蛋白质水平上,目前已有多个突变体品系。2003年,双桅隐杆线虫完成基因组测序。.

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外显子

外显子(Exon)是真核生物基因的一部分,它在剪接后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。 而内含子则会在剪接过程中被除去。 所有的外显子一同组成了遗传信息,该信息会体现在蛋白质上。 剪接方式并不是唯一的(参看替代剪接),所以外显子只能在成体mRNA中被看出。即使是使用生物信息学方法,要精确预测外显子的位置也是非常困难的。 真核生物的基因,其线性表达被内含子阻断,这就是所谓的断裂基因(split gene),该现象的发现者Richard J. Roberts和Phillip A. Sharp获得了1993年诺贝尔奖。 在反式剪接中,不同mRNA的外显子可以被接合在一起。.

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中心法則

分子生物學的中心法则(The central dogma of molecular biology,又譯分子生物學的中心教條),首先由佛朗西斯·克里克於1958年Crick, F.H.C. (1958): Symp.

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三域系統

三域系統是由美国微生物学家和生物物理学家卡尔·乌斯等人在1977年提出的細胞生命形式的分類,將原核生物分成了兩大類,起初稱為真細菌和古細菌。乌斯依據16S 核糖体RNA序列上的差別,認為這兩類生物和真核生物一起從一個具有原始遺傳機製的祖先(最後共同祖先)分別演化而來,因此將三者各置為一個「域」,作為比「界」高一級的分類系統,并分別命名為細菌域、古菌域和真核域。乌斯最初使用术语“界”来指代三个主要种系发生分组,并且这个命名法被广泛使用,一直到术语“域”在1990年被采用。 然而,rRNA樹有可能將演化太快的類群放錯位置(比如微孢子蟲)。有人認為生物的根源應該在真細菌之內,很多真細菌的類群在古細菌之前分支出來,很晚古細菌和真核生物才彼此分開。.

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乳铁蛋白

乳铁蛋白(LF),又称lactotransferrin(LTF), 为运铁蛋白中的一种多功能糖蛋白。乳铁蛋白是一种球状 糖蛋白 ,其分子量为80 kDa,广泛存在于各种分泌液中, 如牛奶、唾液、眼泪、和 鼻涕。乳铁蛋白也存在于中期的嗜中性粒细胞中,并由一些腺泡细胞分泌。乳铁蛋白可以从牛奶中提取或利用重組DNA技术获得。人的初乳的乳铁蛋白浓度最高,其次是人类的乳汁,牛奶中浓度最低(150毫克/升)。 乳铁蛋白是人体免疫系统的组分之一,它具有抗菌活性(抗细菌剂,抗真菌剂),是先天防御的一部分,主要存在于粘膜中。乳铁蛋白保护婴儿使其免受细菌等病原侵害。 乳铁蛋白还相互DNA和RNA、 多糖和肝素之间相互作用 ,并在这些这些受体-配体复合物中表现出一定的生理功能。.

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強化子

強化子(enhancer)又可譯為增強子,是DNA上一小段可與蛋白質(反式作用因子;trans-acting factor)結合的區域,與蛋白質結合之後,基因的轉錄作用將會加強。強化子可能位於基因上游,也可能位於下游。且不一定接近所要作用的基因,甚至不一定與基因位於同一染色體。這是因為染色質的纏繞結構,使序列上相隔很遠的位置也有機會相互接觸。.

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喬治·丘奇

喬治•麥當勞•丘奇(George McDonald Church,),美國基因工程學家、分子工程學家與化學家。,他是哈佛大學羅伯特·溫斯羅普基因學講座教授、哈佛大學和麻省理工學院健康科學與科技教授以及哈佛大學韋斯研究所生物工程部門的創辦者。 2017年3月,丘奇教授成為的成員之一。.

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前信使核糖核酸

前信使RNA(Precursor mRNA,简称为前mRNA、mRNA前體)是一种未成熟的单链信使核糖核酸(mRNA)。前mRNA是从细胞核中的DNA模板通过转录而合成的。前mRNA构成了不均一核RNA(或称为核内异质RNA或核内不均一RNA,简称为hnRNA)数量上的主体。hnRNA这一术语通常被用作为前mRNA的同义词,尽管,在严格的意义上说,hnRNA可以包含那些并不最终成为胞浆中mRNA的细胞核RNA转录物。 一旦前信使RNA被完全加工完成,他就被叫做“成熟信使RNA”、“成熟mRNA”或被直接称为“mRNA”。.

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理察·羅伯茨

察·羅伯茨爵士(Sir Richard John Roberts,),出生在德比,是一名英格蘭生物化學家和分子生物學家。1993年,他奪得諾貝爾生理學或醫學獎。.

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秀麗隱桿線蟲

麗隱桿線蟲(学名:Caenorhabditis elegans)是一種非寄生性線蟲,身体透明,長度約1毫米,主要分布在温带地区的土壤中。其寿命约两至三周,其中发育时间在三天左右,分为胚胎期、幼虫期和成虫期。 秀丽隐杆线虫有雄性和雌雄同体两种性别。自然条件下,雌雄同体虫占大多数,可自体受精,也可接受雄虫的精子产生后代。 自20世纪60年代,悉尼·布伦纳利用線蟲研究細胞凋亡遺傳調控的機制之後,秀丽隐杆线虫逐渐成為分子生物學和發育生物學研究領域中最常用的模式生物之一。秀丽隐杆线虫具有固定且已知的細胞数量和发育过程,亦為第一种完成全基因组测序的多細胞真核生物,截至2012年,它是唯一完成(connectome,神经元连接)测定的生物体。.

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線粒體

--(mitochondrion)是一种存在于大多数真核细胞中的由两层膜包被的细胞器,直径在0.5到10微米左右。除了溶组织内阿米巴、篮氏贾第鞭毛虫以及几种微孢子虫外,大多数真核细胞或多或少都拥有线粒体,但它们各自拥有的线粒体在大小、数量及外观等方面上都有所不同。这种细胞器拥有自身的遗传物质和遗传体系,但因其基因组大小有限,所以线粒体是一种半自主细胞器。线粒体是细胞内氧化磷酸化和合成三磷酸腺苷(ATP)的主要场所,为细胞的活动提供了化学能量,所以有“細胞的發電站”(the powerhouse of the cell)之称。除了为细胞供能外,线粒体还参与诸如细胞分化、细胞信息传递和细胞凋亡等过程,并拥有调控细胞生长和细胞周期的能力。 英文中的“线粒体”(mitochondrion,复数形式为“mitochondria”)一词是由希腊语中的“线”(“μίτος”或“mitos”)和“颗粒”(“χονδρίον”或“chondrion”)组合而成的。在“线粒体”这一名称出现前后,“粒体”“球状体”等众多名字曾先后或同时被使用。这些现在已不再继续使用的名称包括:blepharoblast、condriokont、chondriomite、chondrioplast、chondriosome、chondrioshere、filum、fuchsinophilic granule、interstitial body、körner、fädenkörner、mitogel、parabasal body、plasmasome、plastochondria、plastome、sphereoplast和vermicle等(按首字母在英文字母表中的顺序排列),其中“chondriosome”(可译为“颗粒体”)直至1982年仍见诸欧洲各国的科学文献。.

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线粒体基因组

线粒体基因组 指的是线粒体内的所有遗传物质。线粒体是真核细胞内能通过半自主复制进行繁殖的细胞器 。 组成线粒体基因组的遗传物质在结构上与原核生物遗传物质相似。线粒体染色体是环状DNA分子,但与原核生物不同的是,其要小得多并有多个拷贝。这种相似性支持线粒体为细胞内共生细菌的假说,例如内共生学说。 有性生殖物种的线粒体通过母系遗传。通过这种方式,线粒体遗传性疾病可以影响雄性和雌性,但只能通过雌性遗传给她的后代。人类线粒体基因组包含16,569碱基对,编码13个蛋白质、22个tRNA和2个rRNA。 与核基因组相比,线粒体基因组有如下有趣的性质:.

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结构基因

结构基因(structural gene)是指基因编码的产物为调节因子(调控基因)以外的蛋白质的基因,可以用于编码结构蛋白、酶或不涉及调控的非编码RNA。 这些基因对细胞的形态和功能特征非常重要。在真核生物中,这些基因是以片段化的形式存在,即分为外显子和内含子。但在原核生物中,这些基因是连续的,甚至几个功能相关的基因与调控基因组成一个操纵子来共同转录。 如在乳糖操纵子中,结构基因编码的就是与乳糖代谢有关的酶,这三个基因是:.

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絲葉狸藻

絲葉狸藻(学名:Utricularia gibba)為狸藻屬多年生小型浮水食虫植物。其种加词“gibba”来源于“gibbus”,意为“峰,隆起”,指其膨大的花冠下唇。丝叶狸藻分布范围广泛,主要存在于美洲及亚洲等地。Bruce Salmon (2001) "Carnivorous Plants of New Zealand" Ecosphere Publications 丝叶狸藻已被列入新西兰《国家危害性植物协议》防止其銷售和散布。丝叶狸藻的基因组相对于其他植物而言非常小,但其仍具有正常的基因数量。根据DNA序列分析显示,其非编码DNA仅占基因组的3%。.

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转录

转录()是遗传信息由DNA转换到RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步,转录是mRNA以及非編碼RNA(tRNA、rRNA等)的合成步骤。 转录中,一段基因会被读取、複製为mRNA;就是说一特定的DNA片段作为模板,以DNA依赖的核糖核酸聚合酶(RNA聚合酶或RNA合成酶)作为催化剂而合成前mRNA的过程。 转录尚有未清楚的部分,例如是否需要DNA解旋酶,一般来说是需要的,但某些地区称RNA聚合酶可代替其行使识别DNA上的有关碱基以开始转录的功能。 mRNA转录时,DNA分子双链打开,在RNA聚合酶的作用下,游离的4种核糖核苷酸按照碱基互补配对原则结合到DNA单链上,并在RNA聚合酶的作用下形成单链mRNA分子。至此,转录完成。 转录通常是多起点多向复制。 转录时所转录的仅为DNA上有遗传效应的片段(DNA),不包括内含子。 转录按以下一般步骤进行:.

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转录后修饰

转录后修饰(RNA修飾,或稱修飾RNA)是真核细胞中,将初级转录RNA转化为成熟RNA的加工过程。一个很好的例子就是前mRNA转化为成熟的mRNA,其中包括剪接,并发生在蛋白质生物合成之前。这一加工过程对于真核生物基因组的正确翻译至关重要,这是因为真核生物的初级转录RNA中包含既包括用于编码蛋白质的外显子又包含非编码的內含子。.

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陈赛娟

赛娟(),女,浙江鄞县人,中国血液病学家和分子遗传学家,中国工程院院士。其丈夫为中国科学院院士、原卫生部部长陈竺。.

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GDNA

基因组脱氧核糖核酸是染色体DNA,这一概念与染色体外DNA(如质粒)相对,常简写为gDNA。生物的基因组(由gDNA编码)是遗传的生物学信息,从生物的一代传到下一代。基因组被转录产生RNA,这是生物功能所必须的。一些RNA 经过剪接过程被移除内含子,在成熟的信使RNA(mRNA)中只留下外显子。成熟的mRNA接下来可被核糖体翻译为蛋白质。.

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Intron

#重定向内含子.

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RNA测序

RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序 Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS)是基于第二代测序技术的转录组学研究方法。RNA测序是使用第二代测序的能力,在给定时刻从一个基因组中,揭示RNA的存在和数量的一个快照的技术。 首先提取生物样品的全部转录的RNA,然后反转录为c-DNA后进行的二代高通量测序,在此基础上进行片段的重叠组装,从而可得到一个个的转录本。进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解(global)。进一步说,若和下一阶段的生物样品的RNA-Seq转录组进行比较,则可以得到全部的(在转录层面)基因表达的上调及下调--这就形成了表达谱,针对关键基因则可以形成你要想要的通路(pathway)的构建。.

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暗綠魨

黑青斑河鲀,又名暗绿魨、金娃娃,為輻鰭魚綱魨形目四齒魨亞目四齒魨科的其中一種,生活在近海淡水或淡咸水,原生地分佈於泰國、柬埔寨、馬來西亞、緬甸、中國等地區之流域。栖息在溪流、洪氾區。可人工饲养作为观赏鱼,在基因组学研究中有着重要作用。.

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核糖核酸

核糖核酸(Ribonucleic acid),簡稱RNA,是一類由核糖核苷酸通過3',5'-磷酸二酯鍵聚合而成的線性大分子。自然界中的RNA通常是單鏈的,且RNA中最基本的四種鹼基爲A(腺嘌呤)、U(尿嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)通過轉錄後修飾,RNA可能會帶上(Ψ)這樣的稀有鹼基,相對的,與RNA同爲核酸的DNA通常是雙鏈分子,且含有的含氮鹼基爲A(腺嘌呤)、T(胸腺嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)四種。 RNA有着多種多樣的功能,可在遺傳編碼、翻譯、調控、基因表達等過程中發揮作用。按RNA的功能,可將RNA分爲多種類型。比如,在細胞生物中,mRNA(信使RNA)爲遺傳信息的傳遞者,它能夠指導蛋白質的合成。因爲mRNA有編碼蛋白質的能力,它又被稱爲編碼RNA。而其他沒有編碼蛋白質能力的RNA則被稱爲非編碼RNA(ncRNA)。它們或通過催化生化反應,或通過調控或參與基因表達過程發揮相應的生物學功能。比如,tRNA(轉運RNA)在翻譯過程中起轉運RNA的作用,rRNA(核糖體RNA)於翻譯過程中起催化肽鏈形成的作用,(小RNA)起到調控基因表達的作用。此外,RNA病毒甚至以RNA作爲它們的遺傳物質。 RNA通常由DNA通過轉錄生成。RNA在細胞中廣泛分佈,真核生物的細胞核、細胞質、粒線體中都有RNA。.

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核酸酶保护分析

核酸酶保护分析(Nuclease protection assay,亦称为核糖核酸酶保护测定)是一项用于生物化学与遗传学的实验室技术,可用以从细胞中提取出来混杂的RNA样本中鉴定出单独的RNA。此技术可以在即使总浓度很低的情况下鉴定一种或多种已知序列的RNA分子。被提取出来的RNA首先与反义RNA或DNA探针相混合,探针是与被研究的序列相互补的,接下来互补链相互杂交以形成双链RNA(或DNA-RNA杂交分子)。此混合物接下来接触核糖核酸酶,这种酶特异性地切割仅为单链的RNA,但对双链RNA来说没有作用。当反应进行完全时,易受影响的RNA区域被降解为非常短的低聚物或单个核苷酸;存留下来的RNA片段是与之前所加进的反义链相互补的RNA,因此包含目的序列。.

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沃特·吉爾伯特

沃特·吉爾伯特(Walter Gilbert,),美國物理學家與生物化學家,分子生物學的早期研究者之一,和諾貝爾獎得主。.

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斑馬魚

斑馬魚,是一种热带淡水鱼,又名藍條魚、花條魚、藍斑馬魚、印度魚、印度斑馬魚,為輻鰭魚綱鯉形目鯉科的其中一種。其原生于喜马拉雅地区,是一种受欢迎的观赏性鱼类。同时,其在科研领域也是一种重要的而且被广泛使用的有脊椎模式生物,尤其是在生物体再生能力的研究方面,并且有多种基因编辑后的转基因人工培育种。斑马鱼(Danio rerio)在被重新被划归为鿕屬 (Danio)之前,曾被归类为短鿕属(Brachydanio),因而在科研文献中被长期称为Brachydanio rerio,而非如今的Danio rerio。.

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