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VMD

指数 VMD

VMD(Visual molecular dynamics, 可视化分子动力学)是一套分子建模与可视化软件,主要用来分析分子动力学模拟的实验数据。同时,软件也包含处理长度与提及相关数据的模块,能可视化与分析轨迹,添加任意图形,并能导出成其他软件能利用的格式例如POV-Ray,PRMan,VRML等。用户能运行Tcl和Python脚本进行批量操作,也可通过Tcl/Tk与其他程序进行交互。VMD能在Unix,MacOS,Microsoft Windows等操作系统下运行。对于非商业用途,VMD通过特定分发协议发布,用户注册后可免费使用和修改源码。.

11 关系: 伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校分子建模Microsoft WindowsOS XPhotoRealistic RenderManPOV-RayPythonTclTkUNIXVRML

伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校

伊利诺伊大學厄巴納-香檳分校(University of Illinois at Urbana-Champaign,简称U of I,亦簡稱作UIUC)位于伊利諾州幽静的双子城:厄巴纳—香槟市,是一所享有世界声望的一流公立研究型大學。学校创建于1867年,创始之初称作伊利诺伊工业大学,后在1885年改称伊利诺伊大学长达一百年,直至1982年伊利诺州政府决定创建伊利诺伊大学芝加哥分校和春田分校,学校改用现名,但学术界和工业界仍然普遍使用伊利诺伊大学称呼该校,学校也使用州名(Illinois)作为简称及網域名稱。 伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校占地4552英亩,在校学生4万余人,教授及教职人员2500余人,学校有17个学院,覆盖150个学科,是一所规模庞大的公立大学。学校继承了创建初期作为工业大学的传统,長久以來一直是全美理工科方面极有名望的高等學府之一。学校不仅在科学界和工业界创造了璀璨的成果,也培养了诸多的科学泰斗和政治家,成为美国大学的‘公立常春藤’。学校是美国“十大联盟”(Big Ten)的创始成员,有数十个体育俱乐部和大型体育场馆(其中的纪念体育场可容纳7万人)。学校有完善的基础设施和庞大的图书藏量,图书馆拥有2400多万册藏书,每周在线访客达100万人次,成为美国第三大大学图书馆,仅次于哈佛大学和耶鲁大学。 伊利诺伊大学与中国有着特殊的关系,早在1906年,时任校长爱德蒙·詹姆斯致信美国总统西奥多·罗斯福建议将庚子赔款用于发展中国的教育事业,后来发展为庚子赔款奖学金,诸多的中国学生得以留美深造。而在1911-1920年,伊利诺大学收留和培养了多达1/3的留美中国学生,是对中国学生最友好的大学之一Solberg, Winton U.(2004)"Edmund Janes James Builds a Library: The University of Illinois Library, 1904-1920" Libraries & Culture 39 (1)P: pp.

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分子建模

分子建模(英語:Molecular modelling)或稱分子模擬,是指利用理論方法與計算技術,模擬出化學分子的外觀或性質,屬於計算化學與計算生物學領域的研究對象。並且是化學與生物學上,如結構生物學等學門所應用的研究方法。.

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Microsoft Windows

Microsoft Windows(中文有时譯作微軟--,通常不做翻译)是微軟公司推出的一系列操作系统。它問世於1985年,起初是MS-DOS之下的桌面環境,其後續版本逐漸發展成為主要为個人電腦和服务器用户設計的操作系統,并最终获得了世界个人电脑操作系統的垄断地位。此操作系統可以在几种不同类型的平台上运行,如个人电脑(PC)、移动裝置、服务器(Server)和嵌入式系統等等,其中在个人电脑的领域应用内最为普遍。在2004年國際數據資訊公司一次有关未来发展趋势的会议上,副董事长Avneesh Saxena宣布Windows拥有终端操作系统大约70%的市场份额 www.linuxworld.com.au。 Windows操作系統目前最新的穩定版是於2015年7月29日發佈的 Windows 10。Windows Server目前最新的穩定版是2016年9月26日發佈的Windows Server 2016。.

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OS X

#重定向 MacOS.

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PhotoRealistic RenderMan

PRMan,皮克斯动画工作室的PhotoRealistic RenderMan软件渲染器,简称为PRMan。是用于影视效果制作的三维渲染软件包。由于RenderMan的商标归皮克斯公司拥有,人们经常把PRMan等同于RenderMan,实际上RenderMan是一个渲染器规范,皮克斯公司的PRMan是(声称)符合这一规范的一种产品。PRMan 13.0符合RenderMan规范第3.3版。 PRMan使用RenderMan着色语言进行着色器编程,可灵活的定义材质特性。PRMan渲染器可以渲染高质量的图像。如果使用得当,PRMan可以提供相当快的渲染速度。 很多著名电影以及皮克斯自己的3D动画长片与短片运用了PRMan渲染器来渲染。 PRMan基于Reyes渲染架构。自11.0版提供光线跟踪和全局照明功能,其性能在之后的版本中均有较大提升。 值得注意的是,有些符合RenderMan规范的渲染器并不使用Reyes渲染架构,例如,BMRT是纯粹的光线跟踪渲染器。.

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POV-Ray

POV-Ray,全名是Persistence of Vision Raytracer,是一个使用光线跟踪绘制三维图像的开放源代码自由軟體。运行POV脚本语言。它是基于DKBTrace来开发的,DKBTrace是由David Kirk Buck和Aaron A. Collins编写在Amiga上的。POV-Ray早期也受到了Polyray raytracer作者Alexander Enzmann的帮助。很多漂亮的图片就是由POV-Ray来制作的。.

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Python

Python( ),是一种广泛使用的高级编程语言,属于通用型编程语言,由吉多·范罗苏姆创造,第一版发布于1991年。可以視之為一種改良(加入一些其他程式語言的優點,如物件導向)的LISP。作为一种解释型语言,Python的设计哲学强调代码的可读性和简洁的语法(尤其是使用空格缩进划分代码块,而非使用大括号或者关键词)。相比於C++或Java,Python让开发者能够用更少的代码表达想法。不管是小型还是大型程序,该语言都试图让程序的结构清晰明了。 与Scheme、Ruby、Perl、Tcl等动态类型编程语言一样,Python拥有动态类型系统和垃圾回收功能,能够自动管理内存使用,并且支持多种编程范式,包括面向对象、命令式、函数式和过程式编程。其本身拥有一个巨大而广泛的标准库。 Python 解释器本身几乎可以在所有的操作系统中运行。Python的正式直譯器CPython是用C语言编写的、是一個由社群驱动的自由软件,目前由Python软件基金会管理。.

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Tcl

Tcl(发音tickle)是一种脚本语言。由创建。TCL经常被用于快速原型开发 RAD、脚本编程、GUI编程和测试等方面。.

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Tk

Tk是一開放原始碼的图形用户界面开发工具,提供許多常用的圖形介面元件(像是選單、按鈕之類)具有跨平台、輕量化等特色。 Tk最初發展於1991年,是以Tcl腳本語言撰寫的擴充套件,目前另有Perl、Python、Ruby、Common Lisp等多種版本,並可在Linux、Unix、Apple Macintoch、Windows等平臺上運行。 从Tcl/Tk 8开始,软件搭建的图形界面看起来将“与本地系统一致”。8.5版引入了一个新的主题引擎,它在字体渲染方面也有改进。该引擎最初叫Tk Tile,但现在通常被称为"themed Tk"。8.6版的更新则支持了PNG格式,以及倾斜文字。.

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UNIX

UNIX,一种计算机操作系统,具有多任务、多用户的特征。于1969年,在美国AT&T公司的贝尔实验室开发類UNIX(UNIX-like)。.

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VRML

VRML是一种專為WWW(萬維網)而設計的三維圖像置标语言。全称是虚拟现实建模语言,是由VRML协会设计的。VRML标准中既定义了描述三维模型的编码格式,也定义了描述交互或脚本的编码及行为模式。VRML协会现已更名为,VRML标准现在也已经升级为X3D标准。 VRML的最初版为1994年的VRML 1.0,然后是VRML97,最近新版为X3D标准,三者都是ISO认可的国际标准。VRML 1.0最初只是一个模型格式,后来经过扩展和改写,行成了VRML97。VRML97通过原型定义、路由、javascript和一系列的传感器节点完成动画和交互。在VRML97上又发展了骨骼动画和地理坐标等功能扩展。 VRML 有数次跟随显卡硬件发展的升级,现阶段多数的Direct3D 9.0c和OpenGL 2.0 GLSL的功能特效都可以实现。VRML 规格为支持显卡硬件的功能,添加了从底层的渲染节点,比如支持三角形、三角形扇、三角形条带等基本渲染元素;比如支持设置显卡的混合模式和设置帧缓存、深度缓存、模板缓存的功能;还有节点能支持多纹理和多遍绘制、支持Shader着色、支持多渲染目标(MRT)、支持几何实例(Geometry Instance)、支持粒子系统。2010年已经可以在X3D和VRML中使用延迟着色技术。现在的特效包括SSAO和CSM阴影、实时环境反射和折射、基于实时环境和天光的光照、HDR、运动模糊、景深。VRML 导出插件支持对应3ds MAX标准材质的多种贴图/多纹理。 VRML 通过H-anim组件支持骨骼动画和蒙皮,也可以通过原型扩展支持角色AI和动作混合。 VRML 通过DIS组件或Networking组件多支持多用户场景和事件共享。 现阶段有几个 VRML 引擎能支持ODE物理引擎或PhysX物理引擎。 VRML 浏览器可以通过插件的形式支持Wii控制器、Kinect体感识别、DirectInput、XInput等外设。 VRML 浏览器可以通过插件的支持 语音识别和 TTS 文本朗读。 大多数三维软件都能够导入或导出VRML格式,部分三维引擎能够直接载入VRML格式的模型,浏览器可以调用Java applet来提供简单的VRML体验。要体验完整的视觉和交互效果,一般需要单独安装浏览器插件或独立程序。.

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