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Ka/Ks

指数 Ka/Ks

在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是异义替换(Ka)和同义替换(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。异义替换导致氨基酸的改变,而同义替换由于密码子虽然改变,但是仍旧对应的是同一氨基酸。 由于异义替换往往对于生命体有害,所以在纯化选择的作用下,异义替换常常会在群体中被逐渐消灭。.

5 关系: 基因群体遗传学遗传密码选择压力

基因

基因一词来自希腊语,意思为“生”。是指控制生物性状的遗传信息,通常由DNA序列来承载。基因也可视作基本遗传单位,亦即一段具有功能性的DNA或RNA序列。弄清其序列本身的过程叫基因测序。基因的结构由增强子,启动子及蛋白编码序列组成:即基因产物可以是蛋白质(蛋白质编码基因)及RNA,从而控制生物个体的性状(差異)表现。在一个个体当中所有的基因总和叫基因组。在一个物种中所有等位基因的总合叫基因库。在大多数真核生物中,基因分为细胞核基因及线粒体基因,绿色植物的叶绿体也含有独立于细胞核的叶绿体基因组。人類約有一万九千至兩萬两千個基因。 在真核生物中,染色体在体细胞中是成对存在的。每条染色体上都带有一定数量的基因。一个基因在细胞有丝分裂时有两个对列的位点,称为等位基因,分别来自父与母。依所攜帶性状的表現,又可分为显性基因和隐性基因。 一般来说,同一生物体中的每个细胞體都含有相同的基因(除了已经分化的免疫细胞),但并不是每个细胞中的所有基因携带的遗传信息都会被表現出来。控制基因表达的因素分为传统的遗传学(增强子,启动子序列相关)因素及表观遗传学(DNA甲基化,组蛋白乙酰化和脱乙酰化及RNA干扰相关)因素。職司不同功能的細胞或不同的细胞类型中,活化而表現的基因也不同。在某一细胞类型当中所有被表达的基因叫转录组,所有编码蛋白质的基因叫蛋白质组。通过即时聚合酶链式反应或染色质免疫沉淀-测序可得到转录组及蛋白质组的信息。用电脑处理基因序列的学科叫生物信息学。 人类基因组计划(human genome project, HGP)是一项规模宏大,跨国跨学科的生物信息学项目。其宗旨在于测定组成人类染色体(指单倍体)的30亿个碱基对形成的核苷酸序列,从而繪製人类基因组圖譜,並且辨識其载有的基因,达到破译人类遗传信息的最终目的。该计划起始于1990年于2000年完成。.

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群体

群體(、、、)也被稱為社區、社群或共同體,是指因為共享共同價值觀而聚集在一起的。雖然絕大部分群體是由同類人或物種面對面後才能夠組成較小的團體,但是也有針對民族、國際社會、虛擬社群等較大或者由多個共同組成之群體進行之研究。其中群體傳統定義是一群彼此有互動且居住在共同區域的人,而今常用來指具有共同價值觀或者因有共同地域關係而產生團體凝聚力的一群人。 「群體」一詞英語「community」源自於古法語中指稱夥伴關係或者有組織社會的「comunete」,而後者更是從拉丁語中專指共同持有東西的詞彙「」延伸而來。在社會學中對於群體的內涵曾有很大的爭議,社會學家也尚未對群體的定義達成共識,其中在1950年中期關於群體就有49種不同的定義。部分群體可以提出或者行使政治或社會權利,其中又有些群體是建立在民主基礎上的,但並非全數群體都是施行民主制度。其中一個能寬泛包括所有不同形式群體的定義為: 一般而言群體會是比家還要大的社會單位,而當一群人為了達到目標或者解決問題、共同工作的計畫也能夠促使人們組成群體。群體這個詞也可以指一個民族或者全球性的社群,另外也有如合作社般是建立在經濟基礎上的群體。群體彼此可能同時面對或者共有目的、信念、資源、偏好、、風險等條件,而這也將影響參與者的身分和凝聚力的強弱。在網際網路出現後群體的定義便比較不受到地域性的限制,因為即便在不同地區、人們仍然可以在同一個虛擬社群內交換訊息或者是分享共同的興趣或者國家。而在過去要組織如社會、學術團體等非實體社群時,往往會受到通訊和交通技術的限制而較難發展。.

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遗传学

遗传学是研究生物体的遗传和变异的科学,是生物学的一个重要分支Hartl D, Jones E (2005)。史前时期,人们就已经利用生物体的遗传特性通过选择育种来提高谷物和牲畜的产量。而现代遗传学,其目的是寻求了解遗传的整个过程的机制,则是开始于19世纪中期孟德尔的研究工作。虽然孟德尔并不知道遗传的物理基础,但他观察到了生物体的遗传特性,某些遗传单位遵守简单的统计学规律,这些遗传单位现在被称为基因。 基因位于DNA上,而DNA是由四类不同的核苷酸组成的链状分子,DNA上的核苷酸序列就是生物体的遗传信息。天然DNA以双链形式存在,两条链上的核苷酸互补,而每一条链都能够作为模板来合成新的互补链。这就是生成可以被遗传的基因的复制方式。 基因上的核苷酸序列可以被细胞翻译以合成蛋白质,蛋白质上的氨基酸序列就对应着基因上的核苷酸序列。这种对应性被称为遗传密码。蛋白质的氨基酸序列决定了它如何折叠成为一个三维结构,而蛋白质结构则与它所发挥的功能密不可分。蛋白质执行细胞中几乎所有的生物学进程来维持细胞的生存。DNA上的一个基因的改变可以改变其编码的蛋白质的氨基酸,并可能改变此蛋白质的结构和功能,进而对细胞甚至整个生物体造成巨大的影响。 虽然遗传学在决定生物体外形和行为的过程中扮演着重要的角色,但此过程是遗传学和生物体所经历的环境共同作用的结果。 例如,虽然基因能够在一定程度上决定一个人的体重,人在孩童时期的所经历的营养和健康状况也对他的体重有重大影响。.

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遗传密码

遺傳密碼(英文:Genetic code)是一組規則,將DNA或mRNA序列以三個核苷酸為一組的密碼子轉譯為蛋白質的胺基酸序列,以用於蛋白質合成。幾乎所有的生物都使用同樣的遺傳密碼,稱為標準遺傳密碼;即使是非細胞結構的病毒,它們也是使用標準遺傳密碼。但是也有少數生物使用一些稍微不同的遺傳密碼。朊毒體以蛋白質為遺傳密碼。 密码子简并性是遗传密码的突出特征。 舒建军的遗传密码对称表 提供了可能的密码子-胺基酸关系的新视角, 并解释了密码子简并性遗传密码背后的隐含含义/逻辑。.

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选择压力

选择压力,或进化压力,可以被认为是外界施与一个生物进化过程的压力,从而改变该过程的前进方向。所谓达尔文的自然选择,或者物竞天择,适者生存,即是说,自然界施与生物体选择压力从而使得适应自然环境者得以存活和繁衍。.

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DN/dS

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