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Docking@Home

指数 Docking@Home

Docking@Home是一個分布式计算專案,由特拉华大学主辦,並運行在柏克萊開放式網路計算平台(BOINC)。使用CHARMM程式,去研究更深入的蛋白質配體的鍵結,和反應的原子等級構造和細節。最終目標是藉由其研究結果來研發新的藥物與治療方式,去治療人類疾病。 該專案已在2014年5月23日結束了。.

10 关系: 分布式计算BOINCCHARMM特拉华大学跨平台藥物治療配體 (生物化學)英语蛋白质GNU宽通用公共许可证

分布式计算

在計算機科學中,分布式计算(Distributed computing),又譯為--。這個研究領域,主要研究分散式系統(Distributed system)如何進行計算。分散式系統是一組電腦,透過網路相互连接傳遞訊息與通訊後并协调它们的行为而形成的系統。组件之间彼此进行交互以实现一个共同的目标。把需要进行大量计算的工程数据分割成小块,由多台计算机分别计算,再上传运算结果後,將結果统一合并得出数据结论的科学。分布式系统的例子来自有所不同的面向服务的架构,大型多人線上遊戲,对等网络应用。 目前常见的分布式计算项目通常使用世界各地上千万志愿者计算机的闲置计算能力,通过互联网进行数据传输(志愿计算)。如分析计算蛋白质的内部结构和相关药物的Folding@home项目,該项目結構庞大,需要惊人的计算量,由一台电脑计算是不可能完成的。虽然现在有了计算能力超强的超级計算機,但這些設備造價高昂,而一些科研机构的经费却又十分有限,藉助分佈式計算可以花費較小的成本來達到目標。.

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BOINC

伯克利開放式網絡計算平台(Berkeley Open Infrastructure for Network Computing,簡稱BOINC)是目前主流的分佈式計算平台之一,由加州大學柏克萊分校電腦學系發展出的分散式計算系統。原本專為SETI@home項目而設計,目前納入的領域包括數學、醫學、天文學和氣象學等。BOINC匯集全球各地志願者的電腦或移動裝置,提供運算能力給研究者。截至2017年3月,BOINC在全世界有約815,912台活躍的主機,提供約18.971PetaFLOPS的運算能力。.

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CHARMM

CHARMM(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)是一种用于分子动力学的分子力场,同时,采用这种力场的分子动力学软件包也采用了这个名称。CHARMM开发项目包括一个与马丁·卡普拉斯及其在哈佛大学的研究小组合作的开发者网络,这个网络包含了美国等地的开发者,协同开发及维护CHARMM软件包。这个软件允许进行学术研究的个人及小组在支付一定费用之后得到使用许可。 商业版本的CHARMM,名称为CHARMm(请注意此处的小写'm'),可以从Accelrys公司处得到。.

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特拉华大学

德拉瓦大学(University of Delaware,简称UD或UDel),美国德拉瓦州的最大的大学。主校区位于纽瓦克,在多佛、威尔明顿、刘易斯和乔治敦有分校区。.

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跨平台

跨平台泛指编程语言、软件或硬件设备可以在多种作業系統或不同硬體架構的電腦上運作。.

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藥物治療

#重定向 藥品.

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配體 (生物化學)

在生物化學和藥理學中,配體(ligand)是指一種能與受体結合以產生某種生理效果的物質。在蛋白質—配體複合物中,配體通常是與靶蛋白特定結合位點相連的信號觸發分子。而在DNA—配體複合物中,與DNA雙鏈相連的配體在一般情況下可以是任何的小分子或離子甚至是蛋白質。值得注意的是,生物化學中的配體和化學中定義的配體(比如銅氨絡離子中,氨是銅離子的配體)並無實際聯繫,配體未必要結合在金属原子上。 配體與受體的連接由諸如離子鍵的化學鍵或氫鍵、范德華力等分子間作用力維繫。它們的連接過程通常是可逆的,配體與受體之間形成的真正難以斷開的共價鍵在生物界是相當罕見的。 配體在與受體結合後,可以改變它們的立體構型,而立體構型又常常決定了蛋白質的功能。配體包括底物、酶抑制劑、酶激活劑、以及神經遞質。配體與受體結合的難易度與結合後的強度叫做親和力。兩者越容易結合,結合後結合的強度越大,則親和力越強,反之亦然。親和力不僅由配體和受體間的直接的相互作用決定,還由溶劑效應決定,后者間接主導溶液中的非共價性結合。 用放射性同位素標記的已被用作正電子發射計算機斷層掃描(PET)中的放射性示蹤劑。此外,這種物質還被用於在體外進行的配體—受體結合研究。.

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英语

英语(English,)是一种西日耳曼语言,诞生于中世纪早期的英格兰,如今具有全球通用语的地位。“英语”一词源于迁居英格兰的日耳曼部落盎格鲁(Angles),而“盎格鲁”得名于临波罗的海的半岛盎格里亚(Anglia)。弗里西语是与英语最相近的语言。英语词汇在中世纪早期受到了其他日耳曼族语言的大量影响,后来受罗曼族语言尤其是法语的影响。英语是将近六十个国家唯一的官方语言或官方语言之一,也是全世界最多國家的官方語言。它是英国、美国、加拿大、澳大利亚、爱尔兰和新西兰最常用的语言,也在加勒比、非洲及南亚的部分地区被广泛使用。它是世界上母语人口第三多的语言,仅次于汉语和西班牙语。英语是学习者最多的第二外语跟學習者最多的第一外語,是联合国、欧盟和许多其他国际组织的官方语言。它是使用最广泛的日耳曼族语言,至少70%的日耳曼语族使用者说英语。 英语有1400多年的发展史。公元5世纪,盎格魯-撒克遜人把他们的各种盎格鲁-弗里西语方言带到了大不列顛島,它们被称为古英语。中古英语始于11世纪后期的诺曼征服,这一时期英语受到了法语的影响。15世纪末伦敦对印刷机的采用、《钦定版圣经》的出版及元音大推移标志了近代英语的开端。通过大英帝国对全球的影响,现代英语在17世纪至20世纪中叶传播到了世界各地。通过各种印刷和电子媒体,随着美国取得全球超级大国地位,英语已经成为了国际对话中居领导地位的世界語言。它还是许多地区和行业(如科学、导航、法律等)的通用语。 现代英语和很多其他语言相比屈折变化较少,更多地依靠助動詞和语序来表达复杂的时态、体和语气,以及被動語態、疑问和一些否定。英语的各种口音和方言在发音和音位方面有显著差异,有时它们的词汇、语法和拼法也有所不同,但世界各地说英语的人能基本无碍地沟通交流。.

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蛋白质

蛋白质(protein,旧称“朊”)是大型生物分子,或高分子,它由一个或多个由氨基酸残基组成的长链条组成。氨基酸分子呈线性排列,相邻氨基酸残基的羧基和氨基通过肽键连接在一起。蛋白质的氨基酸序列是由对应基因所编码。除了遗传密码所编码的20种“标准”氨基酸,在蛋白质中,某些氨基酸残基还可以被改變原子的排序而发生化学结构的变化,从而对蛋白质进行激活或调控。多个蛋白质可以一起,往往是通过结合在一起形成稳定的蛋白质复合物,发挥某一特定功能。 与其他生物大分子(如多糖和核酸)一样,蛋白质是地球上生物体中的必要组成成分,参与了细胞生命活动的每一个进程。酶是最常见的一类蛋白质,它们催化生物化学反应,尤其对于生物体的代谢至关重要。除了酶之外,还有许多结构性或机械性蛋白质,如肌肉中的肌动蛋白和肌球蛋白,以及细胞骨架中的微管蛋白(参与形成细胞内的支撑网络以维持细胞外形)。另外一些蛋白质则参与细胞信号传导、免疫反应、细胞黏附和细胞周期调控等。同时,蛋白质也是动物饮食中必需的营养物质,这是因为动物自身无法合成所有氨基酸,动物需要和必须从食物中获取必需氨基酸。通过消化过程将蛋白质降解为自由氨基酸,动物就可以将它们用于自身的代谢。.

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GNU宽通用公共许可证

GNU宽通用公共许可证(GNU Lesser General Public License)简称LGPL,是由自由软件基金会公布的自由软件授权条款。它允许企业与软件开发者使用,或将LGPL授权的软件整合至他们自己的软件内(即使该软件是私有软件也被允许),同时不会受到Copyleft特性的许可证强制对软件开源的限制。该许可证常被用于一些(但不是全部)的GNU程序库。 这个许可证以前被称为GNU程式库通用公共许可证(GNU Library General Public License)。此许可证最新版本为“第3版”,2007年6月29日发布,较早的版本有2.0和2.1版。此種授權之出現,是為了在GPL與許可式授權(如MIT许可证及柏克萊大學的BSD许可证)間取得折衷。 採用LGPL之計畫本身雖然仍有“Copyleft”之限制條件,但這些限制不感染僅僅只--到本計畫的軟體。不過此等軟體仍會受到其他限制。 LGPL主要使用之標的為軟體函式庫(Software Libraries),但是其亦可使用於獨立存在的應用程式。比較有名的例子為Mozilla跟OpenOffice.Org。.

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