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迈克尔·沃特曼

指数 迈克尔·沃特曼

迈克尔·斯宾塞·沃特曼(Michael Spencer Waterman,),美国生物信息学家,南加州大学数学与计算机科学学院联合主任。此前,他曾在洛斯阿拉莫斯国家实验室和爱达荷州州立大学的任职。他在俄勒冈州班顿附近长大,并在俄勒冈州立大学获得数学学士学位,1969年从密歇根州立大学获统计和概率博士学位。 沃特曼是计算生物学领域的创始人之一。他专注于应用数学、统计学和计算机科学技术在分子生物学问题上的应用。他的工作提供了一些在该领域的最广泛使用的工具,特别是史密斯-沃特曼算法(与坦普尔·史密斯共同研发)是许多序列比较方案的基础。1988年,沃特曼和埃里克兰德的发表具有里程碑意义的论文,描述了一项用数学模型进行印迹法作图的工作。这为许多后来的DNA作图和测序项目,特别是人类基因组计划奠定了理论基础。.

11 关系: 南加州大学史密斯-沃特曼算法坦普尔·史密斯密西根州立大學人类基因组计划应用数学俄勒冈州分子生物学统计学计算生物学洛斯阿拉莫斯国家实验室

南加州大学

南加州大學(University of Southern California,縮寫USC),簡稱南加大,也译作南加利福尼亚大学,位於加州洛杉磯市中心,由監理會於1880年創立,是加州最古老的私立研究型大學。 南加大被眾多學術排名列為全美國Top25最具競爭力的頂尖大學之一。其中电影学院全美國排名第一,老齡學院全美國排名第一,公共政策學院全美國排名第五,工程学院全美國排名第八。南加大於2000年憑其廣泛的社區服務計劃獲時代雜誌及普林斯頓評論選為年度風雲大學。南加州大学是美国大学协会(AAU)成员、环太平洋大学联盟成员,被卡内基基金会归类为“特高研究型大学”。在美国4,383所高等学府中,只有96所获得此项分类。 南加大共有五名諾貝爾化學獎得主。南加大也是少數同時擁有兩座由國家科學基金會(NSF)提供資金設立的工程研究中心(ERC)——專門研究網路及多媒體的综合多媒体系统中心(IMSC)以及微電子生物系統中心(BMES)。此外,南加大被美國國土安全部選為第一所國土安全卓越中心。 学校在全球拥有庞大的校友网络——特洛伊家族(Trojan Family),当中不乏政治、商业、科技、艺术等领域的著名人士,学校每年获得校友捐赠名列全美前茅。此外学校留学生众多,超过10%的学生来自110多个国家。南加大是一所电影明星和体育明星辈出的学校,由于距离好莱坞十分近,因此拥有顶尖的电影艺术学院。此外百余年来南加大校友已累计获得280余枚奥林匹克运动会奖牌,位列全球大学之首。 南加大是洛杉磯地區最大的私人企業雇主,每年在洛杉磯都會區提供40億美元的經濟輸出,而南加大的學生每年在地方上消費則高達4億6百萬美元,至於造訪校園的遊客則提供了另外的1230萬美元的消費。 南加大最近的籌款活動中,為學校籌得29億美元,是美國高等教育歷史上所籌得的第二高總籌款額。這使南加大及其合作伙伴可在短期內完成興建27幢新大樓,為學生提供超過75萬平方米的活動、科學研究、教學及醫療空間。.

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史密斯-沃特曼算法

史密斯-沃特曼算法(Smith-Waterman algorithm)是一种进行局部序列比对(相对于全局比对)的算法,用于找出两个核苷酸序列或蛋白质序列之间的相似区域。该算法的目的不是进行全序列的比对,而是找出两个序列中具有高相似度的片段。 该算法由坦普尔·史密斯(Temple F. Smith)和迈克尔·沃特曼(Michael S. Waterman)于1981年提出。史密斯-沃特曼算法是尼德曼-翁施算法的一个变体,二者都是动态规划算法。这一算法的优势在于可以在给定的打分方法下找出两个序列的最优的局部比对(打分方法使用了置换矩阵和空位罚分)。该算法和尼德曼-翁施算法的主要区别在于该算法不存在负分(负分被替换为零),因此局部比对成为可能。回溯从分数最高的矩阵元素开始,直到遇到分数为零的元素停止。分数最高的局部比对结果在此过程中产生。在实际运用中,人们通常使用该算法的优化版本。.

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坦普尔·史密斯

坦普尔·史密斯,美国生物医学工程教授,与迈克尔·沃特曼在1981年一起开发了史密斯-沃特曼算法。他在波士顿大学的生物分子工程技术研究中心担任主任20多年,现在是那里的名誉教授。史密斯于1963年在普渡大学物理系获学士学位,1969年获科罗拉多大学获物理学博士学位,1969年至1971年在科罗拉多大学医学院做博士后研究。他的研究集中在应用各种计算机科学和数学方法的发现核酸和氨基酸序列的句法和语义模式。近年来蛋白家族分子进化是其关注的重点。.

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密西根州立大學

密西根州立大學(Michigan State University,缩写:Michigan State)是一所位於美國密西根州东兰辛的公立研究型大學。密西根州立大學成立于1855年,是美國第一所依據1862年土地撥贈法案而成立的赠地大学,并作为后来建造增地大学的典范。学校前身为密歇根州农业学院(Agricultural College of the State of Michigan),是美国最早教授农业科技的高等教育机构之一。隨著土地撥贈法案的實施,密西根州立大學成為男女同校並將課程延伸到農業之外的其他領域。时至今日,密歇根州立大学的学生人数位居全美第八位,拥有大约54万生活在世界各地的校友。 密西根州立大學不但以農業理論聞名,同時也是包裝、酒店管理、植物学、供应链管理、传播学與音樂治療研究的先鋒。密歇根州立大学位列全美最佳公立大学前30名以及世界最佳研究型大学前100名。密西根州立大學同時也是美國大學協會的成員之一。密歇根州立大学还拥有美国国家超导回旋加速器实验室、比爾植物園、艾布拉姆斯天文馆、沃顿艺术表演中心、布罗德艺术博物馆、稀有同位素束流装置以及全美最大的学生宿舍系统。 密西根州立大學的一級聯盟運動隊的暱稱是「斯巴達人」(Spartans),在十大聯盟中参与竞赛。密西根州立大學的男子橄欖球隊曾經贏得1954年、1956年、1988年和2014的玫瑰盃以及6次全国冠軍。密西根州立大學的男子籃球隊曾贏得1979年和2000年的全國大學體育協會冠軍。.

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人类基因组计划

人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)是一项规模宏大,跨国跨学科的科学探索巨型工程。其宗旨在于测定组成人类染色体(指单倍体)中所包含的六十亿对组成的核苷酸序列,从而繪製人类基因组圖譜,並且辨識其载有的基因及其序列,达到破译人类遗传信息的最终目的。基因组计划是人类为了探索自身的奥秘所迈出的重要一步。截止到2005年,人类基因组计划的测序工作已经基本完成(92%)。其中,2001年人类基因组工作草图的发表(由公共基金资助的国际人类基因组计划和私人企业塞雷拉基因組公司各自独立完成,并分别公开发表)被认为是人类基因组计划成功的里程。大多数政府资助的测序是在美国,英国,日本,法国,德国和中国的20所大学和研究中心进行。.

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应用数学

應用數學(Applied Mathematics)是以應用為目的的明確的數學理論和方法的總稱,研究如何應用數學知識到其他範疇(尤其是科學)的數學分支,可以說是純數學的相反,應用純數學中的結論擴展到物理學等其他科學中,應用數學的發展是以科學為依據,作為科學研究的後盾。包括線性代數、矩陣理論、向量分析、複變分析、微分方程、拉普拉斯變換、傅里葉分析、數值分析、概率论、數理統計、運籌學、博弈論、控制理論、組合數學、資訊理論等許多數學分支,也包括從各種應用領域中提出的數學問題的研究。而大部分應用數學是以作為物理分析的工具。計算數學有時也可視為應用數學的一部分。應用數學大部分的教學範疇都是以物理的模型為基礎進行分析,當中或許搭配了各種數學工具,就為了更貼近物理的系統。 圖論應用在網絡分析,拓撲學在電路分析上的應用,群論在結晶學上的應用,微分幾何在規範場上的應用,自動控制理論在計算上的應用,黎曼幾何應用於相對論,數理邏輯應用於計算機,最小二乘法應用於飛機起降時自動控制,利用數字合成計算機輔助的X射線斷層成像技術(1979年數學家獲得諾貝爾醫學獎)數論應用在密碼學,博弈論、概率論、統計學應用在經濟學,線性規劃用於生產安排調度,都可見數學在不同範疇的應用。.

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俄勒冈州

俄勒冈州(State of Oregon)是美国的一个州,位于美国西北的太平洋沿岸,西临太平洋、北接华盛顿州、东面是爱德荷州、南面是加利福尼亚州和内华达州。2012年人口3,899,353。州别称:海狸州,邮编代号OR。本州的行政區劃,共管轄36個郡。.

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分子生物学

分子生物学(Molecular biology)是对生物在分子層次上的研究。这是一门生物学和化学之间跨学科的研究,其研究领域涵盖了遗传学、生物化学和生物物理学等学科。分子生物学主要致力于对细胞中不同系统之间相互作用的理解,包括DNA,RNA和蛋白质生物合成之间的关系以及了解它们之间的相互作用是如何被调控的。.

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统计学

统计学是在資料分析的基础上,研究测定、收集、整理、归纳和分析反映數據資料,以便给出正确訊息的科學。這一门学科自17世纪中叶产生并逐步发展起来,它廣泛地應用在各門學科,從自然科学、社會科學到人文學科,甚至被用於工商業及政府的情報決策。隨著大数据(Big Data)時代來臨,統計的面貌也逐漸改變,與資訊、計算等領域密切結合,是資料科學(Data Science)中的重要主軸之一。 譬如自一組數據中,可以摘要並且描述這份數據的集中和離散情形,這個用法稱作為描述統計學。另外,觀察者以數據的形態,建立出一個用以解釋其隨機性和不確定性的數學模型,以之來推論研究中的步驟及母體,這種用法被稱做推論統計學。這兩種用法都可以被稱作為應用統計學。數理統計學则是討論背後的理論基礎的學科。.

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计算生物学

计算生物学(Computational Biology)是生物学的一个分支。根据美国国家卫生研究所(NIH)的定义,它是指开发和应用数据分析及理论的方法、数学建模和计算机仿真技术,用于生物学、行为学和社会群体系统的研究的一门学科。该领域被广泛定义,包括计算机科学,应用数学,动画,统计学,生物化学,化学,生物物理学,分子生物学,遗传学,基因组学,生态学,进化,解剖学,神经科学和科学可视化的基础。 计算生物学与不同,生物计算是计算机科学和计算机工程的子领域,使用生物工程和生物学建造计算机,但是类似于生物信息学,这是一个跨学科的科学,使用计算机存储和处理生物数据。.

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洛斯阿拉莫斯国家实验室

洛斯阿拉莫斯國家實驗室(Los Alamos National Laboratory,LANL;前稱Y計劃、洛斯阿拉莫斯實驗室和洛斯阿拉莫斯科學實驗室)是美國承擔核子武器設計工作的兩個實驗室之一。另一個是勞倫斯利弗莫爾國家實驗室(始於1952年)。該國家實驗室位於新墨西哥州洛斯阿拉莫斯,隸屬美國能源部,管理和運行則歸洛斯阿拉莫斯國家安全會(LANS)負責。洛斯阿拉莫斯國家實驗室是世界上最大的科學和技術研究機構之一,它在國家安全、太空探索、 可再生能源、醫藥、納米技術和超級計算機等多個學科領域開展研究。 洛斯阿拉莫斯國家實驗室是新墨西哥州北部最大的研究機構和最大的雇主,擁有大約9,000名的直接僱員和774人左右的合同雇員。此外還有大約120名的美國能源部員工駐紮在實驗室,負責監督那裡的工作和運行情況。實驗室約三分之一的技術人員是物理學家,四分之一是工程師,六分之一為化學家和材料科學家,其餘的則在數學和計算科學、生物學、地球科學等其他學科的工作。外部的科學家和學生也會訪問洛斯阿拉莫斯國家實驗室參與科研項目。實驗室聯合大學和業界進行能源方面的基礎和應用研究。洛斯阿拉莫斯國家實驗室2016年的預算約為22億美元。.

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