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T-Coffee

指数 T-Coffee

T-Coffee (中文直翻:茶與咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以樹形基礎的一致性做多重序列比對) 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體 。 它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對。 在最新的版本 (3D-Coffee) 中,亦可結合結構的資訊來作多重序列比對。 此外,該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比對中所出現特殊的模板 (Mocca)。 預設比對結果輸出的格式為 aln (Clustal), 但也可產生其他 PIR, MSF, FASTA...

5 关系: 跨膜蛋白GNU通用公共许可证LinuxUNIX核糖核酸

跨膜蛋白

跨膜蛋白(transmembrane protein,TP)是一種貫穿生物膜(細胞膜)兩端的蛋白。許多跨膜蛋白的功能是作為通道或“裝載碼頭”來實施拒絕或允許某種特定的物質跨過生物膜的運輸、進入細胞,同時,也使要廢棄的副產品運出細胞。當對某種分子做出相應時,這些“負責運載”的跨膜蛋白通過特定的摺疊和彎曲方式,實現該分子的跨過生物膜的運輸。 “跨膜蛋白”是一種跨越整個生物膜一次或多次的蛋白。跨膜蛋白在水中凝聚并沉淀。大多數跨膜蛋白要用去污劑或非極性溶劑提取,少數貝塔-折筒狀蛋白也可以用某些變性劑提取。 所有的跨膜蛋白是整合膜蛋白(也叫內嵌膜蛋白),但是不是所有的整合膜蛋白都是跨膜蛋白。.

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GNU通用公共许可证

GNU通用公共授權條款(GNU General Public License,简称 GNU GPL、GPL)是廣泛使用的免費軟件許可證,可以保證終端用戶得自由運行,學習,共享和修改軟件。許可證最初由GNU項目的自由軟件基金會 (FSF)的理查德·斯托曼(Richard Matthew Stallman)撰寫,並授予計算機程序的收件人自由軟件定義的權利。 GPL是一個Copyleft許可證,這意味著衍生作品只能以相同的許可條款分發。 這與許可免費軟件許可證有所區別 ,其中BSD許可證和MIT許可證是廣泛使用的示例。 GPL是第一個普遍使用的Copyleft許可證。 歷史上,GPL許可證系列一直是免費和開源軟件領域最受歡迎的軟件許可之一。 根據GPL許可的優異自由軟件程序的例子有Linux內核和GNU編譯器集合 (GCC)。 David A. Wheeler認為,GPL提供的Copyleft對於基於Linux的系統的成功至關重要,給予向內核貢獻的程序員保證他們的工作將有益於整個世界並保持自由,而不至於被不提供回饋給社群的不肖軟件公司所剝削。 2007年,發布了第三版許可證(GNU GPLv3),以解決在長期使用期間發現的第二版(GNU GPLv2)所發生的一些困擾。 為了使許可證保持最新狀態,GPL許可證包含一個可選的“並延伸到未來版本”條款,允許用戶在FSF更新的原始條款或新版本之間進行選擇。 有些開發人員在軟件授權使用時,選擇省略它; 例如,Linux內核已經在GPLv2下獲得許可,就不需包括“並延伸到未來版本”的聲明。 GPL授予程序接受人以下權利,或稱“自由”,或稱“copyleft”:.

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Linux

Linux( )是一種自由和開放源碼的類UNIX作業系統。该操作系统的内核由林纳斯·托瓦兹在1991年10月5日首次发布。,在加上使用者空間的應用程式之後,成為Linux作業系統。Linux也是自由软件和开放源代码软件发展中最著名的例子。只要遵循GNU通用公共许可证(GPL),任何个人和机构都可以自由地使用Linux的所有底层源代码,也可以自由地修改和再发布。大多數Linux系統還包括像提供GUI的X Window之類的程序。除了一部分專家之外,大多數人都是直接使用Linux發行版,而不是自己選擇每一樣組件或自行設置。 Linux嚴格來說是單指作業系統的内核,因作業系統中包含了許多用戶圖形介面和其他实用工具。如今Linux常用来指基于Linux的完整操作系统,內核則改以Linux内核稱之。由于这些支持用户空间的系统工具和库主要由理查德·斯托曼于1983年发起的GNU计划提供,自由软件基金会提议将其组合系统命名为GNU/Linux,但Linux不屬於GNU計劃,這個名稱並沒有得到社群的一致認同。 Linux最初是作为支持英特尔x86架构的个人电脑的一个自由操作系统。目前Linux已经被移植到更多的计算机硬件平台,远远超出其他任何操作系统。Linux可以运行在服务器和其他大型平台之上,如大型主机和超级计算机。世界上500个最快的超级计算机90%以上运行Linux发行版或变种,包括最快的前10名超级电脑运行的都是基于Linux内核的操作系统。Linux也广泛应用在嵌入式系统上,如手机(Mobile Phone)、平板电脑(Tablet)、路由器(Router)、电视(TV)和电子游戏机等。在移动设备上广泛使用的Android操作系统就是建立在Linux内核之上。 通常情况下,Linux被打包成供个人计算机和服务器使用的Linux发行版,一些流行的主流Linux发布版,包括Debian(及其衍生版本Ubuntu、Linux Mint)、Fedora(及其相关版本Red Hat Enterprise Linux、CentOS)和openSUSE等。Linux发行版包含Linux内核和支撑内核的实用程序和库,通常还带有大量可以满足各类需求的应用程序。个人计算机使用的Linux发行版通常包含X Window和一个相应的桌面环境,如GNOME或KDE。桌面Linux操作系统常用的应用程序,包括Firefox网页浏览器、LibreOffice办公软件、GIMP图像处理工具等。由于Linux是自由软件,任何人都可以创建一个符合自己需求的Linux发行版。.

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UNIX

UNIX,一种计算机操作系统,具有多任务、多用户的特征。于1969年,在美国AT&T公司的贝尔实验室开发類UNIX(UNIX-like)。.

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核糖核酸

核糖核酸(Ribonucleic acid),簡稱RNA,是一類由核糖核苷酸通過3',5'-磷酸二酯鍵聚合而成的線性大分子。自然界中的RNA通常是單鏈的,且RNA中最基本的四種鹼基爲A(腺嘌呤)、U(尿嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)通過轉錄後修飾,RNA可能會帶上(Ψ)這樣的稀有鹼基,相對的,與RNA同爲核酸的DNA通常是雙鏈分子,且含有的含氮鹼基爲A(腺嘌呤)、T(胸腺嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)四種。 RNA有着多種多樣的功能,可在遺傳編碼、翻譯、調控、基因表達等過程中發揮作用。按RNA的功能,可將RNA分爲多種類型。比如,在細胞生物中,mRNA(信使RNA)爲遺傳信息的傳遞者,它能夠指導蛋白質的合成。因爲mRNA有編碼蛋白質的能力,它又被稱爲編碼RNA。而其他沒有編碼蛋白質能力的RNA則被稱爲非編碼RNA(ncRNA)。它們或通過催化生化反應,或通過調控或參與基因表達過程發揮相應的生物學功能。比如,tRNA(轉運RNA)在翻譯過程中起轉運RNA的作用,rRNA(核糖體RNA)於翻譯過程中起催化肽鏈形成的作用,(小RNA)起到調控基因表達的作用。此外,RNA病毒甚至以RNA作爲它們的遺傳物質。 RNA通常由DNA通過轉錄生成。RNA在細胞中廣泛分佈,真核生物的細胞核、細胞質、粒線體中都有RNA。.

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